Кроме «Арифметики» Магницкий написал ещё несколько пособий по математике. В 1703 году он вместе с А.Д. Фархварсоном принимал участие в издании «Таблиц логарифмов и синусов, тангенсов и секансов к научению трудолюбивых тщалей», а в 1722 году был издан мореходный справочник «Таблицы горизонтальных северных и южных широт». Магницкий оставил нам первый опыт методики преподавания математики и её приложений и первый же опыт создания русскоязычной научной терминологии. Из двух предложенных им терминов «арифметика» и «числительница» прижился первый термин, восходящий в греческом оригинале ещё к Диофанту. Отметим также, что в течение всего XVIII века математику в России учили по учебникам, написанным уроженцами Тверской земли. Преемницей «Арифметики» Магницкого стала книга «Сокращённая математика, часть первая, содержащая начальные основания арифметики, геометрии и тригонометрии» (1760). Её автор Степан Яковлевич Румовский родился в селе Старый Погост близ Твери.
Профессор А. Фархварсон с конца 1715 года преподавал в Петербургской Морской академии. Ему принадлежат пособия по навигации и астрономии, а также первое в России издание «Начал» Евклида (1739). После открытия в 1715 году Морской академии в Петербурге в московской Навигацкой школе стали учить только арифметике, геометрии и тригонометрии. С этого времени Магницкий становится старшим учителем Математико-навигацкой школы и руководит её учебной частью.
С 1732 года и до последних дней своей жизни Л.Ф. Магницкий являлся бессменным руководителем Навигацкой школы, что в значительной мере способствовало распространению математических знаний в России. Сухаревская башня, в которой располагалась Математико-навигацкая школа, получила нарицательное имя и была чем-то вроде математического факультета, где получили образование многие учителя математики того времени. Именно Магницкому был поручен, начиная с 1714 года, набор учителей для цифирных школ, утверждённых тогда по всей России как прообраз нового всеобщего обучения.
Биографические сведения о Магницком скудны. В частности, даты его рождения и смерти известны из надписи на его надгробном камне, оставленной сыном Иваном. Однако из документов фонда Житенного Осташковского монастыря, ныне хранящихся в Тверском областном государственном архиве, известно, что «1742-го года при бытности строителя Аарона прибыло книг: 1. Триодь цветная дачи Леонтия Магницкова в десть». «Опись церковная» Житенного монастыря составлена в 1744 году и содержит полное перечисление книг, полученных монастырём в 1731, 1732, 1733, 1734, 1736, 1737 и 1742 годах, отдельно за каждый год. С учётом этих сведений есть основание предположить, что Магницкий умер не раньше 1742 года, если, конечно, его дарственная не «задержалась» на пути к монастырю. Даже в наши дни книги поступают в библиотеки с задержками.
Из надписи на могильном камне:
«В вечную память... добродетельно пожившему Леонтию Филипповичу Магницкому, первому в России математики учителю, здесь погребенному, мужу... любви к ближнему нелицемерной, благочестия... ревностного, жития чистого, смирения глубочайшего, великодушия постоянного, нрава тишайшего, разума зрелого, обхождения честного, праводушия любителю, в слугах... отечеству усерднейшему попечителю, подчиненным и отцу любезному, обид от неприятелей терпеливейшему, ко всем приятнейшему и всяких обид, страстей и злых дел всеми силами чуждающемуся, в наставлении и юных в рассуждении, совете друзей искуснейшему, правды как о духовных, так и гражданских делах опаснейшему хранителю, добродетельного жития истинному подражателю, всех добродетелей собранию; который путь сего временного и прискорбного жития начал 1669 года июня 9-го дня, наукам изучился дивным и неудобовероятным способом, его величеству Петру Первому великому императору и самодержцу всероссийскому для остроумия в науках учинился... в 1700 году, и от его величества, по усмотрению права ко всем всеприятнейшего и к себе влекущего, пожалован, именован прозвищем Магницкий и учинен российскому благородному юношеству учителем математики, в котором звании ревностно, верно, честно, все прилежно и беспорочно служа... и, пожив в мире сем 70 лет, 4 месяца и 10 дней, 1739 года, октября 19-го дня 20 по полуночи в 1 часу, оставя добродетельным своим житием... пример оставшим по нем, по шестидневной болезни... благочестно скончался...
Не по должности надписал горькослезный Иван, нижайший раб, сын ему любезный».