Съемки фильма были отложены на 10 лет, пока Скорсезе искал студию, которая согласилась бы испытать на себе ярость христианских фундаменталистов, использовавших тактику устрашения по отношению к руководству студий. О съемках фильма было заявлено еще в 1983 г., однако компания Paramount Pictures отменила планы на выпуск, получив шквал писем от христианских фундаменталистов правого толка «с выражением гнева по поводу того, что художнику «позволят» снять такой фильм». Студия тайно разослала копии сценария религиозным лидерам, однако члены организаций Moral Majority — «Нравственное большинство» и Evangelical Sisterhood — «Сестры-евангелистки», а также другие группы фундаменталистов распространили информационный бюллетень, чтобы организовать массовый протест против Gulf and Western, головной компании Paramount Pictures. Каждый день в течение месяца 500 демонстрантов приходили к офисам компании Gulf and Western, которую возглавлял Ларри Диллер, и требовали закрыть проект. Скорсезе рассказал биографам, что Диллер при встрече с ним заявил: «Мне не очень хочется решать все эти проблемы, но выхода у меня нет». Отчасти протесты основывались на неверных сообщениях, в одном из которых утверждалось, что Скорсезе собирается изобразить Иисуса Христа гомосексуалистом, а в других предсказывались живописные эротические сцены. В компании Paramount Pictures вновь и вновь принимали решение отказаться от проекта, опасаясь, что горячие демонстранты сорвут съемки и воспрепятствуют показу фильма. Другие голливудские студии, также опасаясь мести религиозных экстремистов, отказывались даже прикасаться к проекту. Скорсезе планировал обратиться к европейским коллегам, однако собственные планы заставили его отложить проект на несколько лет.
Когда в 1987 г. студия Universal Pictures решила попытать счастья в изменившейся обстановке и поддержать фильм, она наняла Тима Пенлэнда, христианского консультанта по рынку, чтобы он помог примириться с заинтересованными религиозными организациями, однако Пенлэнд ушел, после того как на студии отказались выслушать его возражения, и позже присоединился к оппозиции. Преподобный Дональд Уилдмон, глава Американской семейной ассоциации (штат Миссисипи), потребовал, чтобы компания Universal отменила планы выпуска фильма, и заявил репортерам из United Press International, что фильм, «разумеется, самое извращенное, ложное представление об историческом и библейском Иисусе, которое я когда-либо встречал».
Организация Уилдмона разослала 2,5 миллиона экземпляров сценария 170 000 священникам и заручилась согласием всех кинотеатров в Сан-Антонио, штат Техас, не демонстрировать фильм. Другие религиозные организации выпустили антирекламу размером с целую газетную полосу с призывом уничтожить фильм. В интервью газете Los Angeles Times религиозный лидер, представлявший организацию Campus Crusade for Christ — «Крестовый поход в защиту Христа», Church of the Way — Церковь Пути и Голливудскую пресвитерианскую церковь, заявил, что фильм «изображает Иисуса Христа как человека с расстроенной психикой, разрываемого вожделением» и «представляет пугающий пример того, как одна из ведущих киностудий отмахнулась от ответственности перед народом в угоду финансовой прибыли». Пятнадцатого июля 1988 г. Билл Брайт, президент и основатель организации «Крестовый поход в защиту Христа», связался с компанией Universal и предложил выплатить студии компенсацию за все затраты, произведенные до настоящего момента и связанные с этим фильмом, в обмен на все копии картины, которые он обещал уничтожить. Шестнадцатого июля 1988 г. 200 членов Фундаменталистско-баптистского храма в Лос-Анджелесе устроили пикет возле студии, а через четыре дня — у дома Лью Вассермана, главы МСА. Пикетчики несли лозунги со словами: «Universal — Иуда Искариот!» и «Вассерман поддерживает антисемитизм!» — и распевали: «Еврейские деньги, еврейские деньги!»
За этим «последовали другие протесты, и во множестве газет и журналов на передовице появились статьи как в поддержку фильма, так и осуждающие его. В своей колонке от 24 июля 1988 г. Роджер Эберт задает вопрос: «Почему критики всегда нападают на серьезные художественные произведения, а тривиальные — игнорируют?» Хотя фильм не должен был выйти раньше 23 сентября 1988 г., ведущие христианского радио, такие как Пэт Робертсон, мать Ангелика, Пэт Бачанан и Пол Кроуч, призывали своих слушателей, которых насчитывалось до 11 миллионов человек, бойкотировать продукцию компании МСА и протестовать против фильма. Группы христианских фундаменталистов все более и более агрессивно требовали от компании Universal отменить выход фильма. В статье журнала Variety от 27 июля 1988 г. приводится фраза преподобного Уилдмона, позаимствованная из фильма «Грязный Гарри» (Dirty Harry): «Давай… испорть мне день», которую он произнес, узнав о том, что компания Universal собирается выпустить фильм в запланированный срок. Преподобный Джерри Фолуелл объявил войну компании Universal Pictures и обратился в Национальный пресс-клуб, назвав фильм «чистейшим богохульством и морально достойным осуждения». За два дня до выхода фильма католическая церковь Соединенных Штатов присоединилась к оппозиции и присудила картине класс «О» (morally offensive — оскорбляет мораль), а также предупредила 53 миллиона католиков страны, что фильм разрушает христианские ценности. Одиннадцатого августа 1988 г., за день до выхода фильма, специальная коалиция религиозных организаций устроила массовый протест около студии Universal. Двадцать пять тысяч человек разных вероисповеданий, держа Библии, распятия и плакаты, пели в знак протеста, в то время как лидеры провозглашали: «Мы начинаем протестовать… С христианским смирением покончено».
Когда компания Universal решила перенести демонстрацию фильма на шесть недель раньше, на 12 августа 1988 г., протесты усилились, и владельцы кинотеатров занервничали. Джеймс Эдвардс-младший, владелец 150 кинотеатров Эдвардса по всей стране, предупредил Universal, что, если в фильм не будут внесены «некоторые изменения», он не будет показывать его в своих кинотеатрах. Главы сети кинотеатров United Artists, состоящей из 2000 кинотеатров, и сети General Cinema Corporation, состоящей из 1339 кинотеатров, заявили, что не будут демонстрировать фильм ни при каких обстоятельствах.
Протестующие появлялись в каждом кинотеатре девяти городов, где проходила премьера: Лос-Анджелеса, Нью-Йорка, Сан-Франциско, Вашингтона, Чикаго, Сиэтла, Миннеаполиса, Монреаля и Торонто. В ожидании беспорядков в кинотеатрах была усилена охрана. В Лос-Анджелесе один из протестующих залил желтой краской рекламный плакат и одно из окон кинотеатра, а 400 демонстрантов раздавали религиозные брошюры. Сотни протестующих появлялись и в главных кинотеатрах других городов.
Выход фильма вызвал серьезную полемику в США. Марджори Хайнс охарактеризовала реакцию на фильм как, «наверное, самую сильную вспышку религиозной ненависти, иногда перерастающую в жестокость, какая возникала в Америке за последние годы». Большинство противников выступало против откровенных сцен, которые, по слухам, были включены в фильм, но которых сами они не видели.
Когда студия Universal провела премьеру фильма «Последнее искушение Христа» более чем в 35 городах, протесты продолжались, но уже в меньших количествах. В Новом Орлеане, штат Луизиана, и Санта-Ане, штат Калифорния, городские советы проголосовали за запрет на демонстрацию фильма. В Новом Орлеане вето было наложено полицейским жюри в двух округах, но кинотеатр в Санта-Ане проигнорировал запрет и продолжал показывать фильм. В Монтгомери, штат Алабама, страховая компания угрожала кинотеатру Capri аннулировать страховку, если фильм будет демонстрироваться. Губернатор штата Алабама Гай Хант поддержал запрет, так же поступили и городской совет, и мэр, и издатель местной газеты, однако горожане требовали разрешить показ фильма и добились этого. Более успешным оказался запрет в Оклахома-Сити, где регенты Государственного университета штата Оклахома отменили демонстрацию картины, решив, что она может привести к «серьезному подрыву уважения общественности к университету» и «серьезно оскорбит большую часть населения Оклахомы». Двадцать седьмого августа 1988 г. в Солт-Лейк-Сити воры украли копию фильма, предназначенную для показа в кинотеатре Cineplex Odeon Center, а экран кинотеатра — разрезали. В лос-анджелесских кинотеатрах вандалы разрезали кресла и краской из баллончиков писали угрозы Лью Вассерману.