В 1926 году композитор женился. Его избранницей стала пианистка и композитор Андре Ворабур, давняя участница Концертов новой молодежи, организованных «Шестеркой». Творчество Онеггера в эти годы очень активно и приносит произведения разных жанров. Это библейская драма «Юдифь», лирическая трагедия «Антигона», балеты «Под водой» и «Роза из металла». В 1930 году он создает Первую симфонию, в следующем — ораторию «Крики мира».
С конца 20-х годов Онеггер все больше посвящает себя концертной, в основном дирижерской деятельности, сначала во Франции, а затем и за рубежом. Его выступления проходят в Риме, Вене, Лондоне, Кельне, Чикаго, Бостоне, Брюсселе. В 1928 году он дал три концерта в Ленинграде, где прозвучали камерные сочинения, а в симфоническом концерте — «Песнь Нигамона», «Гораций-победитель», «Летняя пастораль», ноктюрн из оперы «Юдифь», фортепианное концертино и ставший знаменитым «Пасифик 231» — симфоническая миниатюра, воплотившая стихию безудержного движения, мощь индустриальной техники («Пасифик 231» — название скоростного локомотива).
В 1934 году во Франции возник Народный фронт, объединивший все прогрессивные силы страны. Это было ответом на фашистский путч, организованный в феврале французскими сторонниками Гитлера, пришедшего к власти в Германии в 1933 году. Для поддержки Народного фронта музыканты образовали Народную музыкальную федерацию. Основавшая собственный журнал, федерация пропагандировала идеи народности и демократизма в искусстве, работала над повышением музыкальной культуры народа. Онеггер стал ее активным деятелем. Он сочиняет песни для рабочих самодеятельных хоров, вместе с друзьями создает музыку к массовым празднествам. Так, ему принадлежит марш «Взятие Бастилии» в спектакле «14 июля», состоявшемся в годовщину этого события. Для спектакля «Свобода», поставленного во время Международной выставки 1937 года, композитор пишет прелюдию «На смерть Жореса». Еще одна партитура была написана для авиационного праздника.
Все творчество второй половины 30-х годов проходит у Онеггера под знаком солидарности с Народным фронтом. Как народную патриотическую фреску воспринимали современники и центральное сочинение тех лет — драматическую ораторию «Жанна д'Арк на костре» (1935). Закончив ее, композитор в сотрудничестве с Ж. Ибером пишет оперу «Орленок» по Ростану. После премьеры в Grand Opera критика отмечала, что подобного успеха театр не видел со времен «Кавалера розы» Р. Штрауса.
В 1939 году, после вероломного нападения гитлеровских войск на Польшу, Франция, связанная с ней договором, вступила в войну. Это было началом второй мировой войны, принесшей Европе неисчислимые бедствия. Весной 1940 года фашисты оккупировали большую часть Франции. На фронте и в концлагерях погибли многие музыканты, друзья Онеггера. Он в начале войны эвакуировался на юго-запад страны, оставшийся относительно свободным, но зимой вернулся в Париж. Однако вскоре ему, все еще швейцарскому подданному, гражданину страны, традиционно сохранявшей нейтралитет, удалось выехать в Лозанну. Там он создает радиоспектакли, призванные поддержать дух сражающейся Франции — оперу-ораторию «Кристофор Колумб», радиоспектакль «Биения мира». В 1941 году он создает Вторую симфонию с «Победной песнью» в финале. Исполнить ее в оккупированном Париже было невозможно, но о ней знали. Премьера состоялась сразу после Освобождения, 22 ноября 1944 года под управлением Ш. Мюнша. А в 1941 году тот же Мюнш исполнил ораторию Онеггера «Пляска мертвых», воспринятую публикой как вызов оккупантам. «Огромная толпа энтузиастов стремилась в зал старой консерватории. На какой-то момент жизнь снова приобретала значение, которое она чуть было не утратила», — вспоминал очевидец.
В годы войны написан и балет «Призыв гор», в котором композитор обращается к картинам швейцарской природы, рисует «деревенские праздники, танцы крестьян — шумные и нежные, яркие швейцарские вальсы, традиционные народные игры».
Несмотря на жесткую цензуру, музыкальный Париж сумел отметить пятидесятилетие композитора: в 1942 году состоялась «неделя Онеггера», во время которой была исполнена «Антигона», получившая новое, патриотическое звучание в условиях оккупации.
В 1944 году музыкальные деятели возвращаются в освобожденный Париж. Онеггер расширяет свою публицистическую деятельность. Выходят его статьи и книги, посвященные роли композитора в обществе. «Я — старый пессимист, — пишет он в обращении к молодежи. — Я думаю, что всей нашей культуре — всем искусствам и прежде всего музыке — суждено вскоре исчезнуть». Он видит агрессивное наступление масс-медиа, видит безразличие правящих кругов к вопросам искусства.