Одной из причин крайне неудовлетворительного знания обороны противника и оборудования театра военных действий в целом являлась плохая работа морской разведки, которой за два десятка лет не удалось добыть сколь-нибудь полных сведений о финских береговых батареях. Как следствие, перед началом операций по их подавлению эсминцы, рискуя быть потопленными, маневрировали, вызывая огонь на себя, чтобы засечь выстрелы финских орудий. Даже после проведения разведки боем у командиров кораблей и соединений оставалось весьма смутное представление о той цели, которую они обстреливали. Во всех случаях корабли стреляли по площадям практически вслепую, располагая лишь приблизительными координатами целей. Линкоры, обрушившие на финскую батарею более четырех сотен снарядов, так и не смогли ее подавить, поскольку не было точно известно расположение финских орудий.
Кроме того, полностью отсутствовала информация о финских минных заграждениях. Крейсер «Киров», выйдя на первую операцию, едва не погиб, пройдя вплотную от кромки минного заграждения (об этом стало известно после окончания войны, когда в руки советских моряков попали финские карты).
Корабельные зенитчики слабо знали силуэты самолетов и не могли отличить свои от противника. 21 декабря огнем эсминца «Сметливый» был сбит самолет МБР-2. В свою очередь, летчики флотской авиации не знали силуэты не только кораблей противника, но и своих. Так, например, 30 ноября у острова Сейскари самолет СБ атаковал наши эсминцы, которые открыли по нему зенитный огонь. Были случаи, когда свои истребители по ошибке атаковали свои же бомбардировщики, сбив два из них. С первого дня войны флотские бомбардировщики охотились за финскими броненосцами береговой обороны, вылетая крупными группами; так, 2 марта 1940 г. на их бомбежку вылетели 30 самолетов. Всего на броненосцы была сброшена 221 бомба (63 т), но результат был нулевой, ни одна бомба не попала в финские корабли.
ВВС КБФ потеряли 80 самолетов, при этом от зенитного огня и истребителей противника были потеряны 25 машин, остальные разбились при взлете и посадке и по другим причинам из-за неопытности экипажа.
К сожалению, сделать выводы из уроков финской войны и устранить недостатки до начала Великой Отечественной не успели.
После принятия в июле 1940 г. Эстонской и Латвийской республик в состав Советского Союза небольшие по своей численности флоты этих государств были включены в состав Краснознаменного Балтийского флота. Пополнение состояло из 4 подводных лодок («Калев», «Лембит», «Ронис» и «Спидола»), 3 тральщиков, 4 минных заградителей, 5 посыльных судов.
В результате присоединения к СССР Эстонской и Латвийской республик, а также подписания мирного договора с Финляндией КБФ получил ряд портов, выдвинутых к устью Финского залива, и на побережье Балтийского моря — Либава, Виндава, Рига, Ханко, Палдиски, Таллин, Выборг. Получение этих портов и перенос базирования отдельных соединений коренным образом изменили положение на театре.
Флот получил открытые выходы в Балтийское море, отпала необходимость под непосредственной и непрерывной угрозой с обоих берегов и островов форсировать узкий Финский залив, проделывая 240-мильный путь от Кронштадта до выхода в Балтийское море.
Однако наряду с этими положительными сторонами новой обстановки на театре существовали и отрицательные, имевшие весьма существенное значение. Фланговые базы — Либава, Ханко, Выборг — находились в непосредственной близости к государственной границе и при отсутствии надлежащей организации обороны могли оказаться уязвимыми участками в системе базирования флота.
Почти все северное побережье от советско-финской границы до Ханко оставалось под контролем Финляндии, союзницы Германии. Оно изобиловало большим количеством выходов из шхер, соединенных продольными шхерными фарватерами, позволяющими скрытую рокировку легких сил и подводных лодок противника. Финское побережье имело ряд сильно укрепленных районов, вооруженных дальнобойной артиллерией, простреливавшей акватории до середины Финского залива и даже северные подходы к главной базе — Таллину. Поэтому все судоходство в первые месяцы войны пришлось осуществлять вдоль южного побережья по малым глубинам для затруднения действий подводных лодок противника.
Линия наблюдательных постов и сеть финских аэродромов давали противнику возможность непрерывного наблюдения за нашими перевозками, особенно в светлое время суток. Таким образом, на всем протяжении наша основная коммуникация Кронштадт — Таллин — Ханко была под контролем и возможным ударом противника.