11 апреля 1813 г. командование всеми русскими и прусскими войсками под Данцигом принял герцог Александр Вюртембергский. 15 апреля около 4 тысяч французов при поддержке 6 орудий и 4 канонерских лодок сделали вылазку против слабого отряда полковника Ф.Ф. Розена, расположенного на Нерунге (Данцигской косе), и оттеснили его к селению Юнкеракер. Тогда герцог направил Пейкера со 2-м морским полком и 6 орудиями в деревню Гросс-Плейендорф для наблюдения за левым берегом Вислы, а 1-му морскому полку и 200 ополченцам приказал на английских судах сделать высадку и соединиться с отрядом Розена. В результате предпринятых мер французы, разорив захваченные селения, отступили в крепость. 19 апреля морские полки вернулись в центр позиции к Шиделькау и расположились в деревне Воннеберг (Воненберг). Поскольку к этому времени ополчение уже заняло позиции под Данцигом, Пейкер с полками 25-й пехотной дивизии выступил 28 апреля к главной армии в Дрезден. Однако герцог Вюртембергский, не желая оставаться без регулярных частей, добился возвращения дивизии 15 мая под Данциг.
За время боевых действий, проходивших в суровых условиях, численность морских полков уменьшилась вдвое. Требовалось срочно пополнить их людьми. В связи с этим еще 18 ноября 1812 г. Александр I велел начальнику 25-й пехотной дивизии генерал-майору П.Я. Башуцкому сформировать для морских полков новые 4-е запасные батальоны — по 80 унтер-офицеров, 17 барабанщиков, 2 флейтщика, 920 рядовых и 60 нестроевых в каждом. Завершив подготовку, запасные батальоны 1-го и 2-го морских полков выступили под Данциг. В мае 1813 г. они пришли к крепости и поступили на укомплектование действующих батальонов. Но долгий и трудный поход сделал свое дело, — в запасных ротах оказалась лишь половина солдат. Так, 2-й морской полк получил 6 подпрапорщиков и фельдфебелей, 37 унтер-офицеров, 12 музыкантов и 489 рядовых — то есть 53 % от штатного числа. В результате морские полки продолжали воевать под Данцигом, имея от трети до половины личного состава в разных литовских госпиталях. В конце концов, 9 августа 1813 г. в Белостоке решили составить новые запасные батальоны, которые вошли в Резервную армию под командованием князя Д.А. Лобанова-Ростовского. Эти батальоны готовили для полков пополнение, собирали отставших и возвращающихся из госпиталей солдат и одновременно несли охранную службу в Польше.
Вернувшись под Данциг 15 мая, Пейкер снова возглавил особый отряд из разных, в том числе прусских войск в центре осадной линии у деревни Воннеберг. Ночью с 18 на 19 мая его отряд захватил построенное неприятелем около Штольценберга укрепление для 4 орудий и срыл его, за что Пейкера наградили орденом Св. Анны 2-й степени. В ответ 28 мая французы предприняли сильную вылазку на Воннеберг. До 6 часов вечера морские полки вели упорный бой. Пейкер, «командуя Воненбергским отрядом, удержал первое стремление неприятеля, не уступя нимало из своей позиции, храбростью и неустрашимостью принудил неприятеля, не воспользуясь ничем, ретироваться в форштадт». При отражении вылазки во 2-м морском полку были убиты унтер-офицер Илья Андреев, барабанщик Федор Иванов, 9 рядовых, и еще 3 рядовых умерли от полученных ран.
В то же время командир 1-го морского полка подполковник Э.Я. Рошет «с командуемым, им батальоном несколько раз бросался на штыки и нанес неприятелю значительный вред». Посланная в стрелки рота капитана А.В. Литвинова сбила вражеских вольтижеров и заставила их отступить за свои укрепления. При этом штабс-капитан А.А. Попов получил рану пулей в грудь у левого плеча, поручик П.И. Афонасьев оказался «ранен пулей в брюхо и в мышцы левой руки в ладонь навылет», а прапорщик Н.А. Пущин ранен «пулей в плечо навылет в грудь». Кроме того, поручик И.Я. Раздеригин получил рану пулей в лицо, а подпоручик Б.Е. Воинов контузию в левую ногу.
На следующий день 29 мая под Данциг пришло известие о заключении Плейсвицкого перемирия, и военные действия временно прекратились. За храбрость в сражении 28 мая Знаками отличия Военного Ордена Св. Георгия были награждены 7 нижних чинов 1-го морского полка и 8 нижних чинов 2-го морского полка. Кроме того, Георгиевский крест получил прикомандированный ко 2-му полку унтер-офицер 3-го морского полка Никифор Андреев. За отражение вылазки на Воннеберг полковника Пейкера наградили золотой шпагой с надписью «За храбрость».
12 августа 1813 г. военные действия под Данцигом возобновились. Получив дополнительные орудия, а также конгревовы ракеты из Англии, герцог Вюртембергский приступил к правильной осаде крепости. 1-й морской полк занял позицию на правом фланге русской линии возле предместья Ора.
Ночная бомбардировка Данцига. Фрагмент раскрашенной гравюры И.-P. Ругендаса. 1810-е гг.
Ночью с 16 на 17 августа русские войска атаковали Ору и штурмом взяли два редута около нее. При этом находившийся впереди поручик Г.Ф.Брыгин был ранен пулей в голову навылет, а командовавший стрелками подпоручик П.Д. Иванов «неоднократно бросался на неприятельские шанцы, причем тяжело ранен пулей» в левое плечо.
С наступлением дня 1-й морской полк вел работы, закрепляясь в захваченных редутах. В это время в центре линии у Пицкендорфа, где располагался отряд полковника М.Л. Трескина, «от появившегося небольшого отряда неприятельского завязалось ничтожное было, а потом и весьма значительное дело». Генерал Рапп попытался вклиниться в оборону союзников. Но Пейкер, «командуя отрядам при Воненберге, во время сильного нападения неприятеля на отряд полковника Трескина сильно ударил в левый фланг неприятеля, привел оного в расстройство, чем много способствовал к поражению оного, будучи сам везде примером храбрости и неустрашимости». Во фланговой контратаке 17 августа особенно отличился прусский ландвер, который бросился вперед и «истребил все, что встретил или догнал».
Одержав успех в центре и на правом фланге у Оры, русские войска 21 августа атаковали противника с противоположной стороны в Лангфурте. Пытаясь перехватить инициативу боя, Рапп велел гарнизону сделать вылазки по всей линии. На правом фланге колонна французов попыталась отбить захваченные 17 августа редуты у Оры, но была встречена 1-м морским полком. Подполковник Э.Я. Рошет «при вылазке неприятеля из форштадта Оры командовал всеми стрелками с отличным искусством и благоразумием и личной храбростью подавал пример подчиненным, храбро и неустрашимо ударил на неприятеля, приведя его в расстройство, чем способствовал к прогнанию неприятеля из Оры и занятию сего форштадта». 1-й морской полк не только отбил противника, но и, опрокинув его, занял предместье. Отмечая заслуги Рошета, герцог Вюртембергский докладывал: «Вообще сей отличнейший по корпусу офицер во всех делах показывает примерную храбрость и благоразумие и превосходит всякую похвалу».
Одновременно с атакой Оры французы сделали сильный натиск из Штольценберга на центр союзной линии. Здесь противника встретил командир 2-го морского полка майор С.Т.Федоров, который, «командуя половиной полка, одной дистанции в 4-х шанцах защищался, а другой прикрывал 14 орудий, имея из оной части по всей линии стрелков, распоряжал во всех частях с отличным усердием, во всех местах обращал в бегство неоднократно высылаемых неприятельских стрелков». Первый удар французов принял подпоручик Марков, который «как опытный и храбрый офицер удержал первый его стремление, быв ранен, остался управлять вверенною ему частью стрелков, где он и ранен вторично». Подкрепить Маркова послали подпоручика Н.Г. Коробицына. Он помог опрокинуть французов и после второго ранения Маркова принял командование стрелками. Развивая успех, поручик Я.О. Малачкин захватил вражеский пикет в окопе перед Штольценбергом.