Деньги на издание у Кондратюка в то время были: он получил вознаграждение за одно из своих изобретений для элеватора. В Новосибирске «пробить» типографию оказалось легче, чем в Москве. Кондратюк сумел получить разрешение Сибкрайлита и издал книгу за свой счет в типографии Сибкрайсоюза. В январе 1929 года книга «Завоевание межпланетных пространств» увидела свет. В ней всего 73 страницы и 6 листов схем и чертежей. Такова история тоненькой книжки, сэкономившей американцам миллиарды долларов.
А какова дальнейшая судьба ее автора? Летом 1930 года по доносу он и ряд сотрудников Хлебстроя были обвинены во вредительстве и арестованы ОГПУ.
Через несколько месяцев предварительного заключения всех арестованных без предъявления обвинительного заключения и без суда приговорили к различным срокам лишения свободы. Кондратюку дали три года. Позже по протесту прокурора Верховного суда СССР П. Л. Красикова всем осужденным лагеря заменили ссылкой в Западную Сибирь. С июня 1931 года Кондратюк направлен на работу в одно из проектных бюро ОГПУ при Кузбасстрое в Новосибирске.
В тюрьме он узнал, что объявлен конкурс на проект огромной ветроэлектрической станции. На каких-то обрывках бумаги набросал эскизы, привел расчеты и отправил специалистам. Его вариант высоко оценили и при содействии Серго Орджоникидзе, по чьей инициативе проводились эти работы, в апреле 1932 года Кондратюка освобождают из ссылки и предлагают принять участие в разработке проекта.
В печати промелькнуло сообщение, что в 1933 году во время одного из приездов в Москву у Юрия Васильевича была встреча с Королевым в ГИРДе. Он будто бы пригласил его на работу. ГИРД лишился Цандера, который умер от тифа, и приход Кондратюка был весьма желателен. Но Юрий Васильевич отказался от предложения. Видимо, причина была не в проекте Крымской ветроэлектростанции, в который он уже с головой окунулся, а в боязни анкетных проверок. Ведь ГИРД финансировался Управлением военных изобретений РККА. А Кондратюк даже не знал своих формальных родителей, их имени-отчества, чем они занимались до революции. Кроме того, у него была судимость, он был освобожден, но не реабилитирован. (Полностью был реабилитирован лишь в 1970 году.) Поэтому он и не лез в начальство, а довольствовался небольшими должностями.
Вместе с Кондратюком над проектом ветроэлектростанции работал будущий главный конструктор Останкинской телебашни Н. В. Никитин и будущий главный инженер ее строительства Б. А. Злобин. Оба они считали себя учениками Кондратюка. Некоторые решения, заложенные в проект 165-метровой бетонной башни для ветроэлектродвигателя, дсоторая разрабатывалась под руководством Кондратюка, были использованы при строительстве Останкинской башни. «Юрий Васильевич был самым талантливым инженером, которого мне пришлось встретить за всю свою жизнь», — сказал об учителе Никитин.
После того как Орджоникидзе застрелился, все работы были спущены на тормоза.
В июле 1941 года Кондратюк уходит в народное ополчение. Долгое время о его судьбе не было известно. Ходили всякие слухи. Космонавт В. И. Севастьянов, изучавший архивные материалы о Кондратюке, рассказывает: «Судьба, которая, мне кажется, всю жизнь мстила Кондратюку за то, что он жил под чужим именем, и после его смерти сыграла злую шутку. После окончания войны при разборе фашистских архивов были обнаружены документы, вроде бы свидетельствующие о том, что Ю. В. Кондратюк работал у Вернера фон Брауна на ракетной базе в Пенемюнде. Кое-кто быстро поверил в то, что Кондратюк оказался предателем…»
А суть дела такова. В фашистских архивах обнаружили половину тетради Кондратюка с формулами и расчетами по ракетной технике. Там указывались его фамилия, имя и отчество. Тетрадь нашел на поле боя какой-то немецкий солдат и принес своему командиру. Вскоре она попала специалистам по ракетной технике. Сделали запрос в лагеря военнопленных. И надо же быть такому совпадению — нашелся полный тезка и однофамилец — Юрий Васильевич Кондратюк. Его спросили: «Твоя тетрадь?» Чтобы вырваться из лагеря, он сказал: «Да». Но когда однофамильца привезли в Пенемюнде и потребовали включиться в работу, выяснилось, что он имел образование в объеме трех классов…» Последние годы вроде бы приоткрыли завесу. В 1988 году вышла брошюра Б. И. Романенко «Юрий Васильевич Кондратюк», и летом того же года многомиллионная аудитория телезрителей увидела интересный телефильм «Что в имени тебе моем», снятый по сценарию космонавта В. И. Севастьянова. Люди узнали подлинное имя Кондратюка и дату его смерти. Он будто бы погиб 3 октября 1941 года на территории Кировского района Калужской области.