Первая часть основного контингента советских войск прибыла из Эстонии. В состав конвоя входили ледокол «Ермак», несколько портовых ледоколов и пять транспортов, на которых разместилось около 7000 человек, полевые пушки, танки, транспортные средства и береговая артиллерия. Проводкой судов руководили финские лоцманы, среди которых, естественно, находился и финский разведчик. В пути у финнов спрашивали, где находится дворец Маннергейма (так называли виллу Маннергейма, нынешнее кафе «Изба четырех ветров»), в какие кинотеатры они порекомендовали бы зайти… Но взору прибывших предстал безлюдный город, в котором торчали трубы сгоревших домов и где видны были следы недисциплинированности финской эвакуационной команды.
Штаб военно-морской базы разместился в городе Ханко в здании на Бульварной улице дом 20, командование базы жило на улице Смены, а офицеры штаба — в близ расположенных домах. В разговорах стало употребляться название «Гангут». В старинном здании ратуши открылся Дом флота, кирха стала служить местом культурных встреч представителей наземных родов войск, на ее входной двери можно было прочесть: «Клуб».
В первую очередь приступили к созданию береговой и противовоздушной обороны. Штаб береговой обороны расположился в Ханконкюля (Ханковская деревня). Чтобы затруднить наблюдение с финской стороны, на границе соорудили из жердей плотный забор высотой 4 м; перед ним проходила контрольно-следовая полоса, чуть дальше натянули сплошную колючую проволоку.
К сентябрю 1940 года численность личного состава базы составляла около 10 000 человек. С этого времени было открыто железнодорожное сообщение с Ленинградом, а три пассажирских судна регулярно ходили по линии Ленинград — Таллин — Ханко. В городе действовала почта, сберегательные кассы, милиция и ЗАГС, работали школа, магазины, библиотеки, кинотеатры, аптеки и больницы. Мыс Удд-скатан, на котором капитан Б. М. Гранин стал разводить уток, назвали мысом Утиным; в городе появилась площадь 1 Мая, улицы Суворова, Кирова, Летчика Борисова.
Задачей военно-морской базы Ханко в военное время являлась оборона артиллерией и минными заграждениями устья Финского залива и северной стороны. С южной стороны такая же задача ставилась гарнизону острова Осмуссаар, находящемуся в 60 км от острова Руссарэ. Военно-морская база Ханко должна была иметь:
305-мм четырехорудийную батарею на острове Руссарэ и несколько других батарей меньшего калибра;
бригаду подводных лодок;
бригаду торпедных катеров;
отряд кораблей охраны водного района (ОВР);
эскадрилью гидросамолетов МБР-2.
Строительство военно-морской базы, которая в советских документах 1940 года значилась как ВМБ Гангэ, началось на всей арендованной территории протяженностью от перешейка до западной оконечности в 22 км. Строительные и инженерные подразделения объединялись Особым линейным строительством № 3 (ОЛС-3), штаб которого находился на острове Осмуссаар. ОЛС-3 было создано в 1940 году в период строительства на Осмуссааре двух 180-мм башенных, двух 130-мм открытых и одной 76-мм зенитной батареи. На Ханко ОЛС-3 возводил все оборонительные сооружения. Начальником строительства назначили военного инженера 3 ранга П. И. Сошнева, главным инженером — военного инженера Б. Я. Слезингера, которые подчинялись Особому строительному отделу, дислоцированному в Палдиски.
ОЛС-3 на Ханко подчинялись:
46-й строительный батальон и 124-й инженерный батальон (в 1941 году вошедшие в состав 219-го стрелкового полка);
8-й железнодорожный батальон;
центральные мастерские ВМБ Ханко (начальник — Л. И. Першонин), обеспечивавшие строительные работы необходимыми заготовками, строительными деталями, приспособлениями и оснасткой, а также производившие текущий ремонт строительного оборудования.
ВМБ Ханко находилась в непосредственном подчинении командующего Краснознаменным Балтийским флотом вице-адмирала В. Ф. Трибуца. Первым командиром базы был капитан 1 ранга С. Ф. Белоусов, затем исполняющим обязанности командира стал генерал-майор береговой службы А. Б. Елисеев, которого 13 мая 1941 года сменил генерал-майор береговой артиллерии Сергей Иванович Кабанов. Начальником штаба был капитан 1 ранга Петр Григорьевич Максимов, политуправление возглавлял батальонный комиссар Арсений Львович Расскин, прибывший на Ханко еще в ноябре 1940 года.
Гангутский полуостров был окружен многочисленными мелкими островами — лучшей защиты с моря для стоящих в глубине рейда кораблей и судов нельзя было и придумать. В небольшом порту имелись оборудованные пирсы, холодильники, подъемные устройства.