Само начало правления Петра связано с так называемой «малой смутой» – хованщиной. Его единокровный брат Федор Алексеевич, унаследовавший трон в пятнадцатилетнем возрасте после смерти Алексея Михайловича в 1676 году, правил тихо и недолго и скончался в 1682 году бездетным. Этот момент стал поводом для смуты. Дело в том, что за Федором Алексеевичем стоял его род его матери – Милославские, за Петром Алексеевичем – род его матери, Нарышкины. Если переход власти от отца к сыну был воспринят этими группировками как естественный и правомерный, то переход власти от брата к единокровному брату означал возможную смену лиц, определявших властную волю от имени юного царя. Поэтому на похоронах Федора Алексеевича его сестра царевна Софья устроила политический спектакль. Был он спровоцирован сторонниками Петра – патриархом Иоакимом, использовавшим проходящий в то время Земский Собор, который продолжал прежние реформы – уравнение прав по сословиям, но сыграл свою роль в том, чтобы закрепить права Петра на престол. Собор провозгласил Петра царем. В ответ Софья распустила слух, что царь Федор был отравлен. На призыв к бунту откликнулись стрельцы – единственная военная сила, которая в Москве исполняла двусмысленную роль римской преторианской гвардии: требовала к себе особого отношения и особых размеров жалования.
«Сцена из истории Стрелецкого бунта. Иван Нарышкин попадает в руки мятежников» (Стрельцы выволакивают из дворца Ивана Нарышкина. Пока Пётр I утешает мать, царевна Софья наблюдает с удовлетворением) (А. И. Корзухин, 1882 г.)
30 апреля 1682 года стрельцы ворвались в Кремль с требованием к Нарышкиным выплатить долги по жалованию (а оно в силу сложного военного положения выплачивалось нерегулярно) и устранить неугодных полковников. Молодому царю (а скорее Нарышкиным) пришлось согласиться на условия стрелецкого ультиматума. 15 мая стрельцы вновь вламываются в Кремль – под предлогом распространенных слухов, что старший брат Петра Иван задушен Нарышкиными. Царица Наталья Нарышкина вынуждена выйти на Красное крыльцо с детьми. Но этого оказалось мало: в руках у стрельцов обнаружились списки неугодных, которые должны были быть им выданы. Из толпы слышались крики о том, чтобы Петр передал корону своему старшему брату, который в действительности не мог править в силу душевной болезни. Начавшиеся бесчинства и убийства продолжались несколько дней.
«Стрелецкий бунт» (Царица Наталья Кирилловна показывает Ивана V стрельцам, чтобы доказать, что он жив-здоров) (Н. Д. Дмитриев-Оренбургский, 1862 г.)
Фактически власть в Москве была захвачена Милославскими. Им оставалось лишь поставить под сомнение царский статус Петра. Начальник Стрелецкого приказа князь Хованский выступил с инициативой совместного царствования Петра и Ивана. Под угрозой стрелецкого мятежа Боярская дума и Освященный Собор нарекли царем Ивана, а Петру досталась роль царя-соправителя. Через неделю было объявлено, что по молодости обоих царей от их имени будет править царевна Софья, затем смутьянам были выданы похвальные жалованные грамоты, а на Красной площади был установлен столп с именами убитых «злодеев» – убийство было объявлено геройством.
Так, опираясь на стрельцов, Милославские установили контроль за властью. И тут же подавили выступление крестьян, вздумавших использовать смуту, чтобы добиться и для себя каких-то послаблений по государственным обязанностям. Государственная традиция уже пустила корни, и борьба вокруг престола не отменяла учрежденных Алексеем Михайловичем порядков. Они были приняты правящими слоями, но еще не полностью укоренились в народе. Поэтому венчание на царство Ивана и Петра по новому церковному обряду были использовано сторонниками старого обряда для организации волнений. Под давлением раскольников в Грановитой палате Кремля в присутствии патриарха и царевны Софьи состоялись «прения о вере». Взаимные оскорбления дошли до того, что староверы потребовали, чтобы Софья отказалась от власти и ушла в монастырь. Расчет, что стрельцы поддержат смуту, в данном случае не оправдался. На следующий день лидер староверов суздальский священник Никита Пустосвят (прозвище о. Никите дал патриарх Иоаким, когда у него закончились аргументы) был казнен, а остальные участники «прений» схвачены и сосланы. Позднее – в апреле 1682 – был казнен и признанный лидер староверов Аввакум Кондратьев, проклинавший государственную и церковную власть за измену старой вере.