Лишившись легальных возможностей покинуть хозяев, крестьяне начали бегство нелегальное. В сельской местности все чаще и не без оснований говорили о появлении в лесах разбойников, об избиении слугами и холопами их господ. Массы крестьян и холопов устремились на южные окраинные земли, быстро пополняя ряды казачьей вольницы.
Другим важнейшим событием стало утверждение патриаршества. Это явилось следствием многоходовой интриги, которую с успехом осуществили Федор и Борис Годунов.
Вселенский Константинопольский патриарх Иеремия II, занявший престол после свержения его предшественника Феолипта турецким султаном, застал полное разорение, османы даже забрали под мечеть патриарший собор. В этих условиях патриарха, наслышанного о щедрых дарах Федора восточным иерархам, не сложно было заманить в Москву. Там царь и Годунов ему указали на неправильность положения, при котором Русская церковь увенчана лишь митрополичьей кафедрой. Иеремия начал торг: столь драгоценный товар можно было продать лишь один раз. После подчеркнуто любезного официального приема патриарха отпустили на обед и… «забыли» о нем — на несколько месяцев, запретив покидать столицу. Он не выдержал ожидания и согласился… стать патриархом Русской церкви. Федор Иванович и Годунов идею вроде бы одобрили, но… предложили ему обосноваться во Владимире, поскольку в Москве-де уже есть митрополит Иов. Наконец, Иеремия дал себя уговорить.
26 января 1589 года в Успенском соборе был поставлен первый русский патриарх — Иов (даты в книге приведены по старому стилю, для вычисления нового стиля применительно к XVII веку надо прибавить 10 дней). В Соборной уставной грамоте, узаконившей патриаршество, объявлялось, что «ветхий Рим пал от ереси», новый Рим — Константинополь — порабощен безбожными племенами агарянскими (т. е. мусульманами), поэтому третий Рим есть Москва.
Наконец, в 1591 году произошло еще одно — роковое для российской истории — событие: в Угличе при крайне загадочных обстоятельствах погиб 8-летний царевич Дмитрий, страдавший эпилепсией. Народная молва, которую с усердием распространяли и отодвинутые в сторону аристократы, сразу заговорила об убийстве, якобы организованном Годуновым, прокладывавшим себе путь к престолу.
В 1598 году, когда умер царь Федор Иоаннович, пресеклась правившая династия. Это событие само по себе вызвало острейший общенациональный шок и кризис. Как справедливо подчеркивал Ключевский, узлом, связывавшим все отношения в Московском государстве, было «лицо известной династии, и государственный порядок признавался возможным только при государе именно из этой династии. Потому, когда династия пресеклась и, следовательно, государство оказалось ничьим, люди растерялись, перестали понимать, что они такое и где находятся, пришли в брожение, в состояние анархии… Пришлось выбирать царя Земским собором. Но соборное избрание по самой новизне дела не считалось достаточным оправданием новой государственной власти, вызывало сомнения, тревогу».
С этого момента власть перестала быть богоданной. Она теряет прежнюю легитимность и начинает искать новую. В борьбе за освободившийся трон столкнулись Боярская дума, расколовшаяся на сторонников бояр Романовых (родственников первой жены Ивана Грозного) и Бориса Годунова, и Земский собор. На Соборе, собравшемся на патриаршем подворье, Годунов получил поддержку. Боярская дума считала, что лишь она как высший государственный орган может вынести решение о престолонаследии. Не договорившись о конкретной кандидатуре, Дума предложила самому красноречивому своему члену дьяку Щелканову выйти к народу и предложить принести присягу на имя Думы, вводя тем самым боярское правление взамен монархии. Народу эта идея явно не понравилась. Тем временем Собор отправил шествие к Борису в Новодевичий монастырь, где он дал уговорить себя занять престол.
Монархия стала выборной, чего, кстати, в Западной Европе не наблюдалось. Борис Годунов стал первым, но не последним царем, избранным «всей землей».
Правление Годунова, драма которого столь талантливо описана пером Александра Сергеевича Пушкина, было несчастным. Как писал «наш Тацит» (слова Пушкина) Николай Михайлович Карамзин, «Годунов не имел выгоды быть любимым, ни уважаемым, как прежние монархи наследственные. Бояре, некогда стояв с ним на одной ступени, ему завидовали; народ помнил его слугою придворным. Нравственное могущество царское ослабело в сем избранном венценосце». Годунов, выходец из второстепенной ветви старинного московского боярства, так и не сможет изменить восприятие его аристократической элитой — выскочка, недоцарь, «низкий по отечеству».