Батьки не втратили надії прилаштувати свого сина до ремесла — віддали його в науку до сільського коваля. Майбутній президент був ковальчуком близько року. Але навіть через 35 років, коли зустрічався в Ясній Поляні з Львом Толстим, російський письменник увесь час поглядав на Масарикові руки, а тоді спитав, чи не був він колись робітником, ковалем?
Село Чейч було мішане — чесько-словацьке. І парубки та підлітки двох «братніх» народів постійно билися між собою, «куток на куток». Томаш уважав за свій обов’язок брати участь у цих бійках на боці словаків: «Коли мені було 15 років, я постійно носив із собою кривий словацький ніж, — згадує він. — І то добре, що нікого не зарізав».
Вирішальну роль у житті Масарика відіграв тоді сільський священик Франц Сатора. Попри тридцятирічну різницю у віці, він заприятелював із хлопцем, давав йому читати книжки, навчав його латини і зрештою переконав Масарикових батьків, що Томаш мусить учитися далі. За допомогою Сатори Масарик екстерном склав іспити за перший клас гімназії і 1865 року, п’ятнадцятирічним пішов до другого класу німецької гімназії у місті Брно.
У гімназії Масарик учився на «відмінно» і був звільнений від плати за навчання. Але батьки не присилали йому ані шеляга, тому з першого ж місяця перебування у Брно він змушений був заробляти собі на квартиру та харчування. І він давав приватні уроки панським дітям, зокрема сину брненського поліцмейстера Антона Ле Моньє. Поліцмейстер визнав вплив юного репетитора (тільки на чотири роки старшого за вихованця) на свого ледачого і розбещеного сина настільки благотворним, що запросив гімназиста-третьокласника на посаду домашнього вчителя у свою родину. Без відриву від навчання. Відтак уже через два роки у Брно Томаш утримував не лише себе, а й молодшого брата, якого він теж «витягнув» до гімназії з села.
«Ніхто так і не зрозумів, — згадує один із Масарикових однокашників, — як сталося, що цей селюк-переросток уже у третьому чи четвертому класі став беззаперечним авторитетом для всіх гімназистів-чехів, аж до восьмого класу включно. З ним радилися, на його суд виносили конфлікти між собою».
У гімназії Масарикове прізвище записали Масаржік. Саме так воно мало б звучати, якби він був не словаком, а чехом. А позаяк «Масаржік» не мав жодних документів, то писати його прізвище правильно педагоги відмовилися. Томаш не полінувався з’їздити до Годоніна, де його родина вже давно не жила, і здобути виписку з церковних книг, з тим щоб відновити словацьке звучання свого прізвища. Втім, це був, мабуть, останній «словацький» жест у його житті. Саме в цей час Масарик почав цікавитися національними відносинами й усвідомив себе не просто підданим Габсбурґів, а чехом. І потім до самої смерті він вважав словаків лише гілкою чеської нації, а свою рідну мову — діалектом чеської. Саме Масарик через кілька десятиріч придумав спільноту «чехословаків», до складу якої в незалежній Чехословаччині записували і чехів, і словаків.
Брненську гімназію Масарик так і не закінчив. Протягом усього життя він був глибоко віруючою людиною і шукав свої шляхи до Бога. 1869 року в 19-річного гімназиста виникли ідейні розходження з католицькою церквою (зрештою, цей процес завершився через дев’ять років його формальним переходом у протестантство, що аж ніяк не сприяло кар’єрі в «католицькій» імперії Габсбурґів). З огляду на величезний вплив, яким Масарик користувався серед учнів, директор гімназії спробував переконати його, що доки він учиться, він мусить для загального спокою ходити до церкви, сповідатися тощо, хоча, звичайно, жодна інтелігентна людина не може до того всього ставитися серйозно. Мовляв, і сам директор не вірить у ці попівські штучки, але з огляду на службові обов’язки… Масарик усе те уважно вислухав, а тоді спокійно сказав: «Але ж той, хто поводиться всупереч своїм переконанням, є шахраєм і нікчемою». «Педагог» кинувся на свого вихованця з кулаками. Масарик вихопив з печі коцюбу і з вигуком «Не займайте!» — замахнувся на директора.
Вчена рада гімназії «порадила» йому навчатися десь у іншому місті.