Реализации замыслов столичного мэра воспротивился и Мособлсовет, который 26 ноября официально объявил, что «в период проведения экономической реформы» задуманное Поповым административное объединение Москвы и области неприемлемо из-за неразберихи, неизбежно сопутствующей таким смелым управленческим экспериментам.
4 июня 1992 г. президент Ельцин освободил Гавриила Попова от обязанностей мэра Москвы по его собственному желанию и 6 июня проводил в отставку первого избранного главу Москвы. В соответствии с Законом «О краевом, областном Совете народных депутатов и краевой, областной администрации» отставку должен был принимать не президент, а Моссовет, но, видимо, Попову было нестерпимо иметь дело с депутатами, чувства которых к своему бывшему председателю выразил зампред комиссии по законности Виктор Кузин: «Одним уголовником стало меньше».
Тогда же «Российская газета» опубликовала тексты двух содержательных указов президента РФ Б. Ельцина (№ 564 и 565), озаглавленных «О Г. X. Попове» и «О Ю. М. Лужкове». Речь в них шла о том, кого надлежит освободить от обязанностей мэра Москвы и на кого следует возложить таковые. Лужков был назначен не мэром, а главой городской администрации (с возложением на него обязанностей мэра). Вице-мэра у Лужкова не должно было быть, а нового премьера правительства Москвы Лужков предполагал назначить, посоветовавшись со своими министрами и экс-мэром.
Назначение Лужкова, оказавшегося для Моссовета еще менее приемлемой фигурой, чем его предшественник, депутаты сочли незаконным. 10 июня 1992 г. Моссовет предложил президенту России пересмотреть указ «О Ю. М. Лужкове», напомнив, что по закону кандидатура главы администрации должна быть согласована с представительной властью города.
Чтобы подвести черту под московско-ленинградскими экспериментами в области градоправления, Моссовет предложил Верховному Совету отменить связанные с институтом мэрства постановления президиума, а президенту – свои указы как противоречащие Конституции, а также законам «О краевом и областном Совете» и «О местном самоуправлении». По этому поводу комиссия Моссовета по законности готовила ходатайство в Конституционный суд. Наблюдатели считали действия Моссовета избыточными, поскольку противоречащие закону подзаконные акты теряли силу автоматически. Тем не менее 25 июня 1992 г. Моссовет выразил недоверие Лужкову как заместителю главы городской администрации и назначил выборы мэра на 5 декабря 1992 г.
Мэрия игнорировала все решения городской представительной власти. Моссовет, отвергший назначение Юрия Лужкова главой городской администрации как незаконное, выразил ему недоверие еще и как вице-мэру и назначил новые выборы мэра. (По закону в этом случае Лужков должен был сложить полномочия в двухнедельный срок – до 9 июля. Но Лужков, по заявлению его управделами, в отставку не собирался.) Опираясь на вступивший в силу в апреле Закон «О краевом, областном Совете народных депутатов и краевой, областной администрации», Моссовет активизировал попытки вернуть себе власть, узурпированную, как считали депутаты, бывшим горисполкомом (именуемым мэрией). Депутаты заявляли, что администрация систематически нарушала Конституцию и законы. Звучали и обвинения в коррупции: по словам зампреда комиссии по законности Виктора Кузина, «миллиард рублей гуманитарной помощи уворован у города по вине мэрии». Моссовет также ходатайствовал перед генпрокурором о возбуждении уголовного дела «по фактам противозаконных действий администрации города Москвы», в коих депутаты обнаружили признаки состава таких преступлений, как «вредительство», «злоупотребление властью» и «превышение власти» (ст. 69, 170 и 171 УК России).
Сам Юрий Лужков, по сообщению пресс-службы правительства Москвы, присутствию при рассмотрении своего «персонального дела» предпочел катание на подаренном американцами вертолете. Устами своего управделами Василия Шахновского он официально заявил, что не признает себя уволенным, обвинил депутатов в «безответственности» и пригрозил прервать всякие контакты с Моссоветом, в частности, не представлять ему на утверждение проект городского бюджета, а направлять его непосредственно в правительство России.
8 июля Малый совет Моссовета рассмотрел протест прокурора Москвы Геннадия Пономарева, просившего городскую представительную власть отменить решение о недоверии Юрию Лужкову. Прокурор усмотрел в нем нарушение закона. Он сослался на постановление ПВС РСФСР от 19 апреля 1991 г. о структуре органов власти Москвы и заключил, что Лужкова надлежит именовать «мэром», а не «заместителем главы администрации». Протест фактически был оставлен без удовлетворения. Зампред Моссовета Юрий Седых-Бондаренко в письме в прокуратуру указал, что данное постановление утратило силу в части, противоречащей Закону «О краевом, областном Совете народных депутатов и краевой, областной администрации», которым и руководствовался Моссовет. Он добавил, что указы президента об освобождении Гавриила Попова от обязанностей мэра и о возложении их на Юрия Лужкова не могут иметь силы, так как по закону принимать отставку первого и давать согласие на назначение последнего должен был все же Моссовет. В заключение зампред Моссовета упрекнул прокурора в «запутанных отношениях с законом и законностью».