Однако потом из армии и от любимого дела пришлось уйти. После того, как огромная Российская империя позорно проиграла войну небольшой островной Японии, а «царь-батюшка» и его никчемное, тупое и самодовольное окружение, не желая ничего менять, попытались просто погасить народное недовольство репрессиями, по всей стране заполыхали революционные выступления, бороться с которыми чиновники всех мастей по давней русской традиции предпочли путем обычного в армии «наказания невиновных и награждения непричастных».
Вот и Карбышева обвинили в том, что он, дескать, проводит революционную агитацию среди солдат… Какая, к чертям собачьим, агитация, если он, будучи человеком военным, твердо и искренне был уверен в том, что армия всегда, во все времена, должна быть вне политики, ее дело – готовиться к войне и воевать с врагами Отечества, а их у России всегда было и всегда будет хватать с избытком, вне зависимости от того, какой будет политический строй и какая форма правления. Поэтому никакой революционной агитации он не вел, но… когда солдатики спрашивали у него о причинах постыдного проигрыша России в Русско-японской войне, врать им он не мог, да и не хотел, а потому рассказывал правду: о плохом обучении и подготовке войск, о бездарности генералов, о том, как солдаты и боевые офицеры своей кровью оплачивали ошибки и просчеты верховного командования… Может, именно эту критику ему и припомнили, а может, и что другое свою роль сыграло – бог весть, но службу пришлось оставить.
Вместе с женой осел во Владивостоке, кормились тем, что подрабатывал чертежником. Но душа рвалась к любимому делу, и потому, как только представилась возможность, он из запаса снова вернулся на военную службу, по специальности, командовать ротой во вновь формируемом крепостном саперном батальоне. Служил там же, во Владивостоке, а чуть позже, в 1908 году, выдержал экзамены и поступил в Николаевскую военно-инженерную академию, что в Санкт-Петербурге.
Академию закончил в 1911 году, с отличием, и уже штабс-капитаном, а затем снова продолжил службу по военно-инженерной части, совершенствуя свои навыки в полевой и долговременной фортификации сначала при укреплении фортов Брестской крепости, а потом в качестве дивизионного инженера пехотной дивизии в Галиции.
Там, будучи уже известным в кругах специалистов военно-инженерного дела, он и встретил свою вторую войну – Первую мировую, или, как ее еще называли в мире, Великую войну…
Воевал в Карпатах в составе 8-й армии генерала Брусилова, участвовал в знаменитом «Брусиловском прорыве», проявил себя и вырос до должности начальника инженерной службы стрелкового корпуса. При штурме крепости Перемышль был ранен в ногу, за храбрость и отвагу получил очередной орден, произведён в подполковники. И в 1917 году, уже как признанный военный инженер высокого уровня, руководил производством работ по укреплению позиций на границе с Румынией.
Затем страна и армия развалились, но Родина осталась, и он продолжил ей служить, пусть и в новых реалиях, на своей третьей войне – на этот раз на войне Гражданской…
Здесь он уже руководитель и военачальник высокого ранга, член Коллегии по обороне страны при Главном военно-техническом управлении РККА, руководитель всех оборонительных работ Восточного фронта, затем руководил инженерами Южного фронта. Позже, в 1923–1926 годах, был председателем Инженерного комитета Главного военно-инженерного управления РККА.
До своей четвертой – Советско-финляндской (или Советско-финской) – войны Карбышев успел многое. Щедро делился накопленными знаниями и опытом. Наряду с преподавательской работой в Военной академии имени Фрунзе разрабатывал и проектировал инженерные сооружения линии Сталина, руководил кафедрой военно-инженерного дела Военной академии Генштаба, публиковал научные труды по военной истории и военно-инженерному искусству, статьи и учебно-практические пособия по вопросам инженерного обеспечения боя и операции, возведения и разрушения заграждений, форсирования водных преград. Его учебные пособия были в те годы основными материалами по инженерно-саперной подготовке командиров Красной армии.