Первоначально эта «сборная солянка» устраивала командование японского флота - тем более, что оккупация островов рассматривалась в качестве временной меры (на зиму японцы собирались оставить острова из-за суровой погоды в этом регионе). Но активные действия американской авиации против Атту и Кыска наглядно дали понять японцам, что до зимы ещё надо дожить, а пока организацию авиации на Атту и Кыске, которая была подчинена трём разным авиагруппам, надо оптимизировать. Поэтому 5 августа 1942 г. для действий на Алеутах была создана отдельная авиагруппа флота, получившая номер 5. Её основой стал отряд гидроистребителей АГ «Токо», усиленный гидросамолётами-разведчиками Тип О (Е13А) с «Камикава-мару» и «Кимикава-мару». А вот летающие лодки в состав новой авиагруппы не вошли: их решили убрать с Алеут и 15 (по другим данным - 17) августа 1942 г. они покинули Кыску.
Первым командиром 5-й АГ стал капитан 2-го ранга Такахаси Нобукити (с 1 мая 1943 г. - капитан 1-го ранга). Один из «старой гвардии» японских морских лётчиков (прошёл лётную подготовку ещё в 1922 г.) он, однако, не сделал карьеры на флоте, так и погибнув в 1945 г. в звании капитана 1-го ранга и должности командира авиагруппы (АГ «Индосина» («Индокитай»)). Но, несмотря на невпечатляющую карьеру, Такахаси имел большой опыт службы в авиагруппах гидросамолётов и на плавбазах гидроавиации - что, скорее всего, и послужило причиной его назначения на должность командира 5-й АГ.
Как и любая другая воинская часть или корабль Японского Императорского Флота, авиагруппа была приписана к одной из главных военно-морских баз флота - в данном случае это была база в Сасэбо.
Сразу после формирования авиагруппу подчинили напрямую командованию 5-го флота, отвечавшего за действия в северной части Тихого океана. Но подчинённость штабу, расположенному за тридевять земель от Алеутских островов на острове Хонсю, явно не отвечала условиям эффективного управления войсками. Поэтому 15 сентября 1942 г. специально для обороны Алеутских островов было создано 51-е базовое соединение, которому подчинили все части флота на Атту и Кыске. При этом штаб командующего соединением контр-адмирала Акияма Кацудзо располагался на острове Кыска, а не за пределами Алеут. В подчинение контр-адмиралу Акияма передали и 5-ю авиагруппу.
Новой авиагруппе пришлось действовать в сложных условиях. Плохая погода (туманы, ветра, штормы) сильно затрудняла не только действия авиации, но и базирование гидросамолётов. Вдобавок на островах к моменту прихода японцев почти полностью отсутствовала инфраструктура, что не могло не затруднять отдых личного состава и обслуживание самолётов. Вследствие этого подавляющее большинство потерь 5-й авиагруппы приходилось на небоевые потери.
Серия фотографий самолётов и личного состава 5-й авиагруппы, сделанных японским военным корреспондентом между августом и декабрём 1942 г. Судя по летающей лодке Н6К на заднем плане на первом фото, относительно легко, как для Алеутских островов, одетому личному составу и полному отсутствию капитальных построек (видны только палатки) фотографии были сделаны в августе.
Впрочем, небольшое количество боевых потерь вовсе не означало отсутствие внимания к Атту и Кыске со стороны противника. Прозевав высадку японцев (захват островов был обнаружен американцами только через 4 дня после высадки японских войск) американцы немедленно отправили на бомбёжку летающие лодки РВУ «Каталина», за которыми «подтянулись» тяжёлые бомбардировщики В-17 и В-24. Но тут плохая погода и отсутствие инфраструктуры для базирования американских истребителей прикрытия на Алеутских островах помогали уже японцам - большинство бомбёжек проводились при плохой погоде, с большой высоты и обычно были безрезультатными. Но американцы прилагали все усилия для исправления ситуации. 30 августа они высадились на острове Адак, и уже к 12 сентября там действовала взлётно-посадочная полоса.
Кроме того, 7 (8 по Токийскому времени) августа 1942 г. гавань и гидроаэродром на острове Кыска были обстреляны американским соединением надводных кораблей. При этом были уничтожены 1 самолёт 5-й АГ и 3 летающие лодки АГ «Токо».
Несмотря на все трудности, японские лётчики регулярно показывали, что их не зря отравили на Алеуты. Уже 8 июля 1942 г. гидроистребители провели свой первый перехват и даже заявили о сбитии одного В-24, но американцы его потерю не подтверждают. Безрезультатным был и перехват 4 В-24, бомбивших Кыску три дня спустя. Только 16 июля японским лётчикам точно улыбнулась удача: они сбили один В-17 группы из трех В-17 и семи В-24, отправленных на разведку и бомбёжку Кыски. Группа из 3 В-17 (из 36-й тяжёлой бомбардировочной эскадрильи) были перехвачена на высоте около 5000 метров над гаванью острова Кыска во время захода на боевой курс. Пилоты A6M2-N решили сконцентрироваться на головном бомбардировщике и добились успеха - с пылающим правым мотором машина рухнула в воду гавани Кыски (весь экипаж погиб).
Но относительная безнаказанность в борьбе с американскими бомбардировщиками для лётчиков 5-й авиагруппы продолжалась недолго: уже 4 августа 1942 г. над Алеутскими островами совершили свой первый вылет двухмоторные истребители Р-38 «Лайтнинг», обладавшие большим радиусом действия. Кстати, это также был первый боевой вылет машин этого типа с момента их создания, что говорило о том внимании, которое командование ВВС Армии США уделяло обеспечению превосходства в воздухе над этим стратегическим направлением. 8 августа 8 «Лайтнингов», прикрывавших 1 LB-30 и 3 В-24, появились и над Кыской, но до боя дело не дошло и даже бомбардировщики не смогли атаковать цель - скорее всего, из-за плохой погоды.
Истребители A6M2-N (вверху) и разведчик Е13А (внизу) 5-й АГ наглядно демонстрируют проблемы базирования гидроавиации на неподготовленное побережье во время шторма
Взрыв бомбардировщика В-24, сбитого зенитным огнём с японских кораблей у гавани Кыски, 12 июня 1942 г.
10 августа 8 американских бомбардировщиков (5 В-17, 3 В-24) смогли атаковать Кыску. Но в этот раз они были без истребительного эскорта, за что и поплатились: истребители 5-й АГ вместе с зенитчиками смогли сбить 1 В-24 (спасся только пилот).
Такая война в воздухе продолжалась до 13 (14 по Токийскому времени) сентября 1942 г., когда американцы нанесли удар по Кыске крупной группой в 13 В-24, 1 В-17, 14 Р- 38 и 14 Р-39. При этом истребители должны были не только защищать бомбардировщики от вражеских истребителей, но и проводить штурмовку наземных объектов и кораблей в гавани Кыски. Такая работа облегчалась тем фактором, что после ввода в строй аэродрома на острове Адак до Кыски могли «дотягиваться» не только Р-38, но и Р-39 с меньшим радиусом действия, но мощной 37-мм пушкой. Хотя результаты атаки были не такими радужными, как их описали американцы, им было чем гордиться: их действия привели к гибели мобилизованного флотского транспорта «Нодзима-мару» водоизмещением в 7190 грт. Это было самое большое японское судно, потопленное у Алеутских островов за всю войну. В течение 20 минут судно лишилось хода вследствие близкого разрыва бомбы и затопления машинного отделения, было проштурмовано истребителями (при этом погиб командир транспорта капитан 1-го ранга Итагаки Коити) и позднее поражено бомбой, проделавшей немалую дыру в корпусе. Усилиями экипажа корабль удалось удержать на плаву, но вернуть кораблю ход так и не удалось. 1 октября в «Нодзима-мару» попала ещё одна американская бомба, после чего корабль посадили на мель у берега Кыски. Так как транспорт уже не подлежал ремонту, 13 октября 1942 г. он был оставлен экипажем. Впрочем, это не помешало американским лётчикам «уничтожить» его ещё раз 20 апреля 1943 г.