І ось у першому числі заснованого і редагованого Масариком журналу «Атеніум» 1886 року з’явилася стаття чеського славіста Яна Ґебауера «Про необхідність подальшого дослідження Кралєдворського та Зеленогорського рукописів», де дуже делікатно, несміливо ставилася під сумнів їхня ідентичність. Масарик же від імені редакції зобов’язався друкувати дальші дослідження Ґебауера.
Важко навіть уявити собі, який зчинився скандал. На той час існувало дві основні чеські партії — старочехи та молодочехи, які ворогували між собою в усьому, окрім опозиції до Відня. А тут чи не вперше вони об’єдналися. Причому основний удар було направлено не стільки проти Ґебауера, скільки проти Масарика. Старочеські «Народні лісти» в статті «Філософи самогубства» писали про Масарика: «Досить уже нам його наукової праці, хай собі шукає іншого народу… Іди, прилучися до ворога нашого, якому служиш, позабудь, що ти ходив чеською землею, ми тебе відлучаємо від нашого народу, як гидку болячку». У молодечеській же «Златій Празі» з’явилася ціла поема, «присвячена» Масарикові. «Я вірю, вас народила не чеська мати, а зла змія, — писав поет Гейдук, — що раз у раз прагне чеської крові у данину… Геть, наволоче, геть!» Домовласник-чех відмовив Масариковій родині у квартирі. Переляканий Ґебауер «захворів» і тижнями не виходив з дому. Але спокійний та усміхнений Масарик, який так само добре, як і Ґебауер, знав, що рукописи — фальсифікати, чи не силою домігся від філолога дальших статей. Довести, що рукописи — підробка, було не так уже й важко. Страшенно важко було зважитися на це. «Масарик — вояк від природи, вояк духу, вояк за правду та справедливість, — згадував Ґебауер. — І він змусив мене робити це, хоч як я боявся». Кілька чисел поспіль «Атеніум» глибоко і неупереджено аналізував злощасні рукописи. Істерія помалу спадала, і всім зрештою стало зрозуміло, що рукописи — підробка початку XIX століття. «Визнати та засудити власні помилки та хиби — ще не означає вважати чуже за краще. Не можна жити ненавистю до чужого, на неправді ніколи не побудуєш нічого путнього», — підбив підсумки дискусії Масарик.
І вже через три роки і старочехи, і молодочехи молили Масарика прилучитися кожні до свого передвиборного списку, розуміючи, що сам авторитет його імені може забезпечити перевагу на виборах до імперського парламенту.
Ще й зараз у деяких курсах історії світової філософії згадується Масарикова «теорія людини». Все пізнається у порівнянні. З напівазійської імперії Романових сусідня імперія Габсбурґів виглядала мало не океаном свободи. Але порівняно з Британією чи Францією Австрія, з її всевладдям напівфеодальної аристократії, політичною поліцією і політичною цензурою, жорстокими утисками ненімецьких і неугорських народів, які Відень намагався нацькувати один на одного, аж ніяк не здавалася сучасною демократією. От саме в цій задушливій атмосфері Масарик розробляв свої філософські теорії про людину, вільну людську особистість. Феномен Масарика полягає, мабуть, у першу чергу в тому, що йому самому вдалося бути абсолютно внутрішньо вільною людиною — попри зовнішні умови, що аж ніяк не сприяли цьому. Його філософські теорії були нерозривно пов’язані, творили певну цілість з його ж політологічними та геополітичними дослідженнями, а також практичною діяльністю. На початку XX століття, коли цілий світ було поділено на колонії та «зони виключного впливу» імперіалістичних держав, коли назрівала і зрештою вибухнула найкривавіша в історії людства війна за імперіалістичний переділ світу, Масарик теоретично обґрунтовував можливість «нової Європи», роль і місце малих націй на нашому континенті й у світі. До речі, славетні «14 пунктів» американського президента Вудро Вільсона, які були спрямовані на встановлення справедливого миру після Першої світової і які більшовики десятиліттями намагалися представити демагогічною димовою завісою, виникли під прямим впливом Масарика. Ще 100 років тому, на десятиріччя випередивши свій час, Масарик накреслював контури нової об’єднаної Європи, в якій будуть враховуватися інтереси і великих, і малих націй, а кожний народ зберігатиме свою національну ідентичність, залишаючись водночас європейцями. Володимир Ульянов-Ленін у своїй відомій роботі «Про гасло Сполучених Штатів Європи» полемізував саме з Масариком, не називаючи його по імені. І стверджував, що об’єднання Європи можливе лише внаслідок соціалістичної революції. Історія розсудила давню наукову суперечку — Масарикова батьківщина вже зализала рани від проведеного над нею соціалістичного експерименту і вступила до Об’єднаної Європи — Євросоюзу.