Томаш Масарик народився 7 березня 1850 року в селі Годонін на крайньому південному сході Моравії, коло самого кордону із Словаччиною, що була тоді частиною Угорщини. Хоча його рідна околиця належала до однієї із земель «корони святого Вацлава», тобто чеських, населяли її переважно словаки, вона так і звалася — Моравська Словаччина. Сам Масарик через багато років писав: «Думаю, що я — чистокровний словак, як за батьковою лінією, так і за материною, без жодної домішки німецької чи угорської. Втім, я не цілком упевнений у цьому, — додав він із скептицизмом справжнього вченого. — Адже селяни не вивчають своїх родоводів». Хоча Йозефа Масарика не можна було назвати навіть селянином — він не мав ані власної землі, ані хати. Замолоду наймитував у багатих господарів, а на час народження свого старшого — Томаша — був кучером у цісарському маєтку в Годоніні. Там, у «службовій квартирі» кучера — маленькій сільській хаті (до того ж чужій) і народився майбутній «визволитель Чехословаччини». Батько Масарика ніколи не ходив до школи і ледве вмів читати. Але мав гордий і незалежний характер, не боявся заперечувати панам управителям. Може, через це його постійно переводили з одного маєтку до іншого. Вже через три роки після народження Томаша родина переїхала до Мутєніц, тоді знову до Годоніна, тоді до Чейковіц, потім до Чейча. Але всі ті села лежали в тій самій Моравській Словаччині, за кілька чи кільканадцять кілометрів одне від одного.
«Батько був здібний, але простий чоловік, голова в домі була матуся», — згадував Масарик. Тереза Масарикова (в дівоцтві Кропачкова) побачила замолоду досить світу і побувала в найдобірнішому товаристві — кілька років була куховаркою в Годоніні, покоївкою у Відні. Її рідне село Густопеча було цілком онімечене, отож говорила і читала вона виключно німецькою. Лише у глибокій старості, коли всі її сини (а Масарик мав двох молодших братів) стали видатними діячами чеського національного руху, вона при зустрічах почала відповідати їм поганою словацькою мовою. Але читати чеською чи словацькою так ніколи й не навчилася і до самої смерті користувалася своїм німецьким молитовником, який Масарик пам’ятав ще з раннього дитинства — як першу книжку, побачену у своєму житті. За часів дитинства майбутнього безкомпромісного борця з пангерманізмом у домі безроздільно панувала німецька мова — тільки нею розмовляла мати, нею ж намагався відповідати їй батько, який, утім, постійно збивався на словацьку. Німецькою змалечку розмовляв удома й Томаш, а словацькою — лише з хлопцями на вулиці. «Такий собі сільський хлопець дев’яти років має купу роботи, — згадував через 75 років президент республіки, повільно оклигуючи після важкого інсульту. — Тільки порахуйте: мусить уміти свистіти губами, крізь зуби, запхавши до рота один палець, два пальці, в кулак; потім на два способи лускати пальцями. Мусить уміти стояти на голові, ходити на руках, крутитися колесом та добре втікати, це головне… Далі мусить уміти стріляти з лука, з рогатки, добре влучати каменем, їздити верхи, вміти вилізти на кожне дерево, ловити рибу, плавати, розкладати багаття в лісі, кататися на ковзанах та санчатах, ходити на ходулях. Розуміється, перед тим усім селянський хлопець мусить допомагати матері в хатньому господарстві і батькові в полі».
Втім, уже в шість з половиною років Томаш пішов до початкової сільської школи в Годоніні, де виявив великі здібності до навчання. Вчитель порадив батькам віддати хлопця до середньої школи, з тим щоб потім він міг скінчити учительську семінарію. 1861 року батьки з дозволу «панства» послали Томаша до німецької реальної школи в Густопечі, яку він скінчив 1863 року. Батьки тоді знову жили в Годоніні, і Масарик повернувся до них — ходив до місцевої школи, допомагав учителеві вчити малечу, сам учився музики, багато читав і думав над прочитаним. Проте до вчительської семінарії можна було вступити лише маючи 16 років, а Томашеві було 14. Чекати було задовго, і мати відвезла сина до Відня, де влаштувала його учнем до слюсаря.
Розвинутому не по роках та дуже серйозному хлопцеві було не до смаку виконувати учнівські обов’язки — допомагати жінці майстра в хатньому господарстві, роздувати міхи або механічно відливати підковки. Одначе все це Томаш терпляче зносив, а вночі, коли його товариші спали, перечитував свої улюблені книжки, привезені з дому. «Мабуть, я ще довше б це витримав, — згадував Масарик, — але один співучень украв і продав мої книжки. І мені стало так сумно, що я втік додому, до Чейча. Особливо тяжко мені було без атласу, яким я щовечора «мандрував» цілим світом».