3 июня 1799 г. Белли атаковал мост Св. Магдалины и, потеряв 3 раненых, взял батарею из 6 пушек. Преследуя врага, морские солдаты вошли в Неаполь. Французы и местные республиканцы укрылись в окрестных замках. В это время французская колонна численностью около 1000 человек предприняла фланговый маневр, смяла неаполитанскую армию у замка Портичи и устремилась в тыл русскому отряду. Белли срочно выслал к Портичи поручика Александера из батальона Бриммера со 100 солдатами, 30 матросами и 2 орудиями. Встретив противника, Александер после нескольких артиллерийских выстрелов приказал солдатам «броситься и действовать штыками». Решительным ударом они опрокинули колонну французов, которые потеряли 300 человек убитыми, 60 пленными, а также 5 пушек. Остатки французов рассеялись и были истреблены местными жителями. Русские потеряли 1 унтер-офицера, 1 фузелера и 1 матроса убитыми; 1 унтер-офицера, 6 фузелеров и 1 канонира ранеными. В ходе четырехчасового боя унтер-офицер Роман Васильевич Линев «имел щастие взять из толпы неприятельского войска ихнее знамя», за что Павел I произвел его сразу в поручики.
Вскоре осажденные в замках французы и республиканцы капитулировали. Неаполитанское королевство окончательно стало свободным. Блестящие успехи маленького русского отряда вызвали всеобщее восхищение. Павел I писал А.В. Суворову: «Сделанное капитан-лейтенантом Белли в Неаполе доказывает, что русские люди на войне всех прочих бить будут, да и тех, кто с ними, тому же научат». Храбрость Белли была щедро вознаграждена. Узнав о победе, Павел I сказал: «Белли думал меня удивить, так и я удивлю его». Император произвел смелого офицера в капитаны 2 ранга и наградил орденом Св. Анны 1-й степени, который жаловали только генералам и адмиралам. Это единственное подобное исключение в истории орденской системы России. 5 офицеров флотских батальонов также получили ордена, а 7 унтер- офицеров были произведены в подпоручики.
Между тем силы Ушакова возрастали. 21 августа с Балтики пришла эскадра вице-адмирала П.К. Карцева, на борту которой находились 14 офицеров и 440 нижних чинов морских батальонов Балтийского флота. Соединившись в Палермо, эскадры 8 сентября перешли в Неаполь, где Ушаков начал готовить поход на Рим. Для этой цели он высадил отряд подполковника Скипора: 17 офицеров и 627 солдат черноморских батальонов, 7 офицеров и 52 солдата одного из балтийских батальонов под командованием капитана Марина 1-го, 38 артиллеристов с 4 орудиями, 47 матросов и 32 албанских ополченца — всего 820 человек.
Вид в окрестностях Неаполя. Фрагмент картины художника Ф.М. Матвеева. 1806 г. (Государственный мемориальный музей А.В. Суворова). На переднем плане изображены гренадеры русских десантных войск.
Двинувшись из Неаполя, отряд 16 сентября подошел к Риму. Французский гарнизон капитулировал, и морские пехотинцы вступили на улицы «вечного города». Участник похода лейтенант П.И. Балабин так описывает в своем дневнике это событие: «Восторг, с каким нас встретили жители, делает величайшую честь и славу россиянам. От самых ворот Св. Иоанна до солдатских квартир обе стороны улиц были усеяны обывателями обоего пола. Даже с трудом могли проходить наши войска <…> „Вот, — говорили жители, — вот те, кои бьют французов, и коих они боятся! Вот наши избавители!..“ Я приметил, что на всех лицах было написано искреннее удовольствие».
На других театрах военных действий флотские батальоны также зарекомендовали себя с самой лучшей стороны. 21 августа 1799 г. на помощь австрийцам, осаждавшим Геную, был направлен отряд русских кораблей под командованием вице-адмирала П.В. Пустошкина. 4 декабря австрийский генерал Кленау, имея 15-тысячную армию, решился на штурм. Для атаки Пустошкин высадил гренадерскую и фузелерную роты батальона Бриммера (7 офицеров и 210 нижних чинов) под командованием майора А.Ю. Гамена. Согласно диспозиции русский отряд, обстреливаемый засевшими в садах и постройках французами, пробился через двое ворот и ворвался в город. Но в это же время австрийцы потерпели полную неудачу и отступили. Французы зашли в тыл ротам Гамена, которые, оказавшись в окружении, вынуждены были штыками прокладывать себе обратную дорогу. Тем не менее, при отходе роты освободили 48 австрийских егерей, только что захваченных французами. Отбиваясь от наседающего врага, Гамен вывел своих людей к незнакомому побережью. Здесь он обнаружил полуразрушенный бриг, на котором вывез десант в море за линию огня. Бросив якорь, Гамен на рыбачьей лодке отправился искать свои баркасы. К утру он вернулся со шлюпками и перевез солдат на русские корабли. В этом неудачном штурме храбрый десант потерял 38 человек убитыми, 18 ранеными и 19 пленными.
В июле 1799 г. эскадра капитана 2 ранга Н.Д. Войновича (3 русских фрегата, турецкие фрегат и корвет) блокировала с моря крепость Анкону. 14 июля в порту Пезаро высадились 287 человек русских и 150 турок при 5 орудиях под общим командованием капитана А.С. Сытина из батальона Скипора. На рассвете 15 июля десант предпринял штурм близлежащей крепости Фано, но гарнизон не только отбил атаку, но и сделал ответную вылазку. Тогда Войнович высадил еще 150 человек под командованием подпоручика Жиженкова (из батальона Бриммера) и подверг Фано бомбардировке. Теперь атаку крепости вели 200 солдат флотских батальонов, 70 матросов, 150 турок и подоспевшие 40 австрийских кавалеристов. Утром 17 июля гарнизон крепости вывесил белый флаг и начал переговоры о капитуляции. Спешивший на помощь из Анконы крупный французский отряд генерала Моннье не успел дойти до Фано всего 4 мили. В итоге в плен сдались 555 человек. Кроме того, в ходе боев французы потеряли убитыми 4 офицеров и 120 рядовых, а также 25 солдат ранеными. Потери русских составили убитыми 2 морских офицера и 14 нижних чинов, ранеными 23 человека. Турки потеряли убитыми 7 человек и 15 ранеными.
22 июля десант под командованием капитана 2 ранга Ф.Ф. Мессера (5 офицеров и 207 нижних чинов черноморских батальонов, 155 матросов, 14 артиллеристов, 160 турок, 200 местных роялистов) занял другой опорный пункт Сенигаллия. 25 июля морские солдаты неожиданным ударом захватили мост через реку Патракт и, опрокинув защищавших переправу французов, загнали их в Анкону. Было убито 2 французских офицера и 40 солдат, 10 человек взято в плен. Потери десанта составили 2 солдата и 2 матроса убитыми, 6 солдат и 4 матроса ранеными. После этого 28 июля вместе с итальянскими роялистами десантники взяли редут на горе Монтаньола. Русские отразили вылазку сильной французской колонны (700 человек), опрокинули ее и на плечах отступавших ворвались в редут. Отличившиеся в боях офицеры флотских батальонов капитан Сытин, поручик Кейзер и прапорщик Карпов получили в награду ордена Св. Анны 3-й степени. После этого успеха отряды итальянского ополчения, насчитывавшие около 13 тысяч человек, и десант Мессера окружили Анкону. В помощь им Войнович высадил с кораблей еще 112 морских солдат и матросов под командованием лейтенанта М.И. Ратманова. 1 августа началась трехмесячная осада Анконы, за время которой 8 августа и 19 сентября десант отбил две сильные ночные вылазки французов.
Фрунтовой мастеровой гренадерской роты 4-го батальона Балтийского гребного флота. 1797 — январь 1798 гг. Рисунок художника А.В. Каращука. 1998 г. Согласно принятому в 1797 г. «Уставу военного флота» десантные войска при штурме крепостей должны были «иметь с собою слесарей с их инструментами для подпиления и разломания железных преград, каковые могут встретиться, как то рогаток и тому подобного». В соответствии с этим в каждой роте флотского батальона полагался один фрунтовой мастеровой.
3 октября к Анконе пришли 8 тысяч австрийцев. Не желая делить близкую победу, австрийский генерал Фрелих всячески старался устранить русских и турок от дальнейшей осады. Он долго выжидал, но когда, наконец, решился атаковать передовые укрепления, то был отражен, потеряв убитыми 300 человек Во время штурма десант Мессера, пробившийся до самых ворот крепости, держался у них целый день, несмотря на приказы Фрелиха об отступлении. Потерпев неудачу, Фрелих 2 ноября 1799 г. сепаратно договорился с комендантом крепости Моннье о выходе гарнизона Анконы во Францию. После этого он занял крепость своими войсками и запретил впускать в нее русских и турок Тогда Войнович послал в гавань десант, который на моле и на сдавшихся французских судах поднял русские и турецкие флаги. Но по приказу Фрелиха австрийцы силою согнали русские караулы и заменили флаги австрийскими.