Круг сторонников Бориса сузился. Соперничество с соправителем Андреем Щелкаловым приобрело открытые формы. Опала на дьяка усугубила политическое одиночество правителя. Даже доброжелатели Бориса не питали иллюзий насчет его будущего. Австрийский посол Варкоч писал в 1589 г.: «Случись что с великим князем, против Бориса снова поднимут голову его противники… а если он и тогда захочет строить из себя господина, то вряд ли ему это удастся».
Наибольшую опасность для Годуновых таил сговор Шуйских с Нагими. Сговор мог иметь место лишь при одном непременном условии. Родня царевича Дмитрия, Нагие никогда бы не пошли на соглашение с регентом, если бы тот не признал прав царевича как законного наследника трона. Дело шло к заговору в пользу царевича Дмитрия. С точки зрения царствующей персоны подобного рода заговор означал грубое нарушение данной Федору присяги и не мог рассматриваться иначе, как государственное преступление.
Розыск о боярской измене должен был укрепить положение правителя. По свидетельству «Нового летописца», раздор с Шуйскими завершился тем, что Годунов будто бы подкупил слуг бояр Шуйских: «научи на них доводити людей их Федора Старова с товарищи и возложи на них измену».
Активную роль в расследовании играли бывшие опричники дворяне Татищевы. Дьяк Иван Тимофеев вспоминал, что Михаил Татищев помог Василию Шуйскому взойти на трон, но когда-то прежде, ради получения сана и чести, угождая Борису, «всеродна» бесчестил Василия, «даже и до рукобиения всеродно той досаждая». Всеродному гонению Шуйские подверглись в 1586–1589 гг. За свои заслуги перед Борисом Татищев получил чин ясельничего, а затем думного дворянина.
После розыска младшие Шуйские были арестованы в своих усадьбах и подвергнуты тюремному заключению. Князя Андрея заточили в тюрьму в Буйгороде. Как значится в книгах Разрядного приказа, «того же году 95-го сослан в опале в Галич князь Василий Иванович Шуйский». Из записи следует, что приставами у опального боярина Василия Шуйского и его брата Александра были Андрей Замыцкий и галицкий судья князь Михаил Львов. Оба дворянина внесены в список двора Федора (1588–1589 гг.). Против имени Замыцкого имеется помета «у Шуйских», против имени Львова — «у колодников, в Галич». Князей Дмитрия и Ивана оставили в селе Шуя. В дворовом списке конца 1588 г. имеются пометы о посылке приставов (Замыцкого, Окинфова, Вырубова) к арестованным Шуйским.
В том же списке против имени дворянина Федора Жеребцова сделана помета: «У Афанасия у Нагово». Очевидно, Нагой оказался под стражей одновременно с Шуйскими, и скорее всего по одному с ними делу. В декабре 1588 г. Афанасий сделал вклад в Троице-Сергиев монастырь «по сыне Петре». Сына арестовали и отправили в Антониев-Сийский монастырь. В начале 1589 г. власти распорядились усилить надзор за Петром, «приставить к нему приставов и никого не пускать к нему в келью».
Слухи об опалах в России широко распространились в Польше, и Борис счел необходимым опровергнуть их. Посольский приказ выступил с новыми разъяснениями по поводу Шуйских. «…Князь Ондрей Шуйской с братьею, — заявили московские послы, — учали перед государем измену делать, неправду и умышлять с торговыми мужики на всякое лихо, а князь Иван Петрович, им потакаючи, к ним же пристал, и неправды многие показал перед государем».
В чем именно состояли «неправды» и «измена» Шуйских и их приверженцев — «мужиков»? Обвинения включали, по-видимому, несколько пунктов: «злодейскую» попытку вмешаться в семейную жизнь великого государя и навязать ему развод, тайные сношения князей Шуйских с польским королем, сговор бояр с Нагими.
Со времен опричнины обвинения крамольных бояр в намерении «предаться» польскому королю стали традиционными. В отношении Ивана Шуйского обвинения такого рода поражали своей нелепостью. Именно Иван Шуйский отразил нападение Батория на Псков и стяжал славу героя войны с Польшей.