Фильм начинается с того, что Джонни Боза, бывшую рок-звезду и владельца ночного клуба в Сан-Франциско, находят в постели мертвым. Его закололи во время занятий сексом ножом для колки льда. Полиция выясняет, что способ убийства был описан в детективном романе, сочиненном одной из подружек жертвы. Тогда в помощь расследованию приглашают психиатра. Расследованием в Сан-Франциско руководит детектив Ник Карран, у которого масса личных проблем. Он приходит в себя после курса лечения от алкоголизма и наркозависимости. К тому же он по ошибке застрелил несколько туристов, приняв их за преступников, из-за чего недоброжелатели прозвали его Стрелок. В результате он оказывается перед выбором: либо пройти курс лечения у психиатра, либо лишиться работы. Вдобавок ко всем осложнениям Карран вступает в сексуальную связь с дамой-психиатром, которая его лечит.
Полиция допрашивает подружку убитого, писательницу Кэтрин Трэмел. Ее прямые ответы и открытая сексуальность действуют Каррану на нервы. Знойная Кэтрин заставляет его поверить в то, что она действительно могла совершить это убийство. Она дразнит полицейских, которые ее допрашивают, соблазнительно раскачиваясь на стуле, закидывая ногу на ногу и давая понять, что на ней нет нижнего белья. Такое поведение отвлекает внимание от фактов и делает ее главной подозреваемой. Тем не менее у полиции нет достаточных доказательств ее вины, и она остается на свободе. Кэтрин начинает соблазнять Каррана, который за ней следит. Тот понимает, что Кэтрин опасна, но его к ней влечет. Кэтрин возбуждает в нем тягу к саморазрушению, которую он так жестко сдерживал в последние месяцы. У полицейских властей появляются причины поставить под сомнение выводы Каррана, когда он снова начинает пить и, кажется, влюбляется в подозреваемую номер один. Все вовсе не так, как кажется сначала: вскоре дело осложняется тем, что всплывают связи Кэтрин с двумя очень ревнивыми женщинами. И у бисексуалки Кэтрин, и у обеих ее любовниц был и мотив, и возможность совершить преступление. Далее обнаруживаются другие обстоятельства: хотя бы одна из них уже убивала раньше. К тому же Карран выясняет, что Кэтрин была замешана и в других нераскрытых убийствах. Перед зрителями встает вопрос: сможет ли Карран доказать виновность Кэтрин в убийстве или он умрет так же, как Джонни Боз?
«Основной инстинкт» вызвал протест как у либералов, так и у консерваторов. Наибольшие усилия предпринимались для запрета фильма не из-за наличия в нем насилия или его открытого сексуального характера, а по политическим причинам. Когда начались съемки в Tosca Café в Сан-Франциско, члены воинствующих группировок гомосексуалистов Act Up («Действуй») и Queer Nation («Голубая нация») бросали бомбы с краской на съемочную площадку, свистели и подначивали сигналить находившихся поблизости водителей. В газете US News & World Report рассказывалось также о выступлениях этих групп против Рэя Чокера, издателя газеты для гомосексуалистов и владельца гей-бара, предоставленного для съемок. Члены этих групп пикетировали бар, оставляли многочисленные сообщения с угрозами на автоответчике Чокера, заливали клеем замки его дома и ломали его машину. Позже, на премьере, они устроили демонстрацию и заявили, что наличие в фильме героини — лесбиянки и убийцы подогревает гомофобию в обществе и подстегивает травлю гомосексуалистов. Организации, выступающие в поддержку геев и лесбиянок, настаивали на том, что такие картины, как «Основной инстинкт», формируют в обществе негативные стереотипы по отношению к секс-меньшинствам, изображая их исключительно с отрицательной стороны. Голливуд пытался спорить, ссылаясь на Первую поправку (к Конституции США), однако Чарльз Лаонс процитировал одного из противников фильма «РАЗЫСКИВАЮЩИЙ» (1980): «В данном случае оспаривать Первую поправку — просто абсурд, так как она защищает равенство. А равенство не появится, пока у нас не будет экономической власти и финансовой базы, как в Голливуде…»
Вскоре после начала съемок члены организации Queer Nation встретились с режиссером и продюсером фильма и попросили переработать сценарий, предложив заменить Ника Каррана на женский персонаж с целью изменить мнение журнала Time о том, что «Основной инстинкт» — «откровенно гомо- и лесбофобный фильм, в котором снова извращают реалии нашей жизни». Также они потребовали, чтобы жертвами убийства стали и женщины, дабы предотвратить возникновение идеи о том, что лесбиянки и бисексуалки ненавидят мужчин. Руководители компаний Carolco TriStar отказались принять во внимание то, что они назвали «контроль за развлечениями со стороны организаций с особыми интересами». В марте 1992 г., когда картина вышла на большие экраны Америки, представители организаций, борющихся за права женщин и гомосексуалистов, устроили пикет, раздавали листовки и угрожали сорвать церемонию вручения премии «Оскар», запланированную на следующую неделю. (Фильм вышел слишком поздно, чтобы номинироваться в 1992 г., но актеры, занятые в главных ролях, — Майкл Дуглас и Шэрон Стоун — должны были принимать участие в церемонии.) За неделю до церемонии награждения в прессе появились угрозы от лос-анджелесского представительства Queer Nation заблокировать проезд лимузинов и сорвать церемонию. Их протест поддержали и в Национальной женской организации, чье представительство в Лос-Анджелесе резко осудило изображение женщин в фильме. Также они опубликовали следующее заявление в журнале Maclean's: «Мы ожидали, что он будет содержать гомофобские настроения, но оказалось, что он еще и один из наиболее женоненавистнических фильмов, снятых в последнее время».
Во многих городах прошли акции протеста. В Торонто активисты гей-движения вставали в очередь вместе с остальными зрителями и выкрикивали имя убийцы во время демонстрации. В Лос-Анджелесе члены Queer Nation организовали комитет под названием «[the killer's name] did it»[20], а в Сан-Франциско Bay Times на целую полосу опубликовала их протест, включая следующий совет: «В Голливуде нас постоянно изображают либо жертвами, либо психами. Мы заявляем: не тратьте деньги на то, чтобы посмотреть на гомофобию и женоненавистничество».
Эти протесты вынудили Джо Эстерхауса, автора сценария, отказаться от поддержки фильма, за который он получил 3,3 миллиона долларов — самый крупный в то время гонорар, выплаченный за сценарий. Хотя окончательный вариант сюжета очень близок к сценарию, Эстерхаус, пытаясь удовлетворить требования протестующих гомосексуалистов, хотел внести изменения, когда съемки были уже почти завершены, но режиссер отказался. Пытаясь снова поднять этот вопрос, писатель попросил дать перед началом фильма титр следующего содержания: «Все события в фильме вымышлены». Когда режиссер картины Пол Верховен отказался и от этого, Эстерхаус публично заявил, что больше не поддерживает этот фильм.
Картина также вызвала протест со стороны консерваторов. В результате кардинал Роджер Махоуни, глава католической церкви в Лос-Анджелесе, призвал к созданию нового морального кодекса, который запрещал бы демонстрировать обнаженные тела, «страстные объятия», сквернословить и богохульствовать. Майкл Медвед, соведущий «Закрытого просмотра» (Sneak Peek), еженедельного телевизионного шоу, демонстрируемого по национальному телевидению, публично согласился с кардиналом Махоуни, что фильм содержит угрозу традиционным американским ценностям и нравственности. Если бы фильму присудили код «NC-17» (это означало, что лица до 17 лет не будут допускаться на сеансы), это нанесло бы серьезный удар по кассе картины, на съемки которой было затрачено 50 миллионов долларов. Многие газеты отказывались рекламировать подобные фильмы. Верховен согласился переснять несколько не слишком откровенных сцен с разных углов, чтобы создать версию, в выпуске которой комиссия отказала бы — в этом он был уверен. Потом он сделал менее откровенную версию, которую комиссия одобрила, присудив ей код «R», позволяющий подросткам присутствовать на сеансах в сопровождении взрослых. А в Канаде даже сокращенная версия картины «Основной инстинкт» была запрещена для просмотра лицам моложе 18 лет.