После возвращения в Россию летом 1704 г. Крюйсу было поручено сначала управление, а затем командование Балтийским флотом. Здесь он установил порядок в распределении команд по судам, дал инструкции по снабжению судов и Адмиралтейства всем необходимым, укрепил оборонительные сооружения острова Котлин. В итоге деятельности Корнелия Ивановича флот был приведен в боевую готовность. И вовремя.
В начале июня 1705 г. к Котлину подошел шведский флот под командованием адмирала Анкерштерна в составе 7 линейных кораблей, 6 фрегатов и многих мелких судов. Казалось, что судьба Санкт-Петербурга решена. Шведам достаточно было овладеть островом, свободно пройти в устье Невы и захватить строящийся город, воплотив идею своего короля Карла XII, который однажды сказал: «Пусть брат Петр строит, нам это пригодится». Однако благодаря грамотно организованной Крюйсом обороне малочисленного русского флота и укрепленного им острова враг вынужден был отказаться от амбициозных планов.
Кампания 1706 г. не была для Крюйса примечательной ничем, кроме серьезной ссоры вице-адмирала с шаутбенахтом Боцисом, за что вице-адмирал получил «неудовольствие» российского монарха. Видимо, Петр не зря поручил им одинаковые роли на своей свадьбе, пытаясь наладить контакт между этими непримиримыми морскими начальниками, одинаково ревностно служившими морской славе России.
После царской свадьбы Корнелий Иванович отправится с эскадрой на корабле «Рига» защищать Кронштадт от нападения шведов. 24 июля 1712 г. он упустил три шведских корабля, которые могли быть пленены или потоплены. За это его судили, но не строго. А вот в следующем, 1713 г., во время погони за шведскими судами, его корабли «Рига» и «Выборг» сели на мель, да так, что «Выборг» русские вынуждены были сжечь, чтобы не достался неприятелю. Новый суд с участием государя приговорил Крюйса к смертной казни, которую заменили ссылкой в Казань.
В 1715 г. Крюйса возвратили из ссылки, в 1717 г. назначили вице-президентом Адмиралтейств-коллегии, а по случаю заключения мира со шведами в 1721 г. произвели в адмиралы. Корнелий Иванович до самой смерти, наступившей 3 июля 1727 г., прослужил в Адмиралтейств-коллегии, редко в последние годы приезжая на службу, подписывая бумаги на дому. Российского адмирала похоронили в Амстердаме, а его вдова пожизненно владела деревнями, пожалованными супругу за службу в России.
Петербургский дом адмирала Крюйса был одной из первых построек на берегу Невы, на будущей Дворцовой набережной. Он находился на участке, занимаемом ныне южным павильоном Малого Эрмитажа и западной частью Нового Эрмитажа. Первые деревянные хоромы Крюйс построил в 1705–1706 гг. по собственному проекту. Это было одноэтажное здание на высоком цоколе с главным фасадом на Неву, от которого отходили два дворовых флигеля. Дом венчала высокая двускатная крыша, покрытая тесом.
В одном из помещений дома собиралась протестантская община Петербурга, а в 1708 г. во дворе дома построили деревянную лютеранскую церковь, которую возглавил пастор Вильгельм Толле, привезенный Крюйсом в Петербург в 1704 г. Храм освятили во имя Святого апостола Петра. При церкви работала немецкая школа. Впоследствии эта школа переехала на Невский проспект и получила название «Петришуле». В настоящее время школа является старейшим учебным заведением Петербурга.
В 1719 г. Крюйс начал строить на своем участке каменное здание по проекту и под руководством архитектора Маттарнови, который скончался осенью того же года. Руководство строительством, которое в основном закончилось к 1724 г., перешло к архитектору Н. Ф. Герблю. В этом новом каменном доме Крюйс провел остаток жизни, а после его смерти лютеранскую церковь Св. Петра перенесли на Невский проспект (ныне дом 22–24). Она с перестройками просуществовала до 1832 г., а затем архитектор А. П. Брюллов перестроил ее в камне.
Перед отъездом в Голландию вдова Крюйса продала дом казне за 4000 кусков парусины. Здесь сначала поселился граф Карл Скавронский, потом жили придворные. В конце 1750-х гг. дом оказался по соседству с Зимним дворцом, построенным Растрелли, и при Екатерине II здесь построили здание Эрмитажа.
Посажёная мать царица Прасковья Федоровна
Кроме супруги вице-адмирала Крюйса, посажёной матерью на свадьбе Петра и Екатерины была вдовствующая царица, 47-летняя Прасковья Федоровна, невестка государя. Родом она была из Салтыковых – знатной русской дворянской фамилии, представители которой с XIII столетия верой и правдой служили русским государям. Правда, не все так благостно было в этом роду. В частности, прадед Прасковьи Федоровны, боярин Михаил Глебович, по прозвищу Кривой, оказался предателем, служил самозванцам и променял русскую землю на польскую. Тем не менее род Салтыковых справился с этой бедой, вернулся в лоно родной земли, православия и продолжил службу русским государям.