Масарик перший по-справжньому поставив перед світовою науковою і політичною громадськістю «чеське питання» — не в розрізі збереження (чи незбереження) чеської мови і культури, а як можливість і необхідність створення чеської держави. Якими ж дрімучими видаються твердження деяких наших сучасників, які намагаються довести, що в сучасному (!) світі Україна не може вижити як самостійна держава. Щось подібне Масарик переконливо спростовував ще багато десятиріч тому. І не лише теоретично, а й на практиці.
Боротьбу за самостійність свого народу він теоретично обґрунтовував, виходячи зі своєї філософії людини і, хоча це комусь може видатися навіть парадоксальним, з космополітичних засад національної рівноправності і випливаючого з цього права так званих малих і поневолених народів на повну незалежність, що, на думку Масарика, є важливою передумовою справжнього поступу і демократизації людства.
Масарикова боротьба за створення політичної чеської нації, здобуття державності, як відомо, увінчалася блискучим успіхом. Але не було в Чехії більшого ворога вузького націоналізму та ксенофобії, ніж Масарик. Попри надзвичайно жорстку боротьбу, яку чехам доводилося сторіччями вести проти онімечення, Масарик ніколи не виступав проти німецької культури як такої. Він досліджував філософські погляди Гейне і вважав, що людина, яка змалечку збагатила себе скарбами не лише чеської, а й «якоїсь світової літератури» (зокрема німецької), буде кращим чехом, аніж людина, позбавлена цього. У 1899—1900 роках він активно виступив на захист несправедливо засудженого до смерті за звинуваченням у ритуальному вбивстві чеської дівчинки єврея Леонарда Гільснера. Переважна більшість єврейської громади в Чехії підтримувала німців у їхніх намаганнях денаціоналізувати чехів, єврейський торговельний та промисловий капітал жорстоко визискував їх — більшість чехів вважала євреїв історичним ворогом. Сам Гільснер, за визнанням Масарика, був «покидьком, за яким давно плакав кримінал». І попри все це, Масарик знав, що «маца, замішана на крові християнських дітей» — лише забобон, наклеп. Тому й кинувся в бій. Цікавою є його аргументація: «Я сам виростав у атмосфері забобонів і ненависті до євреїв. Мушу визнати, що на чисто емоційному рівні я не зміг цілком позбутися того упередження і досі. Тим більше (підкреслення моє. — Авт.) я зобов’язаний стати на захист Гільснера. Зрештою йдеться не лише про окрему людину, і навіть не лише про євреїв у цілому. Я захищаю і чеський народ — антисемітизм принижує того, хто його виявляє».
Від 1891 року Масарик багато разів обирався до імперського і чеського земельного парламентів, очолював невелику, але впливову Партію реалістів, згодом Народну чеську партію. У віденському парламенті Масарик захищав не лише інтереси власного народу — він активно протидіяв агресії австро-угорських властей проти південних слов’ян, зокрема Сербії, опирався анексії Австрією Боснії та Герцеговини. Саме завдяки Масарикові було викрито провокацію австрійських спецслужб, так звану «загребську справу», коли за звинуваченням у державній зраді і шпигунстві було заарештовано 34 хорватських і сербських діячів Австро-Угорщини. Напередодні Першої світової війни Масарик користувався таким авторитетом серед південних слов’ян, що виступав посередником на сербсько-болгарських міждержавних переговорах.
6 червня 1915 року, в день народження Яна Гуса, один утікач із рідного краю, засуджений вдома до смертної кари за державну зраду, офіційно оголосив у Женеві війну Австро-Угорській імперії. Від імені чеського і словацького народів, які від цього дня проголошувалися воюючою стороною на боці Антанти. Цим утікачем був, звичайно ж, Масарик.
Уже десь року 1907-го, як згадував потім президент Чехословаччини, він остаточно втратив віру, що є хоч якась можливість перетворення Австро-Угорської монархії на федерацію рівноправних народів, у якій чехи могли би задовольнити свої національні інтереси. Відтоді він робив ставку лише на знищення Дунайської монархії і здобуття чехами та словаками повної незалежності.