Между тем из-за войны со Швецией Россия не смогла отправить в Архипелаг боевую эскадру. В связи с этим князь Г.А. Потемкин-Таврический решил организовать в Средиземном море корсарский флот из греческих волонтеров. 18 февраля 1788 г. Качиони выдали «арматорский патент» и отправили в союзную России Австрию. Добравшись до Триеста, Качиони на деньги местной греческой общины вооружил фрегат «Минерва Северная». Крейсируя под Андреевским флагом в Архипелаге, он захватил два турецких военных судна и, назвав их «Великий Князь Константин» и «Великий Князь Александр», присоединил к своей эскадре. Вскоре его флот пополнился еще двумя кораблями — «Князь Потемкин- Таврический» и «Граф Александр Безбородко». С этими силами 24 июня 1788 г. Качиони штурмовал турецкую крепость Кастеллорзо «и получил ключи оной». «Пушки с сей крепости перенес он на свою флотилию и в течение 1788 года наносил неприятелю повсюду страх сжиганием судов его, с провиантом в Царьград шедших, и разрушением его предприятий». 20 августа, сопровождая возле острова Скорпанте два трофейных судна, корабль Качиони неожиданно встретил восемь турецких военных кораблей. Три из них бросились преследовать трофейные суда, остальные пять атаковали российского пирата. «От полудни до наступления ночи, — рапортовал Качиони князю Г.А. Потемкину, — (я) беспрерывно сражался и защищался, и напоследок турки столько сбиты и замешаны, что едва могли направить парусы и обратились с немалым убытком в бег; с моей же стороны последовала очень малая потеря». 27 октября 1788 г. Качиони пришел на зимовку в Триест с эскадрой, насчитывавшей уже 9 кораблей и около 500 волонтеров.
8 апреля 1789 г. Качиони во главе 10 кораблей вышел из Триеста. Через неделю у берегов Албании он атаковал возле острова Занте союзный Турции дулцинотский флот, разбил его и потопил 24-пушечный корабль. Далее, подойдя к крупнейшему албанскому порту Дуррес, Качиони подверг его бомбардировке, рассеял береговые войска, разрушил укрепления и уничтожил многие турецкие суда. Из Адриатического моря он прошел в Средиземное, где около острова Кипр потопил 28-пушечную шебеку Бейрутского паши. 3 июня 1789 г. Качиони встретил в Эгейском море турецкую флотилию из 14 кораблей. После трехчасового боя пиратская эскадра одержала совершенную победу. За эти подвиги 24 июля 1789 г. князь Г. А. Потемкин произвел Качиони в подполковники. В свою очередь драгоман османского флота Мавроенис обратился к храброму корсару с письмом, в котором от имени султана Абдул-Ха- мида I обещал прощение за пролитую турецкую кровь, должность наместника любого острова Эгейского архипелага и 200 тысяч золотых монет, если Ламбро оставит русскую службу. Качиони отказался и, захватив остров Зеа, превратил его в сильную морскую базу. Алжирский флот двинулся покарать пиратов. Но Качиони сам вышел навстречу алжирцам, разбил их, «и алжирцы, принужденные бежать, сожгли один из поврежденных своих кирлангичей и скрылись».
Базируясь на Зеа, Качиони зимой 1790 года «сжег в заливе Воло, ниже Салоники, множество турецких судов, пшеницею для Константинополя нагруженных, и три сантии взял в плен. Наконец, услышав, что флот турецкой в числе девятнадцати судов выступил из Дарданелл в море, пошел к нему навстречу и (5 мая 1790 г.) близ острова Неграпонта и Андро сразился с ним и одержал победу. Но на другой день показался алжирский флот. Подполковник Качиони вступил с ним в сражение, которое продолжалось во весь день; но алжирцы, соединясь с несколькими турецкими судами, принудили его к ретираде, и он потерял тут почти все свои суда и был ранен».
Ангелина Качиони. Портрет кисти И.Б. Лампи-младшего. 1796 г. (С портрета, находившегося до 1917 г. в собрании И.И. Лемана). В 1790 г. турки, мстя храброму пирату, разграбили его дом, убили сына, а красавицу жену 12 месяцев держали в тюрьме и 2 месяца на каторжных работах. Лишь после завершения войны Качиони удалось вызволить супругу из плена и вывезти в Россию.
Ламбро Качиони. Портрет кисти И.Б. Лампи-младшего. 1796 г. (С портрета, находившегося до 1917 г. в собрании И.И. Лемана).