Ле Моньє, який з Брно пішов на підвищення до Відня, допоміг Масарику вступити до столичної гімназії, яку він і закінчив 1872 року, двадцятидворічним. А вже через сім років Масарик став доцентом філософського факультету Віденського університету. За цей час він встиг закінчити університет — одночасно два факультети: філологічний і філософський, захистити докторську дисертацію (приблизний аналог нашої кандидатської) і навіть габілітуватися (на «наші гроші» — це стати доктором наук). Швидкість і позірна легкість, з якою Масарик долав сходинки наукової кар’єри, вражають.
Але ще перед цим Томаш став Томашем-Ґарріґом. На честь своєї дружини Масарик узяв собі її дівоче прізвище як друге ім’я. Протягом року він навчався в аспірантурі в Лейпцизькому університеті в Німеччині. І там познайомився зі студенткою місцевої консерваторії Шарлоттою Ґарріґ. Красуня Шарлотта була не німкенею, а американкою — дочкою голови правління Нью-Йоркського комерційного банку. Молоді люди закохалися одне в одного, але її батьки не хотіли давати згоди на шлюб. Урешті Масарик поїхав за своєю коханою до Америки, і там йому вдалося переконати майбутнього тестя — але за рахунок відмови від посагу. Американський банкір не дав за своєю дочкою жодного долара. Відтак перші роки заміжжя Шарлотті довелося жити набагато скромніше, аніж вона було звикла, — лише на не надто велику Масарикову платню. Проте вона ніколи не нарікала, народила чотирьох дітей і дуже швидко вивчила чеську мову — адже її коханий хотів, щоб діти свої перші слова вимовляли саме чеською. І це попри те, що родина мешкала у Відні!
Коли молоде подружжя приїхало з Америки до австрійської столиці, хтось розпустив «абсолютно точну» інформацію: Масарик узяв за своєю дружиною рівно три мільйони доларів. Не більше і не менше. До скромного помешкання молодят якось завітав найбагатший віденський банкір і кілька годин умовляв молодого вченого стати віце-президентом правління його банку. Зрозуміло, що вклавши туди привезені з Америки гроші.
Шарлотта не принесла Томашеві грошей, але 45 років, до самої своєї смерті, була першою помічницею в його науковій, а потім і політичній діяльності. «Вона має чудову голову. Кращу, як у мене», — любив казати Масарик. Під час Першої світової війни вона, як сказали б у сталінському СРСР, «член родини зрадника батьківщини», відсиділа 8 місяців у австрійській в’язниці і була звільнена лише після особистого звернення президента США до цісаря Франца-Йосифа.
У Відні Масарик став неформальним главою численної чеської громади і відразу потрапив «на олівець» імперській поліції. Відтак, попри всі необхідні наукові ступені і зростаючий науковий авторитет у Європі, він і сподіватися не міг на професорську катедру у столичному університеті. Масарик уже зовсім було зібрався їхати до Чернівецького університету, коли у Празі, внаслідок тривалої і запеклої боротьби чехів з імперською адміністрацією, було дозволено відкрити Чеський університет…
«Коли професор Масарик 1882 року прийшов до Чеського університету, — згадує професор Бржетіслав Фоустка, — спочатку навколо нього зібрався не дуже-то великий гурт слухачів. Нас причарував його геніальний дух і благородна, аристократична, в найкращому розумінні цього слова, поведінка. Часто я дивувався, чому це не відразу пішло за Масариком усе студентство університету. І дійшов висновку, що потрібні особливі якості, щоб його зрозуміти та йти за ним. Адже і за Христом ішла спочатку лише купка тих, хто його зрозумів. Але ми, що йшли в університеті в перших лавах за своїм «майстром», залишилися йому вірні і віддані на ціле життя».
Масарик одразу відчув, наскільки відсталим, провінційним було тогочасне чеське суспільство, яке всі свої сили витрачало на національну, та й то дуже часто суто формальну, боротьбу з німцями, не звертаючи уваги на застій у науці, хуторянство у громадських відносинах. І тому він пішов зі своїми публіцистичними працями та публічними виступами просто до народу і поступово зробився вчителем — спочатку пражан, а потім усього чеського народу. Але для цього йому довелося виграти «рукописну війну».
1817 року бібліотекар новозаснованого Чеського музею в Празі Вацлав Ганка знайшов в архіві маєтку (двору по-чеськи) Кралєво рукопис IX—X століття з віршами про славне минуле чеського народу. Наступного року невідомий надіслав Ганці відшуканий у Зеленій Горі ще один такий старовинний рукопис — уривок тогочасної поеми про легендарну, як уважалося доти, княгиню Лібушу. З Кралєдворського і Зеленогорського рукописів неспростовно випливало, що вже в IX—X століттях чеські землі мали надзвичайно високий, як на ті часи, рівень соціального і культурного розвитку. Коли німці, нинішні володарі Чехії, ще «жерли сирі жолуді», чехи вже були розвинутою нацією. Рукописи ці стали вагомими аргументами у боротьбі чехів за своє національно-культурне відродження. Навіть великий історик Палацький використав їх як історичні джерела, пишучи про старовинне чеське право. Зайве казати, що вони цитувалися в кожній читанці чеською мовою. Щоправда, деякі вчені, особливо німецькі, ставили під сумнів достовірність цих рукописів. Але це, безумовно, було викликано лише їхнім німецьким шовінізмом і чехофобією.