О начале войны лицеисты узнали из манифеста от 13(25) июня. Царь взывал ко всем подданным, ко всем сословиям и состояниям, духовным и мирским, призывая их «единодушным и общим восстанием содействовать против всех вражеских замыслов и покушений», поражать неприятеля на каждом его шаге, не внимать никаким его лукавствам и обманам. Манифест содержал знаменитую фразу: «Соединитесь все: с крестом в сердце и с оружием в руках никакие силы человеческие вас не одолеют».
Светскую власть поддержала Церковь. Священный синод выпустил воззвание, которое вместе с царским манифестом читалось во всех храмах страны. В воззвании Наполеон именовался «властолюбивым, ненасытным, не хранящим клятв, не уважающим алтарей врагом, который покушается на нашу свободу, угрожает домам нашим и на благолепие храмов Божиих простирает хищную руку». Начавшуюся войну Церковь рассматривала, как нависшее над Россией искушение; его надо преодолеть с Божьей помощью и ещё больше утвердиться на Его промысел. С амвонов российских храмов звучал призыв «принять оружие и щит, охранить веру отцов».
Царский манифест и воззвание Синода сыграли немалую роль в духовном вооружении населения России. Пушкин говорил: «Известие о нашествии и воззвание государя поразили нас».
С замиранием сердца следили подростки за развитием событий: в действующих армиях (1-й и 2-й Западных) у многих были родственники. С непосредственностью и нетерпением отрочества, с его преувеличенным представлением о своих возможностях они рвались вослед ушедшим.
Наполеон с основными силами Великой армии рвался к Москве, на Петербург наступал маршал Н. Удино, которому противостоял 1-й пехотный корпус генерала П. Х. Витгенштейна. Надежды на успех действий последнего были минимальными, поэтому царь сразу озаботился тем, чтобы сохранить исторические и художественные ценности столицы. Находясь в армии, Александр направил 4 июля рескрипт фельдмаршалу Н. И. Салтыкову, в котором указывал на необходимость вывоза из Петербурга архивов, картин Эрмитажа, дворцовых драгоценностей, военных трофеев, двух статуй Петра I и статуи А. В. Суворова, книг и рукописей Императорской публичной библиотеки.
Приготовления к эвакуации вызвали обоснованное беспокойство населения столицы, и в «Санкт-петербургских ведомостях» появилось следующее разъяснение: «Здесь, в Санкт-Петербурге, берутся некоторые меры к вывозу отселе нужных вещей. Сие отнюдь не для того делается, чтобы какая-нибудь опасность угрожала столице. Настоящее время не представляет никакой опасности, но мы бы погрешили против Бога, если б с несомненною уверенностию стали утверждать будущее, о котором Он один знает. Вся надежда на искоренение врагов, невзирая на успех движения их внутрь России на нашей стороне. Однако и в самых надёжных обстоятельствах помышление о предосторожности не долженствует наводить ни страха, ни уныния».
Редкую заботливость о лицеистах показал в это время граф А. К. Разумовский, глава Министерства народного просвещения. В предписании директору лицея Малиновскому о перемещении этого учебного заведения в другую губернию он ставил вопросы о одежде и обуви лицеистов, о приобретении дорожной посуды, о медицинском персонале и прочем. Словом, искренне радел о судьбе тринадцатилетних отроков в той глуши, куда их могла забросить неизвестность военных бурь.
К счастью, Витгенштейну удалось сдержать напор корпуса Удино. 18–19 июля у селения Клястицы Дрисского уезда Витебской губернии наступление противника было остановлено и необходимость в эвакуации людей, материальных и художественных ценностей Петербурга отпала. Царь высоко оценил действия Витгенштейна: он был награждён орденом Св. Георгия 2-го класса и получил известность как спаситель Петербурга. Лицеист Пушкин упомянул прославившегося генерала в своём первом опубликованном стихотворении «К другу стихотворцу»:
По поводу последнего утверждения подростка следует сказать, что победа при Клястице далась трудно. Витгенштейн доносил царю: «После упорнейших и кровопролитных сражений, продолжавшихся три дня беспрерывно от самого утра до ночи, наконец, благодарение Всещедрому Богу и слава победоносным российским войскам, победа над коварным и сильным врагом Отечества нашего нами одержана. Корпус маршала Удино, состоявший из трёх лучших французских пехотных дивизий, совершенно разбит, приведён в величайшее расстройство, ретировался в беспорядке и спасся только помощью лесных мест и переправою через маленькие речки, на которых жёг и истреблял мосты, чем удерживал и останавливал быстроту нашего за ним преследования».