Открывшийся 10 января 1918 года съезд Советов объявили высшим органом власти. Делегаты охотно приняли на себя такую функцию и одобрили состав правительства, политику Совнаркома и упомянутую декларацию. В отличие от Учредительного собрания иностранные представители рабочих горячо приветствовали решения съезда.
За помощь в доставке российских революционеров в пломбированных вагонах Германия надеялась на заключение с Россией сепаратного мира. Измочаленная войной Австро-Венгрия готова была на любые условия. Но немцам, вынесшим основные тяготы боёв, хотелось заполучить от России побольше. На проходивших с ноября 1917 года в Брест-Литовске затяжных переговорах, которые на первом раунде возглавлял Адольф Иоффе, а затем его сменил нарком иностранных дел Троцкий, центральные державы выставили жёсткие требования, фактически лишавшие Россию её западных губерний. Принять такие условия большевики не могли, и переговоры зашли в тупик. Однако в январе 1918 года заседания продолжились. Российскую делегацию опять возглавлял Троцкий. Австрийцы надеялись, что их бывший агент, работавший на спецслужбы, пойдёт на уступки. Но Лев Давидович давно сменил прежних хозяев на американцев и потому проявлял упорство. Да и в самом большевистском руководстве не было единого мнения по вопросу войны и мира. На заседании ЦК была предложена компромиссная формула: «Мира не заключаем, но и войны не ведём». Но в это время Германия и Австро-Венгрия подписали с украинской Центральной Радой сепаратный мир, что позволило избавить эти страны от голода и бунтов. В этой обстановке немцы заговорили языком ультиматумов, потребовав от большевиков убраться с территории дружественного Германии государства Украины. В ответ Троцкий сделал неожиданное заявление: «Войну прекращаем, армию распускаем, переговоры разрываем». При этом отдал приказ о полной демобилизации русской армии. На такое действие нарком иностранных дел не имел никакого права, но советское руководство почему-то приняло этот приказ к исполнению. Остатки воинских подразделений потекли в тыл. Немцы не преминули воспользоваться сложившейся ситуацией и двинули свои части вперёд. Хотя силы интервентов были ограничены, никто не оказывал им реального сопротивления. И никто не останавливал немцев в боях под Псковом и Нарвой. Просто германским войскам изначально предписывалось там остановиться, хотя они вполне могли дойти и до Петрограда. Немецкое командование опасалось, что захват столицы вызовет в России патриотический подъём, который стимулирует активизацию боевых действий русских.
Тем не менее 21 февраля 1918 года Совнарком издал декрет «Социалистическое отечество в опасности» и известил Германию по радио, что согласен продолжить переговоры. Теперь немцы предъявили ультиматум с очень тяжёлыми для России условиями. По настоянию Ленина 3 марта советская делегация в Бресте всё-таки подписала мир, который затем был утверждён VII съездом партии. Результатом политики Троцкого на переговорах явилось отделение Украины, Крыма, Белоруссии, Прибалтики, Финляндии и Закавказья.
Однако в связи с сохранением реальной угрозы захвата немцами Петрограда, а также из-за продолжения революционного брожения в городе в начале марта 1918 года советское правительство тайно покинуло город на Неве и переехало в Москву, вернув ей столичный статус. Интересно, что переезд осуществлялся тремя эшелонами. В первом составе ехал Свердлов с ближайшим окружением и техническим персоналом. Яков Михайлович быстро освоил Московский Кремль и стал распоряжаться здесь служебными помещениями и жильём на правах хозяина. Со вторым эшелоном прибыл Ленин с основной частью правительства. А вот Троцкий несколько задержался, и в этот период определённого междувластия некая питерская часть ЦК во главе с Зиновьевым и Иоффе вдруг назначила его наркомом по военным и морским делам, обосновав это решение тем, что оно будет иметь политическое значение особенно для Англии и Франции. И что удивительно, 14 марта это назначение Совнарком утвердил, и Троцкий стал ещё председателем Высшего военного совета республики. В Москву Лев Давидович покатил в одном вагоне с Брюсом Локкартом, Джорджем Хиллом и другими сотрудниками британской миссии.