Не менее важными, чем финансовая помощь, были для начинающих путешественников рекомендательные письма Барта. Теперь настал его черед поддержать такими письмами своих молодых коллег. Рольфс попросил его написать всем влиятельным лицам, в особенности Хамед эль-Баккаи в Центральную Африку, ибо никогда нельзя знать, куда забросит человека судьба в подобном путешествии, а Абд эль-Керим оставил везде после себя добрую славу.
Главным трудом всей своей жизни, в основе которого лежали результаты его экспедиций, а также путешествий, предпринятых им в одиночку, Барт считал «Физическую и историческую сравнительную географию Средиземноморского бассейна».
Среди небольших работ особое место по значению занимала статья «Негры и негритянские страны», написанная для «Германского словаря государств мира».
Она свидетельствовала о глубине его познаний в области африканистики и со всей определенностью характеризовала Барта как гуманиста. Он не только рассматривал в 1862 году африканца как равноправного «члена великой человеческой семьи», но и подверг уничтожающей критике «благотворное» влияние европейских культуртрегеров: «Деятельность… европейских наций ограничивалась переброской на побережье [Африки] подонков общества и, с одной стороны, приводила первобытные народы в соприкосновение с худшими сторонами христианского общества, с другой — превращала существовавшее там с древнейших времен местное рабовладение в пагубную работорговлю».
Заслуги Барта теперь были признаны не только у него на родине, но и в других странах, в частности в Англии, и, поскольку не было больше причин для столкновений, отношения его с британским иностранным ведомством улучшились. В 1862 году он был награжден давно обещанным орденом Бани. Однако на приглашения вернуться в Англию, исходившие от такого влиятельного человека, каким был лорд Джон Рассел, Барт ответил отказом. Он больше не верил англичанам, о чем свидетельствовало его письмо свояку: «Я не доверяю английской политике. Сейчас, накануне гражданской войны в Америке, когда англичане рискуют остаться без хлопка, они ищут его в Африке и вновь будут домогаться дружбы с мусульманскими странами. В связи с этим влияние миссионеров должно быть временно ослаблено. Поделом этим лицемерам, которые не стеснялись обвинять меня в приверженности к рабству, когда я в тысячу раз больше сделал для истинного обращения негров глубинной Африки в другую веру, чем все их миссионеры, вместе взятые».
Однако что касалось Пруссии, то там для Барта все оставалось по-старому. Он, правда, получил обещанное ему пособие, но должность преподавателя высшего учебного заведения и тем самым регулярное жалованье все еще заставляли себя ждать. Хотя Карл Риттер предложил философскому факультету его кандидатуру в качестве своего преемника, приглашение Барта на штатную должность заведующего кафедрой географии после смерти его учителя не состоялось. 27 октября 1859 года философский факультет на одном из совещаний рассматривал вопрос о преемнике Риттера. Кандидатами на должность были выдвинуты Генрих Киперт, Фердинанд Мюллер и Генрих Барт. Было решено отложить вопрос о назначении нового профессора, однако согласно распоряжению министра по делам культов 1 января 1860 года это место предоставили Киперту, который значительно больше соответствовал требованиям прусского правительства, чем Барт, настораживавший его своими гуманистическими идеями и политическими взглядами. О тогдашнем образе мыслей ученого можно судить из писем 1859 года: «…становится временами совершенно невыносимо выслушивать все эти речи ультрапруссаков, которые не в состоянии видеть дальше собственного носа». «…Что принесет новый год в отношении политики? Для Германии наверняка ничего хорошего; раздробленность вовне и изнутри — вот судьба, которая, по моему мнению, постигнет Германию, пока воля народа не одержит победу».
И все же друзья Барта сделали попытку добиться для него звания действительного члена Академии наук, членом-корреспондентом которой он был с 1885 года. Ходатайство о присвоении ему этого звания возбудили три члена филолого-исторического отделения: специалист по истории древнего мира Г. Партей, востоковед Г. Петерман и историк Л. Ранке. С ходатайством ознакомили действительных членов Академии наук, после чего состоялось голосование. Однако принятие Барта в действительные члены Академии наук натолкнулось на сопротивление. Восемь членов Академии проголосовали за него, 13 — против. Само собой разумеется, что знающий себе цену, самолюбивый ученый воспринял это поражение как тяжкое оскорбление. Допустим, что недоброжелательность и интриги сыграли здесь не последнюю роль, но многие тогда считали, что немалую долю вины Барт все же должен был приписать себе, своей резкой манере поведения, которая многих от него отталкивала.