Зам. начальника 3-го отделения (контрразведка) мл. лейтенант ГБ Г.И. Булгаков (пропал без вести)
3-я отд. сбр (Эзель, Моонзундский архипелаг) полк. П.М. Гаврилов (пропал без вести) бат. ком. И. В. Кулаков (пбв/погиб) полк. В.М. Пименов (плен, расстрелян)
Заместитель командира полк. Н.Ф. Ключников (плен, уволен 1946)
Начальник 1-го (оперативного) отделения капитан Я.Ф. Яцук (пропал без вести)
Начальник 2-го (разведывательного) отделения капитан И.Я. Двойных (плен, уволен 1945)
Начальник 3-го (связи) отделения майор В.Н. Кузнецов (пропал без вести)
Начальник 4-го (строевого) отделения капитан Д.А. Михайлов (пропал без вести)
Начальник 5-го (тыла) отделения капитан Г.И. Беляев (пропал без вести)
Начальник артиллерии подполк. Д.М. Гордеев (пропал без вести)
Начальник артиллерийско-технического снабжения майор А.А. Глухих (плен)
Начальник инженерной службы капитан З.М. Гинзбург (пропал без вести/погиб)
Начальник химической службы капитан И.А. Шаханов (пропал без вести)
Начальник санитарной службы военврач 2 ранга В.Я. Кутасников (плен)
Начальник 19-го подвижного полевого госпиталя военврач М.М. Бурас ст. политрук А.И. Полевой
Начальник ветеринарной службы военветврач 2 ранга П.Ф. Куликов
Начальник автобронетанковой службы майор М.И. Кривецкий (пропал без вести)
Начальник военно-хозяйственного снабжения интендант 2 ранга Ф.Н. Елизаров (плен)
Начальник продовольственно-фуражного снабжения ст. лейтенант Н.Н. Заглодин (плен, уволен 1945)
Начальник отделения ГСМ воентехник 1 ранга С.В. Чужбойский (пропал без вести)
Начальник административно-хозяйственной части техник-интендант 1 ранга А.И. Иванов (умер от ран 1942)
Заместитель начальника отдела политпропаганды бат. ком. В.А. Батраков (пропал без вести)
Зам. начальника 3-го отделения (контрразведка) лейтенант ГБ В.Н. Морозов (погиб)
НЕПОСРЕДСТВЕННОЕ ПОДЧИНЕНИЕ / СЗФ
65-й ск (Таллин, только управление) ген. — май. К.В. Комиссаров (погиб 1942) полк. ком. М.П. Токарев (пропал без вести) полк. В.Н. Ничушкин
Заместитель начальника отдела политпропаганды бат. ком. И.М. Юшков
Зам. начальника 3-го отдела (контрразведка) ст. лейтенант ГБ М.К. Федоров (погиб)
5-й воздушно-десантный корпус (вдк) Даугавпилс, затем 27А ген-май. И.С. Безуглый (снижен 1942, восстановлен 1943) бриг. ком. С.Г. Кизевич (погиб 1943) подполк. М.И. Суржиков (погиб 1943)
9-я воздушно-десантная бригада (вдбр) Гривы полк. В.А. Конинский
Начальник 3-го отделения (контрразведка) капитан ГБ С.Е. Курников (погиб)
10-я вдбр (Даугавпилс) полк. С.С. Гурьев (погиб 4.45)
201-я вдбр (Даугавпилс) полк. Н.Г. Гадалин (уволен 1946) ст. бат. ком. С.Н. Киреев майор С.И. Манухин (пропал без вести)
41-й (Либавский) УР див. ком. С.П. Николаев (плен) полк. ком. М.А. Васечкин (пбв)
57-я иад (Псков) полк. К.А. Катичев полк. ком. Н.Д. Моржерин (погиб 1942) врид майор А.С. Простосердов (зам. НШ)
Зам. начальника отдела политпропаганды бат. ком. И.П. Николаев
4-я сад (Паневежис) полк. И.К. Самохин (с 22.6) бриг. ком. И.И. Антонцев
Начальник санитарной службы военврач 1 ранга И.С. Романов
Заместитель начальника отдела политпропаганды ст. бат. ком. А.И. Яньков
6-я сад (Шяуляй) полк. И.Л. Федоров полк. ком. А.Г. Рытов полк. К.Д. Дмитриев
Заместитель начальника отдела политпропаганды ст. бат. ком. С.И. Макаров
7-я сад (Каунас) полк. П.М. Петров полк. ком. В.Н. Малышкин
8-я сад (Рига) полк. В.А. Гущин полк. ком. И.М. Горский
Заместитель начальника отдела политпропаганды полк. ком. Б.И. Пинес
Северо-Западная зона ПВО (Рига) полк. М.М. Карлин полк. И.С. Смирнов
Зам. начальника штаба Северо-Западной зоны ПВО подполк. Г.Е. Драбков
10-я отд. бригада ПВО (Рига) полк. М.И. Удовыдченко майор М.Л. Дмитриев
12-я отд. бригада ПВО (Вильнюс) полк. Д.Я. Дрожинин подполк. А.М. Ребриев
14-я отд. бригада ПВО (Каунас) полк. П.М. Барский майор А.Ф. Осипенко
Рижский бригадный район ПВО находился в стадии формирования
Эстонский/Юрьевский бригадный район ПВО (Тарту) находился в стадии формирования подполк. П.П. Каменский (пропал без вести)
Каунасский бригадный район ПВО находился в стадии формирования, комбриг Л.В. Нечаев
Начальник отделения МПВО НКВД Эстонии (Таллин) ст. лейтенант ГБ Г.Ф. Горбачев (погиб)
Пограничные войска
УПВ НКВД Прибалтийского округа (Таллин) ген. — май. К.И. Ракутин (погиб, Вяземский котел) бриг. ком. Н.Н. Потехин (погиб 1956) полк. И.М. Иванов (погиб)
Зам. по разведке и нач. 5-го (разведыв.) отдела ст. бат. ком. Е.Б. Шапиро (пропал без вести)