Чуть позже, во второй половине XV века, получило распространение и другое направление, в котором также угадываются черты протестантизма, — так называемые жидовствующие, или, по-другому, «новгородско-московская ересь». Ареал их распространения также затрагивает Великий Новгород. Они также отрицали монашество, культ почитания икон, мощей и церковное Предание, делая акцент на Священном Писании. Основная характерная черта этого движения заключалась в принятии некоторых явно иудейских черт, например, строгий монотеизм (вплоть до отказа признавать Иисуса Христа Богом), особая роль Ветхого Завета, следование ряду иудейских предписаний и обрядов и др. Более позднее российское протестантское движение субботников считает жидовствующих своими непосредственными предшественниками. В свою очередь субботники оказали сильное влияние на более поздних адвентистов, появившихся в России в XIX веке.
В середине XVIII века оформилось очередное отечественное протестантское направление, получившее название духоборства. Особенность этого движения была в том, что оно имело явные протестантские черты: особый авторитет Священного Писания и отрицание церковного Предания, отказ от церковной иерархии и непризнание авторитета православного священства и вообще всей внешней религиозности. Они подчеркивали равноправие всех членов общины в вопросах личной ответственности перед Богом (так называемое «всеобщее священство»), акцент на нравственную чистоту и святость и др. Позже духоборство стало базой создания других протестантских направлений, имеющих место в России до сих пор.
Одним из таких движений стало молоканство, выросшее непосредственно из духоборческой среды к концу XVIII века. В свою очередь, молокане сделали акцент на двух моментах, не получивших у духоборов явного распространения, но зато очень важных для протестантского учения. Первый момент касается Божественности Иисуса Христа, что у духоборов было слабо выражено, второй — проповеди «внутреннего озарения» или «второго рождения», что духоборы также не акцентировали. Молоканство, в свою очередь, стало базой для возникновения новой волны протестантского движения в России.
Эта новая волна тесно связана с пробуждением среди немецких колонистов, о чем говорилось выше. Однако можно сказать, что, будучи взаимосвязанными, они тем не менее представляют собой самостоятельные тенденции. Среди православных миссионеров и представителей власти было распространено мнение, что «штунда» сама распространяет свое влияние среди русских крестьян, поскольку протестантское движение в России в тот момент стало по-настоящему массовым. Однако у ряда историков этого периода сложилось вполне отчетливое мнение, что подобные обвинения были больше тенденциозными, чем реальными. Прежде всего этот вывод делается потому, что немецкие колонисты и русские крестьяне тесно не общались и к вере друг друга ярко выраженного интереса не проявляли. Также не стоит забывать, что и Русская Православная Церковь вместе с представителями светских властей строго следила за тем, чтобы крестьянский люд не совращался «в ересь». Также примечательным является тот факт, что вся эта масса русских крестьян создавала свои общины отнюдь не в немецких селах, не собиралась на штундистских собраниях и поначалу даже не оставляла православных приходов. Скорее то мощное протестантское движение, которое началось среди русских в тот период, легче объяснить работой Российского Библейского общества и распространением Библии на русском языке, а также уже имеющимся собственным, сформировавшимся в течение нескольких веков протестантским опытом, вполне зрелым и самобытным.
Итак, рассмотренных фактов вполне достаточно для того, чтобы составить вполне ясное представление об истинных корнях русского протестантства. Тот факт, что современные протестантские организации имеют тесное общение с зарубежными единоверцами, объясняется лишь естественностью этого положения и вовсе не доказывает непосредственный экспорт. Конечно, не опровергает оно и самобытности зарождения отечественных протестантских идей. Несомненно, влияние западного протестантизма велико и значительно, особенно в XX веке. И все же все рассмотренное нами не позволяет чрезмерно упростить историю и довольствоваться хоть подчас и удобным, но ни в коей мере не отражающим истинное положение вещей мифом.