Но не меньшее количество жертв уносил и непрекращавшийся террор. Хотя 17 января 1921 года Совнарком издал декрет, запрещавший расстрелы, никого это не остановило. В ту же ночь в Москве было казнено более 300 человек (а всего с сентября 1920 года — 1500 приговорённых). В Питере уничтожили 400 человек, а за прошедший год — свыше 5000! Причём ликвидировали не только буржуев, но и своих, мобилизованных, отвечавших друг за друга по круговой поруке, или членов их семей, являвшихся заложниками.
После разгрома белых армий начались тотальные зачистки. Северный край был отдан на расправу садисту Кедрову. Здесь в плен попали 20 тыс. белогвардейцев. К ним добавили горожан и крестьян, сотрудничавших с белыми. Присылали сюда этапы с арестованными и из других мест России. Сначала в Архангельске, прозванном городом мёртвых, расстреливали публично, прямо на площади. Но потом в качестве усыпальницы русской молодёжи выбрали более глухое место под Холмогорами, где размещался лагерь для пленных, построенный ещё англичанами. Также обречённых грузили на баржи и затапливали.
Суровая зачистка осуществлялась и на юге страны. В Елисаветграде после выявления родственников-белогвар-дейцев расстреливали даже детей 3–5 лет. В Киеве действовали палачи Дехтяренко, Лифшиц, Шварцман, в Полтаве — Гуров. Для руководства репрессиями в Ростовскую ЧК прибыл Петерс, который присутствовал при казнях и сам любил расстреливать. Особого размаха террор достиг в Одессе. Неуспевших эвакуироваться по вине Антанты 1200 пленных офицеров ликвидировали за одну ночь. По официальным данным, в портовом городе было казнено 7 тыс. человек, а по неофициальным — от 10 до 15 тыс.
На Северном Кавказе возобновился геноцид терских казаков. 11 станиц решено было отдать революционным чеченцам и ингушам, в связи с чем 70 тыс. казаков подлежали депортации. Но по дороге половина переселенцев была перебита. На Кубань устанавливать Советскую власть прибыл сам Троцкий. Здесь было арестовано 6 тыс. станичных атаманов и других руководителей, которых отправили в Холмогоры на уничтожение.
Но всё, что творилось в других краях, перехлестнули зверства, развернувшиеся после взятия Крыма. Завершив успешный штурм Перекопа, командовавший красными войсками Фрунзе предложил Врангелю сложить оружие, а тем, кто сдастся, гарантировал жизнь и свободный выезд за рубеж. Однако 12 ноября 1920 года Ленин, удивлённый такой «уступчивостью условий» побеждённому врагу, дал указание «расправиться беспощадно», не допустив выхода из Крыма ни одного судна. По мнению вождя, на полуострове скопилось «300 тысяч буржуазии», которые в будущем станут «источником спекуляции, шпионства, всякой помощи капиталистам». Их предлагалось «подчинить и переварить». Вся власть для решения этого вопроса была передана особой тройке, в которую вошли: председатель Крымского Военного революционного комитета Бела Кун, секретарь обкома партии Розалия Землячка и председатель ЧК Михельсон. Официально обещая амнистию, предложили офицерам явиться на обязательную перерегистрацию. Всех пришедших арестовали и в первую же ночь расстреляли: в Симферополе — 1800 человек, в Керчи — 1300, в Феодосии — 420, в Севастополе — 1600 и так далее. Затем террор перекинулся и на мирное население. В Севастополе казнили 500 портовых рабочих, помогавших грузить белые суда, в Алупке — медперсонал санаториев, где лечились белые. В городах проводились облавы на членов семей белогвардейцев, врачей, учителей, священников. Тюрьмы были переполнены. Оттуда каждую ночь партии раздетых догола мужчин и женщин, стариков и подростков гнали по морозу за город, где обречённых заставляли ложиться в заранее вырытые ямы, а потом полосовали из пулемётов. В Керчи десанты вывозили в море и там топили. В Севастополе сотни человек были повешены вдоль улиц на столбах, деревьях и даже на памятниках. При допросах арестованных применялись жуткие пытки. На запертом от выезда и въезда полуострове свирепствовали эпидемии, а к ним добавился ещё и голод. По показаниям свидетелей, за пол года в Крыму погибло от 80 до 120 тыс. человек. В это число не вошли этапы с арестованными, которые отправлялись в лагеря — северный под Холмогорами и ближний под Рязанью.