Другим примером одностороннего подхода является рассмотрение движущего противоречия эволюции как отношения в системе «организм — среда», а не в системе «популяция — биогеоценоз». Это приводит к смещению различных уровней адаптивных процессов: адаптации в собственном смысле слова, осуществляющейся на основе накопленной в процессе филогенеза наследственной информации, и адаптивных преобразований наследственной информации в процессе эволюции (адаптациогенеза).
Диалектический характер развития живой природы и биологического познания проявляется не только во взаимопроникновении соответствующих понятий, но и в той «поляризации» научных поисков, о которой говорилось ранее. Такое внешне «полярное» по отношению к молекулярной биологии направление представлено в наше время системой биологических дисциплин, занимающихся изучением надорганизменных образований (биологических макро- и мегасистем) и надындивидуальных уровней интеграции живого, начиная с популяции и вида и кончая совокупностью живых существ на нашей планете (биосферой).
Революционное значение достижений молекулярной биологии обусловлено, в частности, тем, что они вывели науки о живом за пределы явлений, непосредственно наблюдаемых человеком с помощью органов чувств. Создание новых методик исследования позволило как бы зримо представить не только те тончайшие структуры, о наличии которых ранее высказывались лишь догадки и предположения (например, гипотеза Н. К. Кольцова о молекулярном строении вещества наследственности), но и детально раскрыть процессы функционирования и воспроизведения ультрамикроскопических и молекулярных структур живого.
Иная ситуация сложилась в области надорганизменной биологии. Популяционная биология и биоценология, как и молекулярная биология, имеют дело с объектами, выходящими за пределы повседневных человеческих восприятий. Исследование строения и функционирования живого покрова Земли и отдельных его элементов (экосистем, биогеоценозов) связано с преодолением некоторых методологических трудностей. Дело в том, что надорганизменные формы организации (популяции, биосфера) в большинстве случаев объективно не вычленены столь же четко, как организмы, из более широких систем, частью которых они являются. Кроме того, популяции животных жестко не привязаны к одному местообитанию, а могут входить в состав разных биоценозов, либо менять местообитание в зависимости от сезона или периода своей жизни. Имеются и другие трудности в познании надорганизменных систем. В связи с этим уже само выделение надорганизменных живых систем не может основываться только на данных непосредственного их созерцания, а требует использования ряда теоретических (в частности, статистических) методов.
Еще в большей мере теоретические методы исследования необходимы при изучении строения, функционирования и развития надорганизменных живых систем, ибо число связей и зависимостей в таких системах на несколько порядков выше по сравнению с отдельным организмом, а характер этих связей существенно отличен от связей между подсистемами и элементами организма. Не случайно в настоящее время среди экологов, геоботаников, биоценологов и биогеографов активно обсуждаются вопросы о взаимоотношении дискретности и континуальности организации надорганизменных систем во времени и пространстве, вопросы построения биоценотических классификаций.
Биоценотическая форма организации живого наряду с некоторыми общими для всех форм живого чертами обладает рядом специфических особенностей, которые следует учитывать при воздействии человека на природу: меньшей степенью целостности по сравнению с популяционно-видовой и организменной формами организации, отсутствием особых управляющих систем и каналов информации, большей степенью статистичности.
Усиление внимания к надорганизменным образованиям живого связано и с упоминавшейся уже перестройкой воззрений на процесс эволюции и переходом в эволюционной теории от организмоцентрического (типологического) мышления к популяционно-статистическому.
Исследования биоценотических систем не только противостоят молекулярной биологии, но и широко используют ее достижения. В учении о биосфере и биоценологии большое место занимают вопросы о биогенных «миграциях» веществ, о конкретных путях их трансформации в процессе биоценозов. Надорганизменная и молекулярная биология противоположны лишь в том отношении, что они исследуют различные уровни организации живых систем. Вместе с тем во многих отношениях они взаимно проникают и дополняют друг друга. Так, в процессе развития надорганизменных систем решающую роль в накоплении, преобразовании и реализации наследственной информации играют молекулярный и клеточный уровни. Взаимодействие различных уровней организации в историческом развитии живого подробно исследует эволюционная теория.