Перед 16-й воздушной армией были поставлены следующие основные задачи: сохраняя господство в воздухе, надежно прикрыть войска фронта и переправы; во время артподготовки нарушить управление войсками противника в тактической глубине; с рассветом содействовать войскам в прорыве главной полосы обороны, вводу в прорыв танковых армий и действиям их в глубине; вести разведку противника. В соответствии с этими задачами командующий 16-й воздушной армией принял решение, а штаб разработал план боевого применения авиации, краткое содержание которого сводилось к следующему.
В ночь на 16 апреля перед началом наступления ударами 9-й гвардейской и 242-й нбад (120 самолето-вылетов) по штабам и узлам связи перед фронтом 5-й ударной и 8-й гвардейской армий нарушить управление войсками противника.
С началом наступления основные усилия воздушной армии направить на содействие войскам 3-й и 5-й ударных и 8-й гвардейской армий при прорыве ими обороны противника. При этом 2-й гвардейской шад, 6-му и 9-му шак (854 самолето-вылета) обеспечить непосредственное сопровождение пехоты. Затем силами 3-го бак (336 самолето-вылетов) в полосе 5-й ударной армии и силами 6-го бак, 188-й и 221-й бад (309 самолето-вылетов) в полосе 8-й гвардейской армии разрушить опорные пункты противника, находящиеся в глубине. Для прикрытия войск и авиации в полосе этих трех армий выделить 6-й и 1-й гвардейский иак, одну иад 13-го иак, 1-ю гвардейскую иад, один иап 282-й дивизии и 286-ю иад (1098 самолето-вылетов).
С подходом танковых армий и корпусов к полю боя главные усилия воздушной армии переключить на обеспечение их ввода в сражение и действий в оперативной глубине. В этих целях для 9-го танкового корпуса 3-й ударной армии выделить 2-ю шад и часть сил 6-го иак (240 самолето-вылетов штурмовиками и 120 истребителями) для 2-й гвардейской танковой армии — 6-й шак, 3-й бак и 3-й иак (соответственно 369, 180 и 937 самолето-вылетов); для 1-й гвардейской танковой армии — 9-й шак, 6-й бак и 188-ю бад, 1-й гвардейский иак, одну иад 13-го иак и 286-ю иад (600, 304 и 1091 самолето-вылет).
Для поддержки северной и южной вспомогательных группировок фронта выделить: для 47-й армии — часть сил 2-й гвардейской шад и 273-ю иад (160 и 176 самолето-вылетов) и для 69-й армии — 11-ю гвардейскую шад и 282-ю иад (392 и 204 самолето-вылета).
Задачу борьбы с авиацией противника в воздухе возложить: в полосе 5-й ударной и 2-й гвардейской танковой армий — на 3-й иак и в полосе 8-й гвардейской и 1-й гвардейской танковой армий — на одну иад 13-го иак. Кроме того, для борьбы с авиацией противника путем свободного поиска его самолетов и их уничтожения выделить 240-ю иад.
Всего в первый день операции 16-я воздушная армия должна была выполнить 8126 самолето-вылетов, из которых 3991 приходился на долю штурмовиков и бомбардировщиков, а остальные — на истребителей.
Поскольку фронт должен был начать наступление за два часа до рассвета, по решению Ставки к ночным действиям помимо двух нбад 16-й воздушной армии привлекались легкие ночные бомбардировщики 4-й воздушной армии для участия в авиационной подготовке и тяжелые бомбардировщики 18-й воздушной армии для авиационной поддержки войск в темное время суток.
Таким образом, основные усилия 16-й воздушной армии, в отличие от действий в других операциях, были направлены на максимальную поддержку сухопутных войск непосредственно на поле боя, чтобы в кратчайшие сроки сокрушить сильнейшую тактическую оборону противника, которая стояла на пути к Берлину.
До 90 % всех сил воздушной армии было нацелено для действий на направлении главного удара, наносимого с кюстринского плацдарма, и для поддержки главной ударной группировки сухопутных войск. Только таким путем можно было обеспечить успешное начало и последующее развитие наступления наших войск.
Для мощной и непрерывной поддержки с воздуха танковых армий и корпусов в этой операции выделялось более 70 % всех сил воздушной армии (20 авиадивизий из 28), поскольку действиям подвижных соединений отводилась решающая роль. Именно они должны были первыми ворваться в Берлин.
Наличие в армии достаточного количества истребителей позволило выделить целые авиасоединения для борьбы с авиацией противника помимо сил прикрытия сухопутных войск. Такое решение привело к быстрому разгрому гитлеровской авиации.
План боевого применения 16-й воздушной армии был разработан только на одни сутки, так как главную полосу вражеской обороны предполагалось прорвать в первый же день операции. В дальнейшем авиасоединения должны были действовать в соответствии с решениями командования фронта и обстановкой.