Неудачи эти раздражали шведовъ, и они замыслили повести въ слѣдующемъ году болѣе рѣшительныя дѣйствія и собрать достаточныя силы. Предъ Котлиномъ появился адмиралъ Анкерштернъ съ большою эскадрою, въ составѣ которой было 8 линейныхъ кораблей и 6 фрегатовъ. Армія Мейделя усилена была до 10 тысячъ чел. Положено было дѣйствовать одновременно съ моря и съ суши.
Въ виду этого Крюйсъ перегородилъ рогатками фарватеръ, поставилъ новую батарею съ 28 орудіями, и расположилъ на Котлинѣ два пѣхотныхъ полка, Толбухина и Островскаго. 4 іюня 1705 г. шведская эскадра рано утромъ построилась противъ нашихъ батарей и открыла огонь изъ всѣхъ орудій. Къ полудню пальба затихла, и на шлюпки спущенъ былъ дессантъ въ 2 тыс. чел. Наши отразили шведовъ. На слѣдующій день нападеніе было повторено, и опять безъ успѣха. Въ воскресенье 10 іюня въ третій разъ, послѣ жестокой пальбы съ эскадры, шведы пытались высадиться, и снова были отбиты съ урономъ. Часть эскадры пробовала въ то же время пробраться сѣвернымъ фарватеромъ, но наши галеры нанесли шведскимъ судамъ столько пробоинъ, что непріятель счелъ за лучшее удалиться. Только 14 іюля Анкерштернъ появился вновь, доведя свои силы до 24 вымпеловъ, и въ послѣдній разъ произвелъ рѣшительное нападеніе, подготовленное бомбардировкой. Но русскіе отразили враговъ съ полнымъ успѣхомъ, нанеся имъ чувствительный уронъ.
Между тѣмъ Мейдель, послѣ неудачнаго нападенія на Каменный островъ, дошелъ лѣсами до Тосны и переправился на лѣвый берегъ Невы. Здѣсь настигли его русскіе отряды, вступили съ нимъ въ бой у Пильной мельницы, и принудили переправиться обратно за Неву. Испытавъ еще частную неудачу у р. Черной, гдѣ горсть русскихъ три раза отбила отчаянныя атаки шведовъ, Мейдель отступилъ къ Выборгу.
Аксештернъ со своей сильной эскадрой простоялъ въ бездѣйствіи до октября, и наконецъ удалился. Тогда и Крюйсъ ввелъ свою флотилію въ Неву, и проходя мимо петропавловской крѣпости, салютовалъ ей. По странной оплошности, изъ крѣпости ему не отвѣчали. Крюйсъ обидѣлся и принесъ жалобу.
Пока Петербургъ оборонялся такимъ образомъ отъ наступавшихъ съ моря и съ суши враговъ, русскія войска овладѣвали окрестной страной. Шереметевъ взялъ Копорье и Ямбургъ, и наконецъ вся Ингрія была въ русскихъ рукахъ. Въ Москвѣ, въ присутствіи царя, эти событія были торжественно отпразднованы.
Съ строительными работами въ Петербургѣ спѣшили. Со всей Россіи собрали сюда до двадцати тысячъ людей по особому наряду, для земляныхъ, плотничьихъ и каменныхъ работъ. Земства, наряжая этихъ людей, обязаны были отпускать для нихъ и кормъ на все время работъ.
Въ русскомъ обществѣ, которое въ большинствѣ своемъ мало сочувствовало нововведеніямъ Петра, создалось преданіе, будто положеніе рабочихъ, строившихъ Петербургъ, было очень тяжелое, будто они гибли отъ болѣзней и плохого содержанія, и проч. Разсказы эти однако ничѣмъ не подтверждаются. Рабочіе созывались двухмѣсячными смѣнами, и по окончаніи срока тотчасъ распускались. Въ случаѣ недостатка припасовъ, изъ казенныхъ складовъ хлѣбъ и все нужное отпускалось заимообразно. Работы продолжались отъ Благовѣщенія до послѣднихъ чиселъ сентября, и на зимніе мѣсяцы никто изъ очередныхъ не удерживался. Непривычные къ климату подвергались преимущественно желудочнымъ заболѣваніямъ; противъ этого недуга аптекарь Левкенсъ изобрѣлъ настойку изъ сосновыхъ шишекъ.
Больше всего рабочіе, какъ и остальные жители Петербурга, терпѣли отъ наводненій. Почва невскаго устья еще не была искусственно повышена, и понятно, что въ то время рѣка даже при незначительномъ подъемѣ воды затопляла острова и берега. Наводненія начались съ первыхъ же лѣтъ. Въ ночь на 5 октября 1705 года Нева затопила даже лѣвый берегъ, подмочила сложенные на адмиралтейскомъ дворѣ припасы и разрушила много домовъ. Въ сентябрѣ слѣдующаго года Петръ былъ разбуженъ прибылью воды въ своемъ домикѣ на Петербургской сторонѣ. Наводненіемъ залило и такъ называемыя "полковничьи хоромы", выстроенныя для командировъ полковъ; по словамъ царя, вода тамъ доходила до 21 дюйма надъ поломъ, "а по улицамъ вездѣ ѣздили на лодкахъ". Понятно, что заботы Петра съ самаго начала были направлены къ тому, чтобы при застройкѣ города укрѣпить и поднять почву и дать правильный истокъ водамъ. Этимъ объясняется множество каналовъ, прорѣзывавшихъ первоначальный планъ Петербурга.
Между тѣмъ шведы не прекращали попытокъ оттѣснить русскихъ отъ взморья. Положеніе Петра стало тѣмъ затруднительнѣе, что его союзникъ Августъ II потерялъ бодрость и удалился въ Саксонію. Шведскій король въ январѣ 1705 года неожиданно бросился на Гродно, гдѣ стояла русская вспомогательная армія. Это заставило Петра поспѣшить въ Литву, соединить разбросанные тамъ отряды въ 15-тысячный корпусъ, и отдать его въ распоряженіе Меншикова, съ приказомъ освободить запертые въ Гродно полки. Въ мартѣ цѣль эта была достигнута, и царь, торжествуя, прибылъ въ Петербургъ, вмѣстѣ съ будущей императрицей Екатериной, которая уже сопровождала его во всѣхъ походахъ.