Обстоятельное исследование культурно-исторического прошлого он смог впервые произвести в Тунисе. Барт изучал руины, храмы и архитектурные памятники на территории древнего Карфагена. После кратковременного пребывания на острове Мальта в январе 1846 года он возвратился в Тунис, однако 5 марта с тяжелым сердцем покинул эту страну, пересек Киренаику, славившуюся своей живописностью, и продолжил путешествие вдоль Средиземного моря по направлению к Египту. Вблизи расположенного на побережье Мармарики портового города Тобрук 7 июня 1846 года Барта постигло несчастье: преследовавшие его в течение двух дней бедуины напали на него и ограбили. Он лишился большей части имущества, но самое обидное — зарисовок и записей. Кроме того, был дважды ранен в стычке. «Дальнейшее продвижение, — пишет об этом Барт в своих путевых заметках, — больше походило на бегство человека, стремящегося во что бы то ни стало оправдать цель своего путешествия, чем на научную экспедицию, во время которой принято обращать внимание на все детали, которые тебя окружают». Днем Барт был вынужден зачастую прятаться, и лишь с наступлением ночи ему удавалось продолжать путь. Ему было тяжело передвигаться из-за полученного ранения, и нередко его стоянки затягивались. Порой Барт становился таким беспомощным, что даже был не в состоянии писать свой путевой дневник. Поэтому записи, относящиеся к этому периоду, весьма скудны.
Мобилизовав остаток сил, он пробивается к Александрии и прибывает туда вечером 17 июня. Этим событием Барт заканчивает описание своего путешествия по Средиземноморью.
Залечив раны и отдохнув, он осенью продолжает путешествие. Поднявшись по Нилу, Барт высаживается близ Асуана и отправляется через пустыню к Красному морю, чтобы разыскать античные развалины Береники. 10 декабря Барт через порт Кусейр вернулся в Каир. Он охотно задержался бы здесь, однако вскоре понял, что не в состоянии охватить все. На берегах Нила было еще много древних памятников, да и сама река представляла для него немалый интерес. Однако ему все же удалось повидать самое значительное, а с остальным предстояло познакомиться лишь по книгам.
Из Каира его путь лежал через пустыни и полупустыни Синайского полуострова в Газу, где он остановился на месяц, чтобы продолжить изучение арабского языка. Далее Барт двинулся в глубь территории Палестины, посетил Дамаск, а также Баальбек с его величественными архитектурными памятниками времен Римской империи. Несмотря на то что ему удалось сделать интересные научные разработки, его угнетала мысль о будущем, которое рисовалось ему весьма неопределенным. Барту необходима была должность, которая гарантировала бы наконец финансовую самостоятельность. В своих потребностях он был весьма скромен и нетребователен, особенно после путешествия, во время которого привык во всем себе отказывать. «Что касается меня, то для моего благополучия требуется самая малость. Я сам себе могу испечь хлеб, сварить рис, а спать в поле, на камнях или на земле приятнее, чем под мягким пуховым одеялом».
Большие надежды относительно своего будущего он возлагал на члена гамбургского сената Карла Зивекинга, знакомого отца. Он регулярно посылал ему письма, в которых делился своими путевыми впечатлениями и умело привязывал к этим описаниям информацию, которая, как ему казалось, могла представить интерес для ганзейских деловых кругов. И наконец, 9 июля 1846 года он предложил учредить в Триполи торговую контору, так как оттуда возможно прямое сообщение с Суданом. Он советовал Зивекингу, какие лучше всего создавать предприятия, чтобы получать наибольшую прибыль от них, и предостерегал от рискованных дел. Так, он считал, что Бенгази для ганзейских городов не столь важен, поскольку торговля с ним ограничилась бы незначительным кругом товаров. Изучая на месте положение дел, он старался нарисовать объективную картину. «Древняя цветущая Киренаика, — писал он, например, — находится в настоящее время в ужасающем состоянии: население, насчитывающее не более 20 тыс. семей, почти вымирает от голода в этой плодородной стране… Правительство высосало из населения все соки». Возможно, ганзейцам не нравилась такая «внушающая подозрения» позиция. Как бы то ни было, Зивекинг ничего не сделал для своего земляка.