Выгодное военно-географическое положение Моонзундских островов определяет их значение для обороны входов в Финский и Рижский заливы и обеспечения активных действий в Балтийском море. Поэтому после начала Первой мировой войны Моонзунд использовался как район базирования миноносцев и подводных лодок. Именно здесь, в Моонзунде и Рижском заливе, развернулись самые ожесточенные бои между русским и германским флотами в годы Первой мировой войны.
Командованием КБФ район Моонзундских островов предполагалось использовать как базу для легких сил флота, он был удобен для базирования кораблей до крейсеров включительно. С этой целью в Рохукюля было начато строительство маневренной базы. В феврале 1941 г. был произведен промер и обвеховывание Моонзунда и написано наставление для плавания проливами Соэла-Вяйн и Муху-Вяйн, а также намечены дноуглубительные работы. В качестве маневренных баз могли быть использованы также порты Пярну и Курессааре. Силы, базирующиеся на порты Моонзундского архипелага и Рижского залива, могли выходить в Балтийское море через проливы Ирбенский и Соэла-Вяйн.
Однако до начала войны ничего сделано не было. Если бы часть средств, вложенных в Либаву и Ригу, были направлена в Моонзунд, события в Рижском заливе могли развиваться по другому сценарию.
Береговая оборона Моонзундских островов и Рижского залива строилась с расчетом на взаимодействие с береговой обороной военно-морских баз Ханко и Либава и прикрытие минных рубежей в устье Финского залива и в Ирбенском проливе.
Строительство батарей на Моонзундских островах началось с весны 1940 г. и было рассчитано до 1944 г. и шло усиленными темпами. Так, например, 180-мм башенная батарея на полуострове Сырве (мыс Церель), защищавшая вход в Ирбенский пролив, была построена менее чем за год.
Вся береговая оборона Моонзундских островов и острова Осмуссар входила в одно соединение — Береговую оборону Балтийского района (БОБР).
За полтора года КБФ сумел создать значительную по силе систему береговой обороны в устье Финского залива, на Моонзундских островах и в Ирбенском проливе.
Предполагалось также в 1942 г. на островах Сааремаа и Хиума оборудовать аэродромы для базирования торпедоносной, бомбардировочной и истребительной авиации. Выгодное стратегическое расположение островов на театре позволяло тяжелой минно-торпедной авиации действовать с их аэродромов на всем Балтийском море вплоть до проливной зоны. К началу войны строительство аэродромов находилось в полном разгаре.
Сухопутная оборона островов периодически переходила из ведения НКВМФ в ведение НКО. Такое неопределенное положение мешало созданию обороны, вносило неясность в вопросы управления и организации взаимодействия. С декабря 1940 г. оборона островов Хиума и Вормси была возложена на Ленинградский военный округ, а Сааремаа и Муху — на Прибалтийский. К строительству инженерных сооружений на островах части Красной Армии приступили только в мае 1941 г.
Ожидая нападения немецких надводных кораблей на Либаву и побережье, с утра 22 июня на подходах к базе были развернуты на позициях четыре подводные лодки: М-79, М-81, М-83 и Л-3, к Клайпеде была выслана С-4. Для действий в южной и средней частях Балтийского моря 23 июня были направлены подводные лодки С-6, С-10, Щ-309, Щ-310 и Щ-311.
В Ирбенском проливе были выставлены два дозора. К западу от линии полуостров Сырве — маяк Овиши несла дозор подводная лодка С-7, к востоку от этой линии — эсминец «Грозящий».
В 14 часов 22 июня была начата постановка мин у Либавы, БТЩ «Фугас» поставил в 10 милях к западу от Либавы 206 мин.
Военно-морская база Либава (командир — капитан 1 ранга М.С. Клевенский), расположенная близко от границы, первая приняла на себя удар немецко-фашистских войск. Приморская группировка войск противника — усиленная 291-я дивизия, имеющая в своем распоряжении значительное количество артиллерии и танков и поддерживаемая авиационной группой, наступавшая из района Клайпеды вдоль побережья на Либаву, около 8 часов заняла Палангу и к 12 часам 22 июня подошла к Руцава (40 км к югу от Либавы), где занимала оборону 67-я стрелковая дивизия. На этом рубеже все атаки были отбиты и продвижение его на север было остановлено. Ночью противник пытался прорваться в город с юго-востока, но был отбит.
Ввиду того что противник подошел к Либаве, командующий флотом вечером 22 июня приказал командиру Либавской ВМБ все корабли, не участвовавшие в боевых действиях, направить в порты Рижского залива. До 24 июня в Усть-Двинск и Пярну были отправлены шесть подводных лодок, пять транспортов и танкер «Железнодорожник», загруженный топливом. В Виндаву ушел БТЩ «Фугас». Переходы транспортов и боевых кораблей из-за отсутствия сил охранения совершались в одиночку без охранения. Подводные лодки С-3 и М-78 на переходе погибли. В Ригу ушла 18-я отдельная железнодорожная батарея.