2-я бригада торпедных катеров капитан 2 ранга В.А. Саламатин капитан 2 ранга Г.Г. Олейник
Шхерный отряд кораблей зат. бригада шхерных кораблей капитан 3 ранга Э.И. Лазо
Отд. курсантская бригада военно-морских учебных заведений (с 3.7, Петергоф) контр-адм. С.С. Рамишвили (по совместительству) полк. ком. Б.Т. Калачев полк. В.М. Ржанов (по совместительству)
1-я бригада морской пехоты (Таллин) полк. Т.М. Парафило (умер от ран 1943) полк. ком. М.П. Грачев полк. И.Е. Гусев
2-я бригада морской пехоты (с 5.7) майор Н.С. Лосяков (с 15.7) бат. ком. С.Д. Антонченко (с 7.41) майор А.И. Емельянов (с 7.41)
Кронштадтский учебный отряд КБФ капитан 2 ранга В.Н. Лежава (до 2.7) ст. бат. ком. А.Ф. Петрухин (погиб)
Инспектор строевой и стрелковой подготовки отряда полк. А.Т. Ворожилов (погиб)
Начальник управления ПВО ген. — май. береговой службы Г.С. Зашихин
Начальник отдела ПВО полк. М.С. Ромашко (уволен по болезни 1948)
Командующий ВВС ген. — май. авиации В.В. Ермаченков (до 7.41, погиб 1963) полк. Д.И. Сурков (погиб 1942)
Зам. командующего ВВС ген. — май. авиации М.И. Самохин (командующий ВВС с 14.7), ген. — май. авиации И.В.Рожков (с 7.41)
Главный инженер ВВС военинженер 1 ранга Г.Н. Гуревич
Начальник 1-го (оперативного) отдела штаба ВВС капитан М.Е. Литвин (с 6.41)
Инспектор по боевой подготовке разведывательной авиации управления ВВС майор Д.Д. Бородавка
8-я бомбардировочная авиабригада (бабр) полк. Н.К. Логинов полк. ком. Н.С. Александров
10-я истребительная авиабригада (иабр) ген. — май. авиации Н.Т. Петрухин
Зам. начальника 3-го отделения (контрразведка) мл. лейтенант ГБ А.С. Ларионов (пропал без вести)
61-я истребительная авиабригада полк. A.M. Морозов (погиб, авиакатастрофа 1942) бриг. ком. С.С. Бессонов
Помощник командира авиабригады полк. Н.Н. Проскурин (с 6.41, умер от ран 1944)
Береговая оборона главной ВМБ (Палдиски) полк. И.А. Кустов полк. Г.А. Потемин
Начальник артиллерии майор Н.И. Скородумов
Начальник тыла интендант 1 ранга И.Я. Пешков (с 6.41)
Зам. начальника штаба по политической части полк. ком. П.В. Боярченко (с 7.41, умер 1949)
Ответственный руководитель боевого траления ОВРа капитан 2 ранга Н.А. Мамонтов (до 29.6)
Флагманский штурман ОВРа капитан 3 ранга В.А. Экман
Передовой сектор береговой обороны — о-в Даго (Хиума), с 21.6; б. Сев. укрепл. сектор (СУС) БО Балт. р-на, затем Балт. ВМБ; с 26.8 — вновь СУС БО Балт. р-на полк. А.С. Константинов бат. ком. М.С. Биленко полк. П.В. Савельев
Начальник артиллерии сектора майор В.И. Бранчевский
Начальник инженерной службы сектора майор Халайсин
Начальник снабжения сектора капитан 2 ранга А.А. Крат (умер, сердце 1944)
Начальник медико-санитарной службы сектора военврач 2 ранга В.И. Лаптухин (погиб)
Начальник военно-морского госпиталя сектора военврач 2 ранга Е.Я. Евзович (погиб)
Начальник 3-го отдела (контрразведка) сектора ст. лейтенант ГБ М.К. Михайлов
Ст.военный представитель Инженерного управления ВМФ по строительству базы Палдиски военинженер 2 ранга П.А. Никаноров
ВМБ п-ва Ханко ген. — май. береговой службы С.И. Кабанов бриг. ком. А.Л. Расскин (погиб, авиакат.42) капитан 2 ранга П.Г. Максимов
Помощник командира базы по гражданской части интендант 3 ранга Н.М. Киселев
Начальник оперативного отделения капитан-лейтенант Н.И. Теумин
Командир-оператор оперативного отделения капитан-лейтенант А.И. Зыбайло
Командир-оператор оперативного отделения капитан-лейтенант Р.А. Карпилов
Начальник военных сообщений военинженер 1 ранга И.К. Исаев
Инженер-фортификатор ВМБ п-ва Ханко военинженер 1 ранга С.Е. Киселев
Начальник центральных мастерских военинженер 3 ранга Л.И. Першанин
Начальник отделения продовольственного снабжения интендант 2 ранга Н.Ф. Кудрин
Начальник гарнизонного хлебозавода ст. политрук И.А. Ершов
Начальник медико-санитарной службы военврач 2 ранга М.Г. Ройтман (умер 1949)
Начальник военно-морского госпиталя военврач 2 ранга Ю.В. Лукин (погиб)
Главный врач госпиталя военврач 2 ранга В.А. Федосеев
Ведущий хирург госпиталя военврач 3 ранга А.С. Коровин
Начальник участка ПВО майор Г.Г. Мухамедов
Начальник тыла капитан 2 ранга Н.С. Куприянов бат. ком. Ф.Г. Звонов
Флагманский штурман капитан 1 ранга С.Ф. Меньшиков
Заместитель начальника отдела политпропаганды полк. ком. П.И. Власов
Редактор базовой газеты бат. ком. Ф.А. Зудинов (умер от ран)
Секретарь редакции политрук К.Л. Лукьянов (погиб)
Начальник 3-го отдела (контрразведка) полк. ком. Я.А. Кривошеев
Начальник 2-го отделения 3-го отдела ст. политрук Н.К. Мозгов