Хотя по количеству самолетов 16-я воздушная армия и превосходила немецкие ВВС почти в 1,8 раза, однако они представляли еще грозную силу. Гитлеровская авиация на берлинском направлении на 70 % состояла из истребителей. Многие истребительные части были вооружены самолетами ФВ-190, которые могли применяться и в качестве штурмовиков. Авиация базировалась на своих основных, хорошо оборудованных аэродромах. На прикрытии берлинского направления противник сосредоточил около 370 батарей ЗА и развернул широкую сеть радиолокационных постов обнаружения и наведения.
Немецко-фашистское командование пыталось применять против советских войск реактивные самолеты и самолеты-снаряды. Однако эта техника была несовершенной и не внесла каких-либо существенных изменений в обстановку. Летчики 16-й воздушной армии были готовы к борьбе с ней.
Готовясь к Берлинской операции, 16-я воздушная армия одновременно продолжала прикрывать сосредоточение войск, вести борьбу с авиацией противника, наносить удары по войскам и объектам обороны противника, а также выполнять задачи воздушной разведки.
Основная борьба на земле и в воздухе в этот период продолжалась за кюстринский плацдарм, который гитлеровцы пытались во что бы то ни стало ликвидировать. Части воздушной армии прилагали усилия к тому, чтобы оказать поддержку войскам на плацдарме. За период с 1 по 13 апреля в этих целях, несмотря на частые туманы, было выполнено 1800 самолето-вылетов, проведено 22 воздушных боя, сбито 18 вражеских самолетов.
Немало задач при подготовке к операции выпало на долю воздушных разведчиков. Они вскрыли группировку войск, резервов, базирование и численность авиации противника и установили характер его обороны в полосе предстоящего наступления, начиная от Одера и до Эльбы. Воздушная разведка велась с частотой 3–5 раз в сутки. Полоса наступления войск фронта, включая Берлин, была сфотографирована 6–8 раз, что помогло установить систему обороны и расположение фашистских войск. Вражеские аэродромы фотографировались почти ежедневно. Материалы аэросъемки использовались для составления разведывательных карт и планов, которые были доведены до командиров рот, батарей и авиаполков.
При подготовке к операции армия совершила на разведку 2600 самолето-вылетов. Данные воздушной разведки представляли большую ценность для командования и штабов всех степеней.
Командование воздушной армии большое внимание уделило организации взаимодействия авиации с сухопутными войсками и между родами авиации. По плану операции все штурмовые авиасоединения для взаимодействия были закреплены за армиями ударной группировки фронта. На период прорыва обороны противника штурмовые авиасосдинепия оперативно подчинялись командующим общевойсковыми армиями, а с вводом в прорыв танковых армий переподчинялись их командующим. Таким образом, все армии ударной группировки фронта обеспечивались штурмовой авиацией, которая в любой момент могла оказать им поддержку в бою.
На период операции были определены также взаимодействующие между собой авиасоединения и части.
Командиры и штабы авиасоединений, получив указания о порядке взаимодействия с сухопутными войсками и между родами авиации, отработали совместно планы взаимодействия. Затем командиры авиасоединений и частей, а также командиры — ведущие групп выезжали на передний край для ознакомления с местностью и расположением целей.
Боевые задачи командиры авиасоединений получили за пять дней до начала операции. Сосредоточение авиации на оперативных аэродромах происходило постепенно, в течение четырех-пяти дней. Перелеты велись на высотах не более 300 м. Удаление оперативных аэродромов истребителей и штурмовиков не превышало 10–20 км от линии фронта. Особое внимание уделялось маскировке аэродромов и борьбе с воздушными разведчиками противника.
Управление авиацией в операции строилось с расчетом обеспечить нанесение ударов по врагу в непосредственной близости от наступающих войск, чтобы войска могли максимально использовать их результат для продвижения вперед, особенно при прорыве обороны противника. Для более четкого управления авиацией над полем боя командиры взаимодействующих авиасоединений должны были находиться на командных пунктах командующих армиями (командиров корпусов). Кроме этого на направлении главного удара в 6 км от переднего края был организован вспомогательный пункт управления (ВПУ), на который был направлен заместитель командующего воздушной армией генерал А. С. Сенаторов.
В связи с тем что к борьбе с авиацией противника в Берлинской операции привлекались крупные массы истребителей, для улучшения управления ими по указанию командарма 16-й воздушной была развернута централизованная радиолокационная система, состоявшая из армейского и двух корпусных узлов наведения (при 3-м и 13-м иак), каждый из которых имел 2–3 радиолокационные станции.