Однако когда христианство стало преобладающим вероисповеданием европейцев, возникла иная ситуация. Почти все государства Европы стали католическими. Это были сообщества граждан-католиков под главенством христианских, католических правителей. Все члены этих сообществ признавали, что их объединяет не только политическое или территориальное, но и религиозное начало — единая вера. Христианская религия понимается в тогдашней культуре не просто как убеждение (как ее воспринимает современное плюралистическое общественное сознание), но как политическое основание единства общества и фундамент общественного порядка. Надо учитывать, что, согласно господствовавшему в те времена взгляду, если член общества явственно отступает от истинной веры, а общество это терпит — на общество может пасть Божий гнев (поскольку оно ответственно за каждого своего члена), а изнутри оно начнет распадаться, поскольку подвергается опасности один из главных принципов, на которых оно основано.
Для средневекового государства, являющегося одновременно политическим и религиозным сообществом, вероотступничество или ересь были не просто грехами, но и политической изменой. «Для людей Средневековья религия — не просто то, как ты ведешь себя в церкви. Она была для них наукой, философией, политикой, самоопределением и надеждой на спасение. Не личным предпочтением, а неизменной и универсальной истиной. А значит, ересь била в сердце этой истины. Еретика она обрекала, тех, кто находился рядом с ним — подвергала опасности, а ткань общества разрывала», — пишет профессор Томас Ф. Мэдден.
Поэтому с весьма раннего времени светское законодательство разных христианских стран Европы сурово карало ересь и колдовство (несовместимые с верностью Богу) как преступления против благополучия общества и против государственной власти. Говоря современным языком, ересь рассматривалась как преступление, направленное на подрыв общественного строя и порядка, а учитывая религиозный строй средневекового общества, им и была. Можно провести примерную аналогию между средневековым ересеучителем и современным радикалом, призывающим к насильственному свержению существующей власти. Неудивительно, что закон преследовал такие действия — общество защищало свои устои.
Сперва расследование таких преступлений проводилось обычными средствами государственного средневекового права. Для установления факта преступления проводился светский инквизиционный процесс — в переводе с латинского слово «инквизиция» и означает просто «следствие». В процессе следствия могли использоваться и пытки. Средневековые пытки не были придуманы Церковью. Применение пыток в расследовании было обычной частью средневекового уголовного закона, наследием поздних норм римского права. В средневековом праве не допускалось осуждение человека за преступление без полного доказательства его вины, на основании лишь косвенных улик. Требовалось или свидетельство очевидца преступления, или признание самого человека. Когда факты указывали на виновность обвиняемого, очевидца не было, а человек не признавался в совершении преступления, в судопроизводстве часто использовалась пытка. Признание, полученное под пыткой, однако, не могло служить основанием для приговора, если потом оно не было подтверждено подсудимым свободно, уже без пытки. В светском судопроизводстве применение пыток с целью установления вины было очень широким, и на необходимость свободного подтверждения исторгнутого признания часто смотрели как на простую формальность. Следует, однако, понимать, что это было общепринятой процедурой следствия. Для средневекового сознания нормы современного права могли бы быть восприняты как несправедливость — как можно осудить человека на основании лишь косвенных улик?!
Поскольку суды по религиозным преступлениям требовали специальных знаний, которые часто отсутствовали у светских судей, к следствию привлекались местные епископы и богословы. «Средневековая инквизиция появилась в 1184 году, когда Папа Луций III разослал епископам Европы список ересей и повелел принимать активное участие в определении того, действительно ли обвиняемые в ереси виновны. Вместо того чтобы полагаться на мирские суды, местных сеньоров или просто на толпу, епископы должны были обеспечить то, чтобы обвиняемые в ереси в их епархиях бывали допрошены квалифицированными церковными деятелями с использованием римского доказательственного права» (Томас Ф. Мэдден). Фактически церковь участвовала в этих процессах в качестве экспертной инстанции, которая должна была установить или опровергнуть сам факт преступления. Люди, возглавлявшие инквизиционные трибуналы, были подготовленными богословами и, выражаясь современным языком, профессиональными юристами и судебными бюрократами. Почти всегда, как показывают документы инквизиционных трибуналов, они очень скептично относились к массовым предрассудкам и расхожим суевериям. Процедура следствия, применявшаяся инквизиционным трибуналом, была в целом гораздо гуманнее и мягче, чем процедуры светского судопроизводства того времени.