На военно-морскую базу Либава должен был базироваться передовой отряд КБФ, который имел задачу защищать Рижский залив и действовать в средней части Балтийского моря. Но неудачное расположение этой базы в непосредственной близости от границ с Германией и скученность кораблей в Либаве беспокоили командование ВМФ. Поэтому было признало более целесообразным базировать передовой отряд флота на Рижский залив в Усть-Двинске (Даугавгрива), что позволяло создать глубоко эшелонированную противовоздушную оборону, а также прикрыть район базирования береговой артиллерией с острова Сааремаа и южного побережья Ирбенского пролива. Кроме того, считалось, что базирование передового отряда на Рижский залив обеспечит ему большую скрытность развертывания при проведении активных действий в средней части Балтийского моря и сообщения с базами Финского залива через пролив Муху-Вяйн.
Благодаря выходам из Рижского залива на север через Моонзунд и на запад через Ирбенский пролив ВМБ была выгодной в оперативном отношении. Правда, она имела свои минусы: залив зимой замерзает, выход на север мелководен. Никогда ранее в Риге не базировались крупные корабли.
Для создания военно-морской базы в Даугавгрива в августе 1940 г. постановлением СНК за КБФ были закреплены гавань Мильгравис с причальной линией около 700 м, Зимняя гавань с судоремонтными мастерскими и крепость в Даугавгриве с минным складом. Зимой 1940/41 г. было начато строительство причалов, складов, топливных цистерн, мастерских и других объектов, необходимых для базирования кораблей. Устье Западной Двины было удобно для рассредоточения кораблей, вплоть до крейсеров.
Фактически эта база начала формироваться с середины июня 1941 г. В состав Прибалтийской военно-морской базы должны были войти Либавская ВМБ и Береговая оборона Рижского залива. Таким образом, Прибалтийская ВМБ включала порты Лиепаю и Вентспилс, Рижский залив, южную часть Моонзунда и остров Сааремаа.
Приказ о создании Прибалтийской ВМБ был подписан Народным комиссаром ВМФ 21 июня, т. е. за один день до начала войны. Поэтому с началом войны она оказалась не в состоянии обеспечить базирование на нее кораблей передового отряда КБФ и управление авиацией и береговой артиллерией.
До начала войны из Либавы в Усть-Двинск были переведены: отряд легких сил в составе крейсеров «Киров», «Максим Горький» и двух дивизионов эскадренных миноносцев в составе «Гневный», «Гордый», «Грозящий», «Стерегущий» и «Сметливый» (1-й дивизион); «Стойкий», «Сильный», «Сердитый» и «Сторожевой» (2-й дивизион).
1-я бригада подводных лодок в составе двух дивизионов (семь лодок типа «С»), эсминец «Энгельс» и плавучие базы «Иртыш» и «Смольный». Остальные 15 лодок бригады находились в Либаве.
Отряд торпедных катеров (6 единиц). Три тихоходных тральщика (бывших латвийских — «Вирсайтис», «Вистурс» и «Иманта»).
В распоряжении командира Прибалтийской военно-морской базы не было быстроходных тральщиков, столь необходимых для обеспечения деятельности ОЛСа, сторожевых кораблей и малых охотников, а также вспомогательных кораблей.
Большая часть кораблей Отряда легких сил перешла в Рижский залив, не имея полного запаса топлива. Прием топлива мог производиться только в Риге в гавани Мильгравис, которая не была полностью для этого оборудована, и в ней могли одновременно принимать топливо не более двух эсминцев.
Для прикрытия кораблей в Усть-Двинске и островов Моонзундского архипелага необходимо было создать сильную противовоздушную оборону Рижского залива и Моонзунда. Острова Сааремаа и Хиума занимают очень выгодную позицию для эшелонированного расположения средств ПВО и базирования истребителей. Планировалось к 1942 году иметь на островах три полка зенитной артиллерии.
К началу войны на островах и побережье Рижского залива было установлено всего 10 зенитных батарей, из них в Усть-Двинске — две. Такое число зенитных батарей не обеспечивало противовоздушной обороны кораблей. К началу войны в Риге и Либаве базировались отдельные эскадрильи гидросамолетов. Часть самолетов-истребителей 13-го и 71-го авиаполков базировалась на аэродромах Таллина и Ханко. На аэродроме в Пярну находились бомбардировщики 73-го полка.
Таким образом, Прибалтийская и Либавская военно-морские базы, а также корабли, действующие в Балтийском море, Рижском заливе и в районе островов Моонзундского архипелага, не имели истребительного прикрытия.
Острова Моонзундского архипелага — Сааремаа (Эзель), Хиума (Даго), Муху (Моон) и Вормси — и большое число мелких островов расположены у западного побережья Эстонии на стыке вод центральной части Балтийского моря с водами Финского и Рижского заливов.