После оставления Рохукюля Прибалтийская военно-морская база решением Военного совета от 10 июля, просуществовав на новом месте всего 8 суток, была расформирована.
Военный совет флота приказал коменданту БОБРа генералу А.Б. Елисееву и командиру OЛCa В.П. Дрозду организовать высадку десанта, поддержать его артиллерией с берега и кораблей, авиацией, выбить противника с Виртсу и удерживать пристань. На рассвете 18 июля после небольшой артиллерийской подготовки с эсминцев и береговой батареи № 43 десант был высажен, разбил противника и отбросил его на 50 км к Пярну.
Во второй половине июля был восстановлен военный порт Рохукюля, который снабжал базировавшиеся в Моонзунде корабли и части, располагавшиеся на островах.
Вся ответственность за оборону Моонзундских островов и Рижского залива возлагалась на коменданта БОБРа генерал-майора А.Б. Елисеева, в распоряжение которого были переданы силы, ранее входившие в состав Прибалтийской базы. Два сторожевых корабля и три эсминца отряда легких сил, ранее только взаимодействовавшие с Прибалтийской базой, перешли в полное подчинение коменданта БОБРа.
На силы, объединенные решением Военного совета под командованием коменданта БОБРа, возлагались следующие задачи:
оборонять Моонзундские острова;
периодическими действиями нарушать морские сообщения противника в Рижском заливе и Ирбенском проливе;
обеспечивать траление, противолодочную оборону и другие виды обороны в своем районе;
обеспечивать выход в Балтийское море и возвращение подводных лодок, которые могли выходить в Балтийское море и возвращаться в свои базы только через Моонзунд и Соэла-Вяйн.
В начале августа на остров Сааремаа был перебазирован 1-й минно-торпедный полк ВВС КБФ, который нанес ряд ударов по Берлину.
До середины июля противник не предпринимал активных действий против островов и кораблей, базировавшихся в Моонзунде. Немецкое командование ограничивалось постановкой минных заграждений севернее острова Хиума, в Соэла-Вяйн и в Ирбенском проливе, блокированием подводными лодками выходов из Финского и Рижского заливов и отдельными бомбардировочными ударами по батареям, аэродрому и кораблям.
Для того чтобы вовремя обнаруживать корабли противника и не допускать их в Моонзунд и Рижский залив, в зоне БОБРа была организована дозорная служба: к западу от Ирбенского пролива находилась на позиции подводная лодка, а восточнее, в самом проливе, в начале войны несли дозор эскадренные миноносцы. Они имели также задачу препятствовать противнику тралить наши минные заграждения. В поддержке дозора находились торпедные катера, эсминцы и 180-мм батарея мыса Сырве.
Дозорные надводные корабли систематически подвергались атакам авиации и нуждались в постоянном прикрытии истребителями, которых катастрофически не хватало. После того как эсминец «Сметливый» был поврежден авиацией, командование флота решило надводные корабли в дозор в Ирбенский пролив не посылать. Вместо них на позиции между мысом Колкасрагс и островом Рухну была выставлена подводная лодка.
Круглосуточные дозоры в проливах Соэла-Вяйн, Хари-Курк и Вире-Курк несли малые охотники, тральщики и вооруженные буксиры. Торпедные катера оказались малопригодными для несения дозорной службы, так как имели недостаточную мореходность.
Управление дозорами в первое время было неудовлетворительным, корабли уходили в дозор, не зная обстановки. Так, командир эсминца «Грозящий», будучи в дозоре, запрашивал: «Есть ли в Ирбене наши корабли и самолеты?» Связь между кораблями дозора, их поддержкой и командованием не была отработана. Донесения дозорных кораблей запаздывали и приходили в штаб через час и более (до 6 часов), поэтому силы поддержки выходили с большим опозданием.
Действия кораблей по нарушению морских сообщений противника в Рижском заливе заставили его активизировать действия против островов и кораблей. С конца июля немецкая авиация начала минирование рейдов и фарватеров Моонзунда и стала наносить систематические бомбо-штурмовые удары по батареям, аэродромам и кораблям. Особенно интенсивным ударам подвергались эскадренные миноносцы. Так, эсминец «Стерегущий» с 12 по 31 июля отразил 54 атаки самолетов, во время которых на него было сброшено 130 бомб.
Мины ставились преимущественно в темное время суток одновременно в нескольких местах. Так, 1 и 2 августа немцы сбросили с самолетов мины в проливе Хари-Курк, на рейде Рохукюля, в проливе Вире-Курк и на рейде Триги, причем на рейде Триги четыре мины упали между стоявшими там кораблями. Наблюдение за постановкой мин самолетами на подходах к островам было затруднено, не хватало дозорных кораблей и постов СНиС.