Профессор Д.Д. Галанин, исходя из анализа «Арифметики» и различных фактов из жизни и деятельности, характеризует мировоззрение Л.Ф. Магницкого в следующих выражениях: «Однако Магницкий оставался верным последователем школы Лихудов и системы Аристотеля. На него можно смотреть как на последнего и наиболее выдающегося сторонника отживших философских учений в России.
Непосредственный его преемник и, можно сказать, ученик Михайло Ломоносов уже далеко шагнул вперёд, опередив не только русскую, но и западноевропейскую науку». И далее: «Я думаю, что в своё время, когда Магницкий писал «Арифметику», когда он был преподавателем Навигацкой школы, он был передовым человеком общества, резко отличаясь от консервативного обывателя, склонного к старой вере, к сохранению старых традиций, к сохранению тех форм и того уклада жизни, который ему, обывателю, завещала «святая старина». В силу этого либерализма Магницкий был на стороне первых реформ Петра I; он приветствовал и гражданский шрифт, и новое начало года, и изгнание из обращения лишних букв алфавита. Но жизнь опередила автора «Арифметики». Новое мировоззрение, в котором на место догматов веры было поставлено изучение природы и её явлений, осталось чуждым защитнику реформ, и он с ужасом, с ненавистью, со всей горячностью своей пылкой натуры восстаёт против этого нового течения».
Но ведь к началу педагогической деятельности в Навигацкой школе Магницкому уже был 31 год, и он, прошедший многолетний путь в церквах, монастыре и Славяно-греко-латинской академии, был человеком со сложившимся мировоззрением. В рукописном курсе Навигацкой школы и «Арифметике» Магницкий не только не говорит о передовых взглядах на устройство мира, но даже излагает в «Арифметике» ряд положений геоцентрической системы. Никакие документы и материалы не показывают, что Магницкий был пропагандистом идей Коперника, Кеплера, Галилея и Джордано Бруно.
Драма Магницкого заключалась в том, что его практическая деятельность просветителя находилась в вопиющем противоречии с его мировоззрением. Профессор М.Е. Набоков считал, что «по своим убеждениям Магницкий принадлежал к той части русской интеллигенции, которая, признавая необходимость практических реформ, в то же время стремилась сохранить старорусский уклад мысли в области идеологии. Отсюда некоторая половинчатость Магницкого, бывшего прогрессивным деятелем в области просвещения и вместе с тем яростно выступавшего против одного писца (Дмитрия Тверитинова), обвинённого в отходе от догматов православия».
Несмотря на консервативные убеждения Магницкого, нужно отдать ему должное как пламенному просветителю. Та польза, которую он принёс русскому народу своей самоотверженной, активной и длительной деятельностью на прекрасном поприще распространения знаний, неизмеримо превосходит заблуждения, выразившиеся в отказе от пропаганды гелиоцентрического мировоззрения.
Являясь бессменным преподавателем Навигацкой школы в течение почти четырёх десятилетий и главным её руководителем, Л.Ф. Магницкий сыграл большую роль в деле подготовки национальных кадров и способствовал успеху прогрессивных преобразований Петра I в области просвещения.
Создав первый отечественный учебник математики и кораблевождения, Л.Ф. Магницкий обеспечил ценным и содержательным руководством почти все учебные заведения России периода первой половины XVIII в. и во многом помог самообразованию тех многочисленных представителей русского народа, которые не имели возможности пройти обучение в школе.
В период, когда Россия испытывала острый недостаток в педагогических кадрах, Магницкий подготовил совместно с другими педагогами Навигацкой школы целую плеяду способных преподавателей по математике и кораблевождению, которые не только формировали кадры для флота, но в качестве преподавателей цифирных школ несли свет знания и просвещения в самые отдалённые уголки огромной страны.
Многие из питомцев Л.Ф. Магницкого стали видными мореплавателями и исследователями, участвовали в важнейших экспедициях, в ходе которых были сделаны выдающиеся географические открытия и осуществлено картографирование ранее не исследованных областей России.
Участие Л.Ф. Магницкого в издательской работе типографии В.А. Киприянова способствовало выходу в свет многих ценных для просвещения пособий, которые широко использовались в учебных заведениях и для самообразования.