Въ сентябрѣ Петръ самъ прибылъ изъ Архангельска въ Ладогу, и сохраняя для себя званіе бомбардирскаго капитана, вызвалъ изъ Лифляндіи фельдмаршала Бориса Петровича Шереметева, которому и поручилъ главное начальствованіе надъ войсками въ Ингріи. Но душою и распорядителемъ военныхъ дѣйствій оставался конечно самъ Петръ.
Задуманный имъ главный ударъ направленъ былъ противъ небольшой шведской крѣпости Нотебурга, при истокѣ Невы, защищаемой гарнизономъ не болѣе 450 человѣкъ подъ начальствомъ Шлиппенбаха, но снабженной сильной артиллеріей, насчитывавшей до 140 орудій. Въ старину тутъ было русское укрѣпленьице Орѣшекъ, за 90 лѣтъ передъ тѣмъ перешедшее къ шведамъ и ими перестроенное.
Важное значеніе Нотебурга понятно: онъ служилъ опорою шведскимъ силамъ на Ладожскомъ озерѣ, и вмѣстѣ съ тѣмъ прикрывалъ входъ въ Неву, на которую Петръ уже смотрѣлъ, какъ на ближайшій путь къ морю. Поэтому военныя дѣйствія и должны были открыться взятіемъ Нотебурга.
Осада началась 1 октября. Наши отряды расположились на обоихъ берегахъ Невы и на отмеляхъ, поставивъ тамъ пушечныя и мортирныя батареи. Орудія дѣйствовали такъ усердно, что жерла раскалялись; за нѣсколько дней осады выпущено было болѣе 10 тысячъ ядеръ и бомбъ. Въ стѣнахъ крѣпости образовались провалы. Въ воскресенье 11 октября нетерпѣливый Петръ на разсвѣтѣ подалъ знакъ къ штурму. Бой произошелъ жестокій. Шведы оказали отчаянное сопротивленіе; русскіе настойчиво ломились впередъ, неся страшныя потери. Была минута, когда наступающіе дрогнули, и самъ Петръ усомнился въ успѣхѣ и приказалъ отступать. Но отважный князь Голицынъ, командовавшій семеновцами, не послушался приказанія, и прихвативъ также часть преображенцевъ, бросился на провалы. Завязался снова отчаянный бой. Шведы осыпали русскихъ картечью и ручными гранатами. Кн. Голицынъ, лично предводительствуя гвардейцами, взбѣжалъ наконецъ на стѣну крѣпости со знаменемъ въ рукахъ. Нотебургъ сдался.
Потери наши были несоразмѣрно велики: у насъ выбыло изъ строя убитыми и ранеными до полуторы тысячи человѣкъ. Петръ по этому поводу писалъ: "Правда, что зѣло жестокъ сей орѣхъ былъ, однакожъ, слава Богу, счастливо разгрызенъ". Онъ торжествовалъ, сознавая значеніе этого древняго русскаго Орѣшка, и назвалъ его Шлиссельбургомъ т. е. ключемъ-городомъ.
Взятіемъ Нотебурга закончились военныя дѣйствія 1702 года. Слѣдующему году выпала не менѣе важная задача – овладѣть невскимъ устьемъ, т. е. мѣстностью нынѣшняго Петербурга.
Тамъ, при впаденіи р. Охты въ Неву, стоялъ шведскій городокъ Ніеншанцъ или Канцы. Городокъ этотъ былъ значительнѣе Нотебурга: въ немъ находились лютеранская церковь и военный госпиталь съ большимъ садомъ. Крѣпость съ шестью бастіонами защищали 800 чел. гарнизона; на взморьѣ плавали шведскія военныя суда.
Утромъ 27 апрѣля 1703 года Шереметевъ съ значительными силами подступилъ къ Ніеншанцу и приказалъ ставить батареи. Петръ находился при войскѣ, и на другой же день, сдѣлавъ съ 4 ротами гвардейцевъ, посаженныхъ на лодки, развѣдку до взморья подъ сильнымъ огнемъ съ крѣпости, оставилъ три роты на нынѣшнемъ Гутуевскомъ острову, въ видѣ засады.
30 апрѣля русская артиллерія начала громить крѣпость. Огонь продолжался до слѣдующаго утра. Шведы не отважились ждать приступа и вступили въ переговоры. Имъ дозволили выйти въ Выборгъ. Преображенцы торжественно вступили въ сдавшійся городъ, названный Петромъ Шлотбургомъ.
Между тѣмъ шведская эскадра, не зная о сдачѣ Ніеншанца, спѣшила къ нему на помощь, и 5 мая показалась въ устьѣ Невы. Кромѣ шлюпокъ, тутъ были два корабля съ 24 пушками на обоихъ, подъ командою вице-адмирала Нумерса. Петръ, располагавшій только невооруженными лодками, рѣшился атаковать непріятельскую флотилію. Посадивъ отрядъ пѣхоты на мелкія суденышки, онъ ночью подплылъ къ шведамъ изъ за Гутуевскаго острова, и подъ жестокимъ огнемъ со всей эскадры, бросился на два ближайшихъ корабля. Съ топоромъ и ручной гранатой въ рукахъ, онъ впереди своего отряда первый взошелъ на бортъ 14-пушечнаго судна. Началась кровавая рукопашная схватка. Такъ какъ шведы, по словамъ Петра, "пардонъ зѣло поздно закричали", то русскіе почти всѣхъ ихъ перекололи; изъ 80 челов. команды на обоихъ корабляхъ осталось въ живыхъ только 13 челов. Изъ двухъ командировъ одинъ былъ убитъ, a другой раненый взятъ въ плѣнъ, и впослѣдствіи перешелъ въ русскую службу.
Велика была радость Петра по поводу этой первой морской побѣды. Онъ торжественно отпраздновалъ ее въ лагерѣ на Большой Охтѣ, въ виду поставленныхъ на Невѣ, съ бою взятыхъ шведскихъ судовъ, и не отклонилъ пожалованной ему генералъ-адмираломъ Головинымъ награды – ордена св. Андрея Первозваннаго. Отличіе было безусловно заслужено личною храбростью и распорядительностью царя. Такой же награды удостоился и царскій любимецъ Меншиковъ, лично участвовавшій въ дѣлѣ.