Тотчас после смерти Василия III правительница Елена Глинская выслушала «печалование» думы и митрополита и велела освободить от уз Андрея Шуйского и его брата. Если верить официальной летописи, освобожденный Андрей повел себя как сущий изменник: не медля ни дня, «злодей, мало побыв тако, пакы помысли к князю Юрью отъехати, и не токмо отъехати, но и на великое княжение его подняти, а у князя сего (Юрия) на мысли не бывало, понеже бо крест целовал великому князю: как было ему изменити?»
Пристрастность летописца очевидна. Царю надо было обелить родного дядю, а всю вину за происшедшее (в особенности за грядущую казнь Андрея Шуйского) возложить на изменников-бояр.
Ближе к истине другая летописная версия, автор которой знал многие подробности происшедшего. Когда Андрей Шуйский вернулся из тюрьмы, к нему пришел дьяк Юрия Третьяк Тишков с наказом звать его в удел. Удельный князь уже принес присягу трехлетнему Ивану IV, и дьяку пришлось давать объяснения по этому поводу: «Князя Юрья бояре приводили, заперши, к целованью, а сами князю Юрью за великого князя (трехлетнего Ивана IV) правды не дали: ино то какое целование? То неволное целование» (присяга). Иначе говоря, опекуны отказались заключить с Юрием традиционный договор — «докончание».
Через Андрея претендент на трон пытался склонить на свою сторону весь влиятельный клан Шуйских-Суздальских. Андрей отправился к боярину Борису Горбатому-Суздальскому и посвятил его в план заговора. «…Князь великий еще молод, — говорил Андрей, — а се слова носятся про князя Юрья; и толко будет князь Юрьи на государстве, а мы к нему ранее отъедем, и мы у него тем выслужим».
Рискованные действия заговорщиков не встретили сочувствия среди «братии» Андрея. Выслушав Шуйского, Горбатый «не всъхоте ехати ко князю (Юрию), но ему взъбраняше». Не медля, Борис отправился во дворец и подал донос. Спасая голову, и сам Андрей поспешил в думу с изветом. Горбатый якобы перезывал его на службу в удел, а Юрий дал ему знать, что «к нему хотят будто многие люди».
Заговор провалился, и власти посадили в башню сначала Андрея Шуйского, а затем князя Юрия с его боярами. Андрей провел в тюрьме еще пять лет. Лишь после смерти Елены Глинской правитель Василий Шуйский добился освобождения Андрея из заточения.
Благодаря опекунам братья Иван Плетень и Андрей Михайловичи Шуйские получили боярские чины.
Шуйские правили государством пять лет. После смерти последнего опекуна, князя Ивана Васильевича Шуйского, к власти пришли представители старшей ветви княжеского дома — князь Андрей Михайлович Шуйский с братом. Длительное пребывание в тюрьме давало о себе знать. Андрею недоставало политического опыта, расчетливости и осторожности. Его преследовали неудачи.
Когда юный великий князь стал оказывать милость боярину Федору Воронцову, Андрей Шуйский поспешил изгнать его из столицы. Князь и его советники «взволновашася между собою перед великим князем и митрополитом» и набросились на Федора в дворцовых хоромах: «биша его по ланитам и платие на нем ободраша и хотеша его убити». Вслед за тем Воронцова стащили «с великого князя сеней с великим срамом, биюще и пхаище, на площадь», после чего бросили в тюрьму. Шуйские и их пособники Головины не проявили уважения даже к митрополиту: «в кою пору от государя митрополит ходил к Шюйским, и в ту пору Фома Петров сын Головина на манатью наступал и манатью на митрополите подрал».
Члены думы имели право на боярский суд. Попытка устранения Воронцова без всякого суда вызвала недовольство у знати. Противники Андрея — новые «ласкатели» (фавориты) — опрометчиво вмешали несовершеннолетнего государя в свои распри. По приказу Ивана IV псари убили Андрея возле дворца напротив Курятных ворот. Убитый лежал наг в воротах два часа. Приверженцы князя Андрея князья Федор Скопин-Шуйский и Юрий Темкин-Ростовский попали в тюрьму.
Андрей Шуйский был первым боярином, убитым по приказу Ивана IV. В то время великому князю Ивану исполнилось 13 лет. «От тех мест, — записал летописец, — начали боляре от государя страх имети и послушание».
Достигнув совершеннолетия, Иван IV принял царский титул. Но этот акт мало что изменил в его взаимоотношениях с думой. Годы реформ стали для него годами ученичества. Государь всецело подчинился авторитету учителей и наставников Адашева и Сильвестра, действовавших в полном согласии с Боярской думой. Преобразования не могли быть проведены безличного участия Ивана IV и санкции со стороны руководства думы.