Фактически приказ о зачислении в юнкерские школы фольксдойче, не подходящих по расовым признакам, стал логическим последствием директивы Гиммлера от июля 1944 г., по которой фольксдойче, не подходящие по требованиям для СС, могли быть приняты на службу в дивизии СС «Принц Евгений», «Хорст Вессель» и «Флориан Гейер».
Также обратите внимание, что практически весь период войны в Бад-Тёльце возникали специальные, часто одноразовые, учебные курсы. Известно, что в 1942–1943 гг. в дополнение к стандартному обучению были организованы курсы патрульной службы (для чинов гитлерюгенда, 1942 г.) и курс «Новейшая военная и политическая мысль» (для фюреров СС, 1943 г.). Специфика заключительного этапа войны, когда Германия активизировала все свои силы, отразилась и на школе в Бад-Тёльце. С января 1945 г. две инспекции фенрихов из школы люфтваффе в Фюрстенфельдбруке, под Мюнхеном, прошли обучение в Бад-Тёльце, где их обучали пехотной тактике и готовили к наземным боям в составе парашютных дивизий и наземных частях люфтваффе. Фенрихи люфтваффе проходили подготовку в учебном лагере Заксенкам. Интересно, что в качестве командиров взводов для фенрихов люфтваффе 21 февраля 1945 г. были привлечены четверо штандартенюнкеров СС: Густав Лaу (из 5-й инспекции), Андреас Нансен, Карл Пёльцлбауэр и Карл Пикард (все трое из 4-й инспекции). 5 марта 1945 г. Карл Пикард был отозван и снова возвращен в свою 4-ю инспекцию, а на его место был назначен штандартенюнкер СС Курт Донат, из 5-й инспекции.
Вместе с этим преподаватели из Бад-Тёльце участвовали в разработке учебных курсов для кригсмарине, с целью обучения моряков основам сухопутного боя, а в конце войны инструктора из СС откомандировывались в школы кригсмарине. Это делалось по договоренности с инспектором учебных заведений кригсмарине вице-адмиралом Бернгардом Рогге.
Кроме этого, в 1944–1945 гг. в школе проходила обучение инспекция из военнослужащих кригсмарине, которые получили начальную подготовку как боевые пловцы и были организованы экспериментальные курсы пилотов человеко-торпеды; тренировки проходили в плавательном бассейне школы. Занятия на этих курсах в целях секретности проходили по ночам, с 22:00 и до 06:00. Здесь важно помнить, что инструкторский состав и участники были чинами кригсмарине, всего около 20 инструкторов, включая своего собственного врача; со стороны школы никто из тренерского или юнкерского состава в работе этих курсов участия не принимал. За ночь эти боевые пловцы покрывали по несколько километров, плавая в бассейне школы.
Кроме всего прочего, было также организовано несколько коротких курсов общего содержания для офицеров Генерального штаба из военной академии в Хиршберге (1944–1945 гг.). В этом случае армейские офицеры попадали в Бад-Тёльце на завершающем этапе своего обучения. Также с августа 1944 г. слушателей курсов академии Генерального штаба и курсов для старших адъютантов начали направлять в Тёльц на 8 дней, чтобы они могли понять принципы обучения офицеров войск СС. После одного из посещений Бад-Тёльце руководитель делегации офицеров Генерального штаба сказал, что они «впечатлены уникальным, новым и образцовым обучением офицера». Одним из результатов этих посещений был обмен учебными программами с армейскими школами.
Организация14 мая 1942 г. Главным оперативным управлением СС была установлена новая организация юнкерской школы СС в Бад-Тёльце, с введением в действие с 1 июня 1942 г. Эта организация без изменений просуществовала до марта 1945 г. Согласно ей, школа состояла из следующих отделений: