21 февраля 1613 г. Земский собор под давлением казаков объявил об избрании на царский трон Михаила Романова. Чтобы положить конец кровавой гражданской войне, нужен был человек, которого приняли бы оба враждующих стана, а главное, признал своим государем народ. Им стал Михаил Романов. Он унаследовал от отца и деда популярное в стране имя. Отец Михаила, Филарет, томился в польском плену. В народе его почитали как мученика за православную веру. Михаил сидел в осаде в Кремле с Мстиславским. Но это нисколько не скомпрометировало Михаила ввиду его несовершеннолетия. Решающее значение для народа имело то обстоятельство, что Михаил в качестве племянника царя Федора был связан родством с законной династией.
Избрание новой династии приостановило развал государства и создало предпосылки для преодоления состояния анархии и смуты в стране.
Сообщение о том, что Земский собор избрал на трон Романова, посеяло раздор в войске Заруцкого. На казачьем круге часть казаков высказалась за то, чтобы вернуться в столицу и получить от нового царя заслуженные деньги. Иван Толстой бежал из лагеря вместе с 200 детьми боярскими и казаками. Явившись в Москву, дворянин сообщил властям, что в стане мятежников нет согласия: «Зарутцкой, де, будто хочет идти в Кызылбаши, а Маринка, де, с ним идти не хочет, а зовет его с собою в Литву».
Московские события отняли у «царицы» Марины надежду на возвращение в царский дворец в Кремле. Она должна была понять, что только возвращение на родину может спасти ее и сына от смерти.
Сигизмунд III пытался привлечь Заруцкого на свою сторону, чтобы использовать его отряды в войне с Россией. Не позднее февраля 1613 г. в руки земских властей попали грамоты, которые вез атаману запорожский казак. Гетман Ян Ходкевич предлагал Заруцкому вернуться на королевскую службу. Вскоре Ходкевич поручил ротмистру Синявскому доставить атаману личное послание гетмана. Царские дипломаты следующим образом излагали содержание послания. Именем короля Ходкевич обещал боярину Новгород Великий и Псков либо Смоленск, по выбору Надо вспомнить, что Лжедмитрий I подписал договоре Юрием Мнишеком о передаче Марине Новгорода и Пскова в удел. Очевидно, этот договор и имел в виду Ходкевич. По всей вероятности, гетман адресовал письмо Заруцкому и «царице» Марине.
Новгород находился в руках у шведов, и казакам еще предстояло отвоевать его. Король будто бы обещал Заруцкому, что учинит «его великим у себя боярином и владетелем».
Атаман не слишком доверял щедрым посулам литовцев. Он поступил на службу к королю и помог Жолкевскому разгромить русско-шведское войско под Клушином. Но затем он предал поляков и причинил королевскому гарнизону Кремля столько бед, сколько не мог причинить никто другой. В Речи Посполитой атаману пришлось бы держать ответ за свои действия.
Заруцкий вел переговоры с поляками втайне от казачьего круга, что подрывало доверие вольницы к атаману.
Отклонив предложение перебраться в Литву, боярин стал подумывать о том, чтобы пробиться по Волге к Каспийскому морю и вместе с казачьим войском поступить на службу к персидскому шаху. Нимало не считаясь с волей Марины Мнишек, он решил увести ее с собой.
Заруцкий захватил и разграбил несколько тульских пригородов. Но попытки закрепиться под Тулой не дали результатов. Под натиском правительственных сил казаки отошли на Дон к Воронежу.
В конце июня — начале июля 1613 г. под Воронежем Заруцкий вступил в бой с войском воеводы Ивана Одоевского. Сражение продолжалось несколько дней и имело, по-видимому, неопределенный исход.
В казачьем войске множилось недовольство. Московские власти были осведомлены о положении дел в «воровском» лагере. Они переслали казакам перехваченные польские письма к Заруцкому. В свое время круг жестоко расправился с Прокофием Ляпуновым. Теперь опасность грозила Заруцкому. Казаки видели в поляках злейших врагов и считали сношения с ними предательством.
Покинув войско, отступавшее от Воронежа, Заруцкий бежал в степь с несколькими сотнями казаков. В его станс возник заговор. Казаки задумали схватить вождя и выдать его Москве, чтобы покрыть свою вину. Однако боярину удалось скрыться.
После сражения под Воронежем «воровской» лагерь покинуло 2250 казаков. С горсткой казаков Заруцкий ушел в Астрахань. Астраханцы давно отложились от Москвы. Толковали, будто они сами послали за «царевичем» Иваном Дмитриевичем.
Заруцкий окончательно завоевал поддержку астраханцев, прибегнув к обману. Он объявил, «бутто литва завладела» Москвой.