Пасля прыяднання Заходняй Беларусі да БССР беларускае грамадзянства Вільні было перакананае, што горад будзе нарэшце ў складзе беларускай рэспублікі. Афіцыйныя савецкія ўлады нават наладзілі масавую ўрачыстасць з нагоды далучэння Вільні «на векі вякоў». Была створаная Віленская вобласць, пачала выходзіць, як і ў іншых абласных цэнтрах, газета «Віленская праўда» на беларускай мове. Але сталася іначай.
10 кастрычніка 1939 года Сталін перадаў Вільню з Віленскім краем (гэта быў абшар з насельніцтвам 457 тысяч чалавек) Летуве. Нарком замежных справаў СССР Молатаў адзначаў тады: «Мы ведаем, што бальшыня насельніцтва гэтага абшару не летувіская. Але гістарычнае мінулае ды імкненні летувіскага народа цесна звязаны з горадам Вільня, і ўрад СССР уважаў за неабходнае шанаваць гэтыя маральныя фактары». Зразумела, што такое «дабрадзейства» мусіла быць аплочанае. Напачатку Масква атрымала права на размяшчэнне ў Летуве вайсковых базаў, а неўзабаве, як вядома, і ўвогуле «праглынула» яе.
Пасля далучэння Віленшчыны да Летувы жамойцкае насельніцтва горада стала імкліва ўзрастаць за кошт перасяленцаў з этнічных жамойцкіх земляў. Адбывалася гэта і дзякуючы прытоку рабочых рук у прамысловасць, і ў выніку наплыву масы чынавенства, паліцыі, войска.
Становішча беларусаў тут сталася яшчэ горшае, чым пры паляках. Летувіская прапаганда сцвярджала, што яны не беларусы, а «страчаныя летувісы», што ім трэба толькі змяніць прозвішча, дадаўшы «-ас», «-іс» або «-ус», ды навучыцца жамойцкай мове. Беспрацоўе сярод беларусаў павялічылася, яны дыскрымінаваліся пры ўладкаванні на дзяржаўную службу. Тыя ж з іх, хто нарадзіўся па-за Віленшчынай, увогуле не маглі атрымаць летувіскае грамадзянства.
У часе вайны ініцыятарамі карных захадаў з боку немцаў супраць нацыянальна сведамых беларусаў нярэдка былі польскія шавіністы. Гэта разам з перадваеннымі сталінскімі рэпрэсіямі спрычынілася да катастрафічнага змяншэння колькасці беларускай інтэлігенцыі ў Вільні. І тым не менш у вайну тут яшчэ працавалі беларуская гімназія, настаўніцкая семінарыя, пачатковыя школы, выдавалася газета.
Паводле «Каляндарных нататак» Адама Станкевіча, пры канцы вайны летувісы панічна баяліся беларусаў, справядліва мяркуючы, што іхны актыўны калабарацыянізм, з аднаго боку, і шырокі супраціў беларусаў фашысцкай акупацыі ды іх каласальныя ахвяры — з другога, могуць даць падставу для паваеннага перагляду лёсу Вільні. Але Сталін не палічыў патрэбным вяртацца да гэтага пытання.
Канчатковае знішчэнне беларускага культурнага асяродку ў Вільні адбылося адразу пасля вайны. Летувіскі ўрад у асобе міністра асветы Ю.Жугжды не дазволіў адчыніць тут ніводнай беларускай школы, чаго дамагаліся А.Станкевіч ды іншыя беларускія дзеячы. Былі ліквідаваныя беларуская гімназія, настаўніцкая семінарыя, славуты музей імя І.Луцкевіча. Усё гэта адбывалася адначасна з новай хваляй рэпрэсій супраць нашай інтэлігенцыі. Практычна ўсе беларускія нацыянальныя дзеячы і іх сем'і падпалі пад арышты і дэпартацыю.
Па ўзгадненні з Масквой і Варшавай замест беларускіх школаў пачалі насаджацца польскія і расейскія, было наладжанае выданне газеты «Чырвоны штандар» на польскай мове. Як і раней, польскія ксяндзы стараліся ўбіць у галовы беларусам-каталікам, што ўзапраўды яны палякі. У гэтым былі зацікаўленыя і летувіскія ўлады. Яны, відаць, не бачылі іншага шляху дэнацыяналізацыі беларусаў Віленшчыны, бо разумелі, што перавярнуць іх на жамойтаў досыць праблематычна.
Тым не менш, маючы на мэце змяніць дэмаграфічную сітуацыю на сваю карысць, яны імкнуліся накінуць на беларусаў хоць бы сваю вонкавую абалонку: дзе толькі магчыма, запісвалі іх жамойтамі, перакручвалі імёны і прозвішчы на свой капыл (Міцкявічус замест Міцкевіч, Васіляўскас замест Васілеўскі, Астраўскайтэ замест Астроўская, Жвірбліс замест Верабей і г.д.). Адначасова праводзілася масавае перасяленне ў Вільню сялянаў з этнічнай Летувы. На працягу толькі 1944–1946 годоў сюды прыбыло блізу 100 тысяч новых жыхароў.
Праводзілася татальная летувізацыя тапанімікі Вільні і Віленскага краю (Меднікі сталі Мядзінінкай, Свянцяны — Швянчоніс, Салечнікі — Шальчынінкай, Вострая Брама — Аўшрас і г.д.).
Такім чынам Вільня набыла нязвыклае для сябе аблічча, упершыню за сваю шматсотгадовую гісторыю стаўшы жамойцкім горадам.