Ближе к концу первого века популярность христианства в еврейской среде практически сошла на нет. Тому был причиной комплекс факторов. Во-первых, обещанный Иисусом и его учениками Эсхатон (конец времен) отложился на неопределенный срок. Выходило так, что вместо Царства Божия к евреям пришло владычество римлян, причем в крайне жестокой форме. Христианские проповедники давали разные ответы: для прихода Царства евреи должны были покаяться, а они не покаялись; отсрочка Эсхатона связана с тем, что Бог дает всем народам время для покаяния, — но не всех евреев такая апология убеждала. Во-вторых, после гибели Храма в 70 году исчезло храмовое богослужение, которое во многом объединяло евреев-христиан и евреев-нехристиан. Более того, в условиях войны многие иудео-христиане вообще покинули Святую Землю, что способствовало дальнейшему упадку иудео-христианской церкви в Палестине. В-третьих, основную численность христианства все более составляли язычники, которые в своей творческой и смелой разработке богословия вышли далеко за пределы воззрении, присущих иудео-христианству на его ранней стадии, когда оно было еще частью иудаизма. Таким было, в частности, учение о Троице. Более того, языко-христианская церковь смотрела на иудаизм, отвергший Иисуса, со все большей антипатией и даже презрением. Для магистрального направления языко-христианства стала характерна идея, что только оно есть единственная истинная религия: иудаизм же с его появлением отменен и упразднен.
Естественно, иудеи не оставались в долгу. Не только языко-христианство было объявлено вне закона, но и иудео-христиане стали отлучаться от синагоги: те же люди, которые хотели сохранить верность одновременно Торе и Иисусу из Назарета, ушли в глубокое подполье, скрывая или маскируя свои христианские взгляды. К сожалению, в античном, впоследствии и средневековом иудаизме получили популярность и сказания, представляющие христианские истоки в искаженном свете как отход от базовых принципов Торы. Такой была, в частности, сатира на Евангелия под названием «Толедот Йешу» («Родословие Иисуса»).
Даже в Средневековье, однако, такая взаимная вражда, с каждым веком все усиливавшаяся, не являла собой всю полноту картины. Среди еврейских раввинов и ученых делались и попытки вскрыть иудейские истоки христианства. Собственно, они и положили начало историческим исследованиям жизни Иисуса и его учеников. Такие труды писали, в частности, Иосиф Кимхи и Профиат Дуран. Именно они, вкупе с подводно-маргинальным иудео-христианским течением в иудаизме, создали альтернативу тому враждебному образу Иисуса, который характерен для Талмуда и «Толедот Йешу»: Иисус как благочестивый иудей (подчас фарисейского толка), соблюдавший Закон и не притязавший на божественность. С началом Нового времени эти разработки повлияли и на христианских, а также секулярных авторов, желавших беспристрастно разобраться в ситуации.
Вообще Новое время принесло глубокие изменения в отношения между двумя религиями. Вызовы секуляризации, а также более тесное соприкосновение заставляли Церковь и Синагогу более критически отнестись к собственным традициям и более дружелюбно — друг к другу. Особенный перелом наметился во второй половине XX столетия. Здесь ключевую роль сыграли несколько факторов.
Во-первых, в 1948 году было создано государство Израиль. В течение многих веков отсутствие у евреев собственного государства рассматривалось христианами как зримый символ божественного суда над иудаизмом. Израиль же стал не только мощным международным фактором, но и символом, с которым нельзя не считаться. Во-вторых, величайшая трагедия XX века — Холокост, уничтожение нацистами около шести миллионов евреев — не только привлекла внимание многих христиан к судьбе еврейского народа, но и заставила их задуматься о собственной вине в происшедшем геноциде. Как показала последующая самокритическая христианская рефлексия, Холокост стал возможен лишь потому, что в течение веков Церковь насаждала антииудейские (подчас антисемитские) настроения, создав образ иудея как врага. В-третьих, христианские историки и теологи, взявшиеся за изучение истории первохристианства, все яснее обнаруживали, что учение Иисуса из Назарета глубоко коренилось в иудаизме, и само его движение составляло часть иудаизма. Сочетание всех этих факторов (покаяние за антисемитизм, внимание к государству Израиль, вскрытие иудейских истоков христианства) привело сотни христианских богословов, клириков и мирян к новому утверждению ценности иудаизма, заставило их протянуть руку дружбы. Так стал активно развиваться иудео-христианский диалог.