Более поздняя волна протестантских течений, безусловно, была основана на принципах, провозглашенных в начале реформационного движения. В основном они были вдохновлены стремлением к духовному возрождению посредством возвращения к первообразу ранней христианской церкви, описанной в текстах Нового Завета. Для второй волны характерно возникновение движения гугенотов во Франции, пуритан и баптистов в Англии. Фактически гугеноты и пуритане являлись представителями более раннего кальвинизма, вышедшего за пределы Швейцарии, где он возник благодаря усилиям Жана Кальвина. Позже из пуританского движения возникли два основных направления, существенно повлиявшие на картину протестантского мира. Эти направления различались в вопросе подхода к церковному управлению. Одни пуритане ратовали за полную свободу церковных общин и наиболее верной формой управления считали конгрегациональную, что привело к возникновению конгрегационалистов. Впоследствии именно этот вариант пуританизма очень хорошо прижился в колониях Северной Америки и существенно повлиял на религиозные настроения в США. Известный эпизод путешествия корабля «Мейфлауэр» в 1620 году связан именно с переселением пуритан. Второе направление придерживалось иных взглядов на церковное управление и пришло к созданию пресвитерианской формы, занявшей промежуточную позицию между принятой в католичестве епископальной и конгрегациональной. Она положила начало пресвитерианской деноминации в протестантстве.
Формально первая община баптистов возникла в Амстердаме в 1609 году, куда ее члены перебрались из Англии, спасаясь от гонений на своей родине. Баптизм испытал очень сильное влияние пуритан-конгрегационалистов, откуда был унаследован подход к церковному управлению, простота церковного убранства, строгость в вопросах морали и нравственности, аскетичность в повседневной жизни, ответственный подход к труду. Также для этой общины было характерно принятие крещения исключительно во взрослом возрасте, поскольку они считали, что веру человек должен выбирать сознательно. Позже, после ослабления гонений в Англии, многие баптисты вернулись на родину, а оттуда движение попало в Северную Америку. Именно баптисты основали колонию Род-Айленд, где были провозглашены принципы свободы вероисповедания.
В дальнейшем в протестантстве возник еще ряд течений. Например, в XVIII веке появились методисты, в XIX — адвентисты, пятидесятники, Армия Спасения. В XX веке пятидесятническое движение породило харизматическое, или неопятидесятническое, движение.
Все протестанты, как и остальные христиане, делают акцент на основные доктрины, изложенные в Символе Веры. Все различия между ними основаны на второстепенных доктринах и больше затрагивают специфические особенности выполнения различных доктрин. Также протестантство стоит на принципе свободы формы, в результате чего становится возможным возникновение разнообразных направлений. Ряд их порожден больше культурным влиянием, нежели доктринальными особенностями. В частности, баптисты, меннониты и методисты чрезвычайно схожи в аспектах вероисповедания и церковного устройства.