Осенью 1575 г. государь объявил об отречении и посадил на трон служилого татарского хана Симеона Бекбулатовича. Москвичи стали свидетелями новых казней. Иванец Московский перешел в «удел» и сформировал себе новую гвардию.
С отменой опричнины многие видные опричники поспешили избавиться от поместий в опричных уездах и получили от царя поместья в Шелонской пятине Новгорода Великого. В июле 1575 г. шелонские поместья были пожалованы Василию и Андрею Шуйским. Имение было богатым. Прежде им владел родственник царицы Анны Колтовской, постриженной в монахини.
Грозный наконец стал оказывать покровительство сиротам погибшего Ивана Шуйского. Он принял их к себе на службу в «удел». В дни похода Иванца Московского в 1576 г. Василий и Андрей Шуйские исполняли должность оруженосцев, а также должны были «в стану у государя спати и у ночных сторож в головах им же быти». Василий числился главным рындой у царя, Андрей — старшим оруженосцем при особе наследника.
Под видом передачи трона Симеону Грозный попытался возродить в стране опричные порядки. Знать была встревожена. Стремясь успокоить недовольных, самодержец поставил во главе «удельной» думы князя Ивана Петровича Шуйского. Вместе с ним на «дворовой» службе до последних дней жизни Ивана IV служил князь Василий Федорович Скопин-Шуйский.
Василий Шуйский с двумя братьями сопровождали самодержца в ливонском походе 1579 г. в качестве рынд при двух саадаках и царском копье. Участие в боевых действиях таило угрозу для жизни дворянина. 25 апреля 1580 г. князь Василий пожертвовал 30 рублей в Троице-Сергиев монастырь. Вклад свидетельствовал о том, что из всех братьев самым осторожным был Василий. В 1581 г. Василий и Андрей Шуйские были посланы на южную границу. Василий был назначен воеводой большого полка, а его брат — воеводой правой руки. Подчиненные им силы были совсем невелики. Служилый князь Михаил Одоевский был задет тем, что попал в подчинение Василию Шуйскому, и заспорил с ним о местах. Главные бояре решили дело в пользу Шуйского. Суд выяснил любопытные подробности. Оказалось, что воевода Иван Петрович Шуйский уступал «по счету в родстве» князю Василию и князю Андрею.
В конце Ливонской войны Шуйские добились исключительных успехов на военном поприще. В 1581 г. польский король Стефан Баторий осадил Псков. Оборону крепости возглавил «дворовый» боярин князь Иван Петрович Шуйский.
Под Псковом Баторий потерпел самую крупную неудачу в войне с Россией. Псков стал бастионом, о который разбилась волна неприятельского нашествия. Заслуги Шуйского получили всеобщее признание. Фактически он спас Россию от полного поражения в Ливонской войне.
На поле боя отличился также и князь Андрей Шуйский. Речь Посполитая заключила мир с Россией, Швеция продолжала войну. Шведы осадили Орешек в истоках Невы и 8 октября 1582 г. пошли на приступ, но были отбиты. Неделю спустя воевода Андрей Шуйский пробился в крепость с подкреплениями. Он руководил гарнизоном при отражении второго штурма. Шведы понесли большие потери и отступили.
Князь Василий не блистал на поле брани. Но это не повлияло на его дальнейшую карьеру. Успех объяснялся его исключительной знатностью. В апреле 1583 г. Василий получил пост в армии Мстиславского, выступившей против татар. Он возглавил полк правой руки, то есть был вторым лицом после главнокомандующего.
Гибель наследника престола царевича Ивана от руки отца породила глубокий династический кризис. Царевич Федор отличался плохим здоровьем и не имел детей. Он был слабоумным, и даже исполнение придворных церемоний давалось ему с трудом. Многие с полным основанием сомневались, что новый наследник способен управлять страной в обстановке военного поражения и разрухи. Чтобы преодолеть кризис, Иван IV прибегнул к обычной для него политической игре. Он объявил Боярской думе, что намерен покинуть трон и уйти в монастырь.
Папский легат Антонио Поссевино собрал важные сведения об этом эпизоде в дни посещения Москвы в феврале 1582 г. По его свидетельству, государь обратился с длинной речью к Боярской думе. Не вдаваясь в подробности, он заявил, что наследник умер и это произошло из-за его грехов. Некоторые обстоятельства, продолжал он, дают повод сомневаться, будет ли власть прочной, если она перейдет к младшему сыну Федору. Ввиду этого монарх потребовал от бояр, чтобы те подумали, кто из наиболее знатных людей в царстве мог бы занять место государя.