После почти шестилетнего пребывания в Африке, где Барт познал вкус свободы и независимости, теперь он не мог приспособиться к обывательско-консервативной среде. Ученый вновь уединяется, не переставая находиться в постоянном конфликте с окружающим миром. Правда, к своим друзьям он по-прежнему был внимателен и готов прийти им на помощь. Отныне с особенной силой в нем вспыхнули родственные чувства. Он охотно и сам обзавелся бы семьей, да все еще не представлялось подходящей возможности. «Во всяком случае, я не женюсь лишь бы жениться, — писал он в начале 1860 года, — а сделаю это, если встречу ту, к которой почувствую неудержимое влечение. Но это решит будущее. В настоящее время мое сердце совершенно свободно, хотя в воспоминаниях я и возвращаюсь с большой симпатией к нескольким представительницам слабого пола, с которыми меня время от времени сводила судьба».
Очень точно охарактеризовал Барта как человека его свояк Густав Шуберт: «О личной жизни Барта я хотел бы добавить следующее. В обиходе он отличался суровостью и скрытностью, и, безразличный ко всему будничному, в дружеском общении, как только разговор касался глобальных вопросов политики и науки, он превращался в увлекательного и экспансивного собеседника. О собственных заслугах Барт не любил распространяться, но, если о них все же заходила речь, он говорил с большой скромностью. Вследствие своей замкнутости Барт плохо разбирался в людях и часто придавал их выступлениям в печати большее значение, чем они того заслуживали. В письменном обмене мнениями он выражался весьма прямодушно, а иногда даже любил употреблять крепкое словцо… Особенно он считался с откликами в зарубежной печати, прежде всего Англии и Франции, но также России, Швейцарии и Италии. Со многими крупными учеными он состоял в оживленной переписке».
После того как в течение нескольких лет Барт тщетно надеялся получить должность ординарного профессора, провал его кандидатуры при голосовании нанес особенно сильный удар по его самолюбию. Но и это было еще не все. Его ходатайство о твердом жалованье также отклонили, а вместо этого лишь продлили ежегодное пособие. В 1862 году факультет вновь отклонил его кандидатуру на должность ординарного профессора. После таких унижений чаша терпения была переполнена.
5 января 1863 года Барт писал министру по делам культов: «Старый год остался позади, начался новый. Все время я терпеливо ждал, чтобы данные мне письменные обещания были выполнены. Однако отныне я не могу больше оставаться в неизвестности и готовлю статью в газету, чтобы выпросить для себя постоянное место службы где-нибудь в другом месте, причем я твердо убежден, что там сумеют оценить по достоинству результаты моих трудов, которыми здесь всячески пренебрегают.
Пруссия, по чьей инициативе, при чьем содействии я участвовал почти шесть лет в опасной и сверх всякой меры тяжелой экспедиции в глубинные районы Центральной Африки, принесла меня в жертву Англии, чьи интересы мне совершенно чужды. Сейчас, когда меня со дня на день оставляют в неведении относительно моего будущего, похоже, происходит то же самое. Такое сомнительное положение, без какой бы то ни было поддержки я не в состоянии больше выносить и настоятельно прошу без дальнейших промедлений положить этому так или иначе конец».
В то время, когда Барт вел переговоры с университетом в Йене, где у него имелись шансы на получение долгожданной кафедры, ему сообщили, что прусское министерство по делам культов назначило его экстраординарным профессором. И он предпочел остаться в столице. Правда, это назначение не устранило проблему жалованья, и Барт, как и прежде, жил лишь на ежегодное пособие. Однако был сделан по меньшей мере первый шаг, который, правда, отнял очень много времени и сил.
С начала зимнего семестра 1863 года Барт приступил к чтению лекций в университете. На занятиях присутствовало до 60 вольнослушателей. По сравнению с его прежними лекциями, которые он читал как приват-доцент, эти были более успешными. География и этнография имели, по его мнению, не только научное призвание, но и другое — интернациональное. «Что может быть для молодежи, — говорил Барт, — более поучительным, чем география и народоведение со всеми их окрыляющими характерными чертами? Лично для меня эти науки суть целое, и в то же время они — связующее звено в цепи всех других дисциплин и приобретают наравне с другими науками все большее значение…»