Особенностью организации флота Австрии было то, что он не был самостоятельным родом войск, а структурно входил и подчинялся сухопутным силам, что крайне отрицательно сказывалось на возможностях использования боевых кораблей. Ничего не смысля в морском деле, сухопутные генералы старались не рисковать кораблями, которые они считали слишком дорогими игрушками покойного Фердинанда Макса. Никто не хотел занимать столь опасный для карьеры пост командующего флотом, так как считалось, что итальянцев на море победить нельзя, да и незачем. Именно поэтому энергичному 47-летнему Тегетгофу и удалось стать во главе флота.
Несмотря на монархические националистические воззрения, австрийский адмирал славился своей справедливостью, уважением к подчинённым без различия к национальностям и вниманием к мелочам службы. Он всячески поощрял личную инициативу, умел прислушаться к чужому мнению и большое внимание уделял боевой и тактической подготовке. Даже в условиях постоянной нехватки средств на достройку броненосцев и приобретение топлива и боеприпасов, корабли Тегетгофа совершали манёвры под парами и парусами, проводили учебные стрельбы и опробовали различные тактические схемы боя. На борту флагманского броненосца «Эрцгерцог Фердинанд Макс» проводились каждодневные совещание и проработки планов ведения войны против итальянцев. Не менее тяжёлой была борьба с сухопутным командованием: генералы считали, что флоту достаточно защищать ключевые гавани и прикрывать фланг армии в Венеции, Тегетгоф же убеждал в возможности активных действий в Адриатическом море и уничтожения итальянского флота в решающем сражении, даже несмотря на почти трёхкратное превосходство итальянцев по тоннажу и артиллерии.
Броненосный фрегат «Габсбург» на верфи, 1863 г.
Как упоминалось выше, 20 июня 1866 г. итальянские войска вторглись в австрийскую область Венеция, но уже 24 июня были разбиты австрийцами в битве при Кустоцце. 25 июня итальянский флот совершил переход из базы в Таранто в Анкону. Лишь четыре броненосца были готовы к немедленным действиям, в то время как остальные ремонтировались, довооружались, а их экипажи — интенсивно обучались. Утром 27 июня к Анконе подошла австрийская эскадра Тегетгофа в составе шести броненосцев и одного винтового фрегата. Ди Персано вывел свои четыре броненосца из гавани, но, потеряв около двух часов, так и не решился сблизиться с австрийцами. Корабли Тегетгофа ушли к своим берегам, так и не сделав ни одного выстрела. Австрийцы одержали важную моральную победу, которая воодушевила и сплотила австрийских моряков и заставила итальянцев сомневаться в собственном командире. После поражения на суше общественное мнение в Италии требовало восстановить честь страны в морском сражении. Сам же адмирал ди Персано, вероятно, желал только скорейшего подписания мирного договора и окончания войны. Такой вывод можно сделать из всяческих отговорок и проволочек, которые заполняли всё время итальянского адмирала.
Особенно интересны с точки зрения задач поставленных правительством для флота Италии и Австрии события 27 июня. На итальянский флот была возложена задача завоевания господства в Адриатическом море путём уничтожения или блокады флота противника. Затем он должен был разрушить единственную ведущую вдоль берега моря железную дорогу к Венеции и, тем самым, отрезать линию снабжения для австрийской армии. Австрийскому же флоту приказывалось не предпринимать никаких действий, которые подвергали бы его какому-либо риску. Он должен был охранять побережье Далмации и Истрии от десанта врага, но не более того. Как видно, адмиралы восприняли требования руководства с точностью до наоборот.
Лишь 15 июля под нажимом правительства и общественности ди Персано вывел итальянский флот в открытое море без каких-либо целей, задач и результатов, тем самым окончательно потеряв доверие и уважение своих подчинённых. Морской министр умолял ди Персано сделать хоть что-нибудь и выдвинул идею захватить австрийский остров в Адриатическом море под названием Лисса. В своей телеграмме ди Персано он писал:
«Неужели вы желаете сказать народу, народу, который в своем безумном тщеславии считает своих моряков лучшими в мире, что, несмотря на 12 миллионов, которые мы прибавили к его долгу, собранная нами эскадра неспособна, встретить врага? Нас побьют каменьями. И кто когда-либо упоминал об австрийском флоте иначе как с презрением? Сделайте что-нибудь, сразитесь с австрийцами, высадитесь на их берегу, атакуйте Лиссу, только действуйте».
Ди Персано тут же затребовал не менее 5000 солдат для проведения высадки. Морскому министру, как и всем офицерам, была понятна недееспособность адмирала, однако заменить его было практически некем, так как выбор любого другого офицера расколол бы фактически сардино-неаполитанский, а не итальянский флот. Недавнее объединение ещё не привело к сложению единой нации, и вспыльчивые итальянские офицеры с севера и юга отказывались подчиняться друг другу. Так что, никого не устраивающий ди Персано оказался чуть ли не идеальной фигурой.
В то время, как итальянское правительство прикладывало максимум усилий для использования своего флота и выполняло малейшие капризы ди Персано, Тегетгоф фактически в одиночку боролся за саму идею использования флота в боевых действиях. В марте 1866 г., накануне войны, руководство вооружённых сил страны пожелало избавиться от надоедавшего своими постоянными хлопотами и запросами Тегетгофа. Ему была предложена длительная экспедиция на Дальний Восток. Лишь в мае кипучая деятельность адмирала при ограниченной — в основном, моральной — поддержке эрцгерцога Альберта привела к созданию эскадры, в которую на тот момент входило лишь пять законченных постройкой броненосцев. Поскольку обычная база в Венеции была под угрозой захвата, для размещения кораблей был выбран наиболее стратегически удобный рейд Фазано вблизи города Пола. Затем последовала всеобщая напряжённая работа по доведения флота до боеготовности, направляемая неутомимой энергией адмирала Тегетгофа. Эскадра пополнилась двумя новыми броненосцами, старым паровым линкором и восстановленным после пожара фрегатом. Используя опыт Гражданской войны в США, австрийцы усиливали борта своих деревянных судов железными цепями и обрезками прокованных рельсов. Понимая слабость своей устаревшей гладкоствольной артиллерии, основная ставка делалась на маневрирование с целью тарана и концентрацию огня нескольких кораблей по одной цели. Проводились даже ночные учения.
16 июля 1866 г. итальянский флот в составе 11 броненосцев, 6 винтовых фрегатов и корветов, а также 7 пароходов с десантом вышел из Анконы в сторону острова Лисса. Длина острова 16 километров, ширина 6 километров, берег скалистый и обрывистый, население около 5000 человек, главная гавань и порт — Сан-Джорджо. В годы наполеоновских войн остров был захвачен Великобританией и укреплён. После перехода в 1815 году под власть Австрии укрепления были усилены и построены новые. На острове располагался австрийский гарнизон в 1833 человека при 88 орудиях, в основном — устаревших малокалиберных гладкоствольных. Между континентальной Австрией и островом был проложен телеграфный кабель, по которому гарнизон сумел предупредить Тегетгофа о подходе итальянцев, до того как последним удалось перерезать его. Поскольку у итальянцев не было карты острова, то некоторое время ушло на разведку и составление схемы расположения батарей.