Проведение крупных организационных мероприятий требовало немалого времени. К тому же необходимо было учесть соображения, высказанные на майском совещании высшего командного и политического состава армии и флота. Были уточненные задачи по прикрытию государственной границы. Для каждого приграничного округа определялись боевой состав войск, важнейшие направления прикрытия, количество и границы районов прикрытия.
Ленинградский военный округ (командующий генерал-лейтенант М. М. Попов, член Военного совета корпусной комиссар H. H. Клементьев, начальник штаба генерал-майор Д. Н. Никишев) должен был силами 7, 14, 23-й армий оборонять границу с Финляндией от полуострова Рыбачий до Финского залива, а также побережье Эстонской ССР и полуостров Ханко; свои задачи на приморских флангах он решал во взаимодействии с Северным и Балтийским флотами. Основные усилия округа сосредоточивались на Карельском перешейке, оборона которого возлагалась на 23-ю армию (командующий генерал-лейтенант П. С. Пшенников), и на петрозаводском направлении, где оборону должна была вести 7-я армия (командующий генерал-лейтенант Ф. Д. Гореленко). Прикрытие границы от Мурманска до Кеми осуществляла 14-я армия под командованием генерал-лейтенанта В. А. Фролова. Ленинградский военный округ прикрывал государственную границу протяженностью 1670 км.
Прибалтийский Особый военный округ (командующий генерал-полковник Ф. И. Кузнецов, член Военного совета корпусной комиссар П. А. Диброва, начальник штаба генерал П. С. Кленов) имел задачу силами 8, 11 и 27-й армий во взаимодействии с Балтийским флотом прикрыть побережье Балтийского моря от Хапсалу до Паланги и сухопутную границу Литовской ССР. Ширина полосы прикрытия равнялась 720 км. Основные усилия округа нацеливались на оборону 300-километровой границы с Восточной Пруссией. Здесь развертывались 8-я армия под командованием генерал-майора П. П. Собенникова и 11-я армия, которой командовал генерал-лейтенант В. И. Морозов.
Западный Особый военный округ (командующий генерал армии Д. Г. Павлов, член Военного совета корпусной комиссар А. Я. Фоминых, начальник штаба генерал-майор В. Е. Климовских) силами 3, 10 и 4-й армий должен был прикрыть государственную границу от южной границы Литовской ССР до реки Припять. Основные усилия округа концентрировались на гродненском направлении, где обороняться предстояло 3-й армии (командующий генерал-лейтенант В. И. Кузнецов), и на белостокском направлении, где развертывалась 10-я армия (командующий генерал-майор К. Д. Голубев). На брестском направлении к обороне переходила 4-я армия (командующий генерал-майор А. А. Коробков). Этой армии оперативно подчинялась Пинская военная флотилия (командующий контр-адмирал Д. Д. Рогачев). Общая протяженность по фронту полосы прикрытия округа составляла 470 км.
Киевский Особый военный округ (командующий генерал-полковник М. П. Кирпонос, член Военного совета корпусной комиссар Н. Н. Вашугин, начальник штаба генерал-лейтенант М. А. Пуркаев) силами 5, 6, 12 и 26-й армий должен был оборонять государственную границу от реки Припять до Липкан. Основные усилия округа сосредоточивались на львовском направлении, где развертывались 6-я армия (командующий генерал-лейтенант И. Н. Музыченко) и 26-я армия (командующий генерал-лейтенант Ф. Я. Костенко). На Луцком направлении предстояло обороняться 5-й армии под командованием генерал-майора танковых войск М. И. Потапова, на каменец-подольском направлении - 12-й армии (командующий генерал-майор П. Г. Понеделин). Фронт обороны округа достигал 860 км.
Одесский военный округ (командующий генерал-полковник Я. Т. Черевиченко, член Военного совета корпусной комиссар А. Ф. Колобяков, начальник штаба генерал-майор М. В. Захаров) прикрывал границу с Румынией от Липкан до устья реки Дунай, а также побережье Черного моря до Одессы включительно общей протяженностью около 650 км. Границу с Румынией войска округа обороняли во взаимодействии с Дунайской военной флотилией (командующий контр-адмирал Н. О. Абрамов), побережье Черного моря от Одессы до Керченского пролива - совместно с Черноморским флотом.
Генеральный штаб предполагал возможность ведения войны на два фронта, поэтому для прикрытия Забайкалья и Дальнего Востока в июле 1939 года по приказу НКО СССР от 28 июня 1938 (в соответствии с постановлением Главного военного совета РККА от 8 июня 1938) были созданы Забайкальский и Тихоокеанский фронты. Стык фронтов проходил по реке Урка через станцию Ерофей Павлович.
Тихоокеанский фронт был создан на базе Особой Краснознамённой Дальневосточной армии (ОКДВА) и именовался Краснознамённым Тихоокеанским фронтом. В состав фронта вошли 1-я и 2-я армии, а также Хабаровская группа войск. В оперативном подчинении находились Тихоокеанский флот и Кразнознамённая Амурская флотилия. Штаб фронта располагался в Комсомольске на Амуре. На базе Особого стрелкового корпуса на острове Сахалин была сформирована 16-я армия. Командующим фронта был назначен генерал-полковник Штерн Г. М.
В состав Забайкальского фронта вошли 15-я, 25-я и 35-я общевойсковые армии. Командующим фронта был назначен генерал-полковник Апанасенко И. Р.
Для обеспечения действий фронтов были сформированы 9-я и 10-я воздушные армии. Самолетный парк двух фронтов насчитывал 2600 самолетов. Для нанесения ударов по тылам японских войск на Дальнем Востоке был развернут 5-й корпус Дальнебомбардировочной авиации.
Одновременно были усилены Тихоокеанский флот (командующий вице-адмирал И. С. Юмашев) и Краснознаменная Амурская военная флотилия (командующий контр-адмирал П. С. Абанькин). В их состав поступили новые надводные корабли, подводные лодки, авиация. К октябрю 1939 года на Тихоокеанском флоте насчитывалось около 220 кораблей различных классов, в том числе 2 лидера, 7 эскадренных миноносцев, 6 сторожевых кораблей, 85 подводных лодок, 17 тральщиков, 5 минных заградителей и 160 торпедных, сторожевых и других катеров.
Амурская флотилия имела в своем составе 8 мониторов, 5 речных канонерских лодок, 48 бронекатеров, 4 тральщика, 13 катеров-тральщиков. Проводилась работа по укреплению береговой обороны и оборудованию основных военно-морских баз и аэродромов.
Военно-морские силы получили задачи во взаимодействии с войсками приграничных округов не допустить вторжения противника с моря, а также, используя минные заграждения и укрепления береговой обороны, воспрепятствовать захвату военно-морских баз и высадке десантов на побережье.
В европейской части СССР морские границы прикрывали флоты: Северный (командующий контр-адмирал А. Г. Головко, член Военного совета дивизионный комиссар А. А. Николаев, начальник штаба контрадмирал С. Г. Кучеров), Краснознаменный Балтийский (командующий вице-адмирал В. Ф. Трибуц, член Военного совета дивизионный комиссар М. Г. Яковенко, начальник штаба контр-адмирал Ю. А. Пантелеев), Черноморский (командующий вице-адмирал Ф. С. Октябрьский, член Военного совета дивизионный комиссар H. M. Кулаков, начальник штаба контр-адмирал И. Д. Елисеев).
К началу августа 1939 года штабы округов завершили разработку планов прикрытия государственной границы и представили их на утверждение в Наркомат обороны.
Планы отвечали основному замыслу руководства Советской Армии, но имели существенные недочеты. Штабы брали за исходный такой вариант действий, при котором, как они полагали, удастся без помех со стороны противника завершить отмобилизование войск и их развертывание на намеченных рубежах.
Приграничные округа получили фронты прикрытия большой протяженности. Теми силами и средствами, которыми они располагали, практически невозможно было создать везде одинаково прочную оборону и длительное время сдерживать крупные силы противника. Штабы округов стремились иметь крепкие вторые эшелоны. Но армии располагались так, чтобы прикрыть отведенные полосы обороны на всем протяжении. Считалось, что противник застрянет в армейской обороне и не сможет вырваться на оперативный простор.
В первом эшелоне армий прикрытия предполагалось развернуть 63 дивизии и 2 бригады. Во вторые эшелоны армий прикрытия выделялась 51 дивизия (большинство из них танковые и моторизованные). 45 дивизий резерва командующих округами должны были занимать оборону в оперативной глубине на удалении 100 - 150 км от границы с задачей задержать противника, если он сможет прорваться. Кроме того, на территории округов находились 11 дивизий, подчиненных непосредственно Наркомату обороны. Всего, таким образом, в приграничных округах предполагалось иметь 170 дивизий.